云序生物对O8GRNA氧化化检测手段为O8G-IP-Seq技术,技术原理如下:将O8G特异性抗体与被随机打断的RNA的片段进行共孵育,抓取有O8G修饰的片段进行测序;同时需要平行测序一个对照(Input)样本,对照样本只含有打断的RNA的片段,并不添加O8G特异性抗体与其共孵育。对照样本用于消除非特异性抓取的O8G片段的背景。对比免疫共沉淀(IP)样本和对照样本(Input)中的序列片段,将O8G氧化修饰位点定位到转录组上,并根据RNA-seq数据,计算样本中O8G氧化程度及对RNA表达水平的影响。云序生物一家长期做高通量测序的公司,口碑良好。天津甲基化检测
原文:METTL4catalyzesm6AmmethylationinU2snRNAtoregulatepre-mRNAsplicing期刊:NecleicAcidsResearch影响因子:16.48新加坡南洋理工大学的研究人员通过人类全转录组RNA甲基化测序,在Mettl4敲除组与野生型对照组之间寻找出m6Am相对甲基化水平的差异位点,其中U2snRNA的第30位RNA残基有明显的m6Am修饰水平差异。进一步的FLAG-tag融合蛋白实验证明,METTL4蛋白直接催化了U2snRNA上的m6Am甲基化修饰的发生。METTL4过表达实验发现,其催化的RNA内部m6Am修饰位点具有HMAGKD的序列motif特征(H=A/C/U,M=A/C,K=G/U,D=A/G/U)。在Mettl4敲除的人类细胞中,因为U2snRNA无法完成m6Am修饰,故而对snRNA的pre-mRNA剪接功能产生了诸多影响。云南甲基化筛选云序生物率先开展m5C RNA甲基化测序服务,采用经典重亚硫 酸盐处理的方式进行测序。
案例1:m5CRNA甲基化调控mRNA出核新机制原文:5-methylcytosinepromotesmRNAexport—NSUN2asthemethyltransferaseandALYREFasanm5Creader期刊:CellResearch影响因子:15.60中科院汪海林等研究团队揭示了m5C修饰在mRNA的分布图谱规律及其对调控mRNA出核作用新机制。研究人员建立了改进的RNAm5C单碱基分辨率高通量测序与生物信息分析技术,以此揭示mRNAm5C的分布规律,并绘制了精细的m5C修饰图谱,发现m5C在mRNA的翻译起始位点下游有明显富集,并且主要分布于CG富集区域。通过分析对比人和小鼠不同组织,发现m5C在mRNA上的分布特征在哺乳动物中十分保守,而在不同组织中修饰的基因具有特异性。研究团队同时发现,在小鼠睾丸发育过程中,动态的m5C修饰基因明显富集于精子发育相关功能,提示m5C修饰参与生殖发育调控。
RNA 修饰在基因表达调控中扮演着非常重要的角色。m6A 修饰就是真核生物 mRNA 中较常见存在的一种修饰形式,得到了常见的关注和研究。除此之外,还存在着一种分子结构上非常相似的 RNA 修饰形式:m6Am——在 m6A 修饰的基础上,同一个腺苷酸残基的核糖的 2’ 羟基也被甲基化,产生 2’ 甲氧基结构(2’-O-CH3)。与 m6A 的常见分布所不同的是,m6Am 修饰的分布主要局限于 mRNA 5’ 帽子结构下游的较早核苷酸残基上发生。该位点的 m6Am 修饰在进化上高度保守,无论是在斑马鱼、小鼠还是人类细胞中均有发现。RNA去甲基化可以提高水稻和马铃薯植株的产量和生物量。
在本研究中,作者对两个玉米(Zeamays)自交系转录组范围内的m6AmRNA分布和多聚体分析进行了平行分析,以评估m6A修饰与翻译状态的整体相关性。m6A位点普遍分布于数千个蛋白编码基因中,局限于一个共识基序内,主要富集于3’UTR区,且m6A修饰在调节替代聚腺苷酸位点的选择中发挥作用。更重要的是,m6A修饰根据其强度和基因位置显示了与翻译状态的多方面相关性。此外,在m6A修饰中观察到大量的种内变异,这种自然变异部分是由基因特异性表达和选择性剪接驱动的。总之,这些发现为鉴定玉米中受m6A修饰的转录本提供了宝贵的资源,并为更好地理解m6A在介导基因表达调控中的自然变异铺平了道路。m6A甲基化是番茄果实mRNA中普遍存在的修饰。m6A RNA甲基化基因
除了拟南芥,在其他植物中如番茄、小麦、玉米以及高粱等均发现了RNA m6A甲基化修饰。天津甲基化检测
样本要求 样品类型 细胞、组织或RNA,其他样本类型请电询。 测序样品量 1.单碱基测序方式: a) 细胞:≥1×108 b) 组织:500 mg - 5 g c) RNA:100 μg - 300 μg 2. MeRIP测序方式: a) 细胞:≥2×107 b) 组织:100mg - 1g c) RNA:30 μg - 300 μg d) 超微量满足500 ng - 30 μg 样品运输及保存 样品运输:样品置于1.5mL离心管中,封口膜封好,干冰运输。 样品保存:细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后-80℃保存;RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,避免反复冻融。天津甲基化检测
上海云序生物科技有限公司是国内一家多年来专注从事RNA甲基化,表观遗传学,转录组测序,外泌体的老牌企业。公司位于上海市松江区新桥镇莘砖公路518号20幢302室-2,成立于2015-03-02。公司的产品营销网络遍布国内各大市场。公司现在主要提供RNA甲基化,表观遗传学,转录组测序,外泌体等业务,从业人员均有RNA甲基化,表观遗传学,转录组测序,外泌体行内多年经验。公司员工技术娴熟、责任心强。公司秉承客户是上帝的原则,急客户所急,想客户所想,热情服务。公司秉承以人为本,科技创新,市场先导,和谐共赢的理念,建立一支由RNA甲基化,表观遗传学,转录组测序,外泌体**组成的顾问团队,由经验丰富的技术人员组成的研发和应用团队。上海云序生物科技有限公司以诚信为原则,以安全、便利为基础,以优惠价格为RNA甲基化,表观遗传学,转录组测序,外泌体的客户提供贴心服务,努力赢得客户的认可和支持,欢迎新老客户来我们公司参观。