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案例1:m6Am测序揭示了人类转录组中m6Am甲基化的动态性原文:m6Am-seqrevealsthedynamicm6Ammethylationinthehumantranscriptome期刊:NatureCommunication影响因子:13.78北京大学的研究人员开辟了一种新型的m6Am修饰RNA的测序方法,使用抗体拉取5’帽子片段富集m6Am修饰的RNA区域,再在特定生化环境条件下使用FTO酶来区分m6Am与m6A修饰,进而可达到精细至单碱基水平的m6AmRNA测序。使用该方法对人类转录组测序的结果显示,m6Am修饰的分布主要局限于mRNA5’帽子下游的翻译起始位点,并且多数具有BCA的序列motif特征(B=C/U/G)。对细胞施予热激、低氧等应激性刺激时,细胞转录组的m6Am水平有明显上升,说明RNA的m6Am动态修饰可能参与了细胞应激性反应。针对低氧环境刺激的进一步GO分析显示,m6Am水平升高的基因与内质网应激调节的生物学过程有关。m7G MeRIP测序方式,采用预验证的商业化抗体和精心优化的实验流程,具有极高的效率和特异性。外泌体甲基化过程

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目前还没有一种完善的方法可以在单碱基分辨率下对每个转录本进行m6A的鉴定,这对评估m6A丰度是必要的。作者开发了一种新的方法,称为Nanom6A,用于在单碱基分辨率下鉴定和定量m6A修饰,使用基于XGBoost模型的纳米孔直接RNA测序。并使用MeRIP-Seq和m6A-REF-seq验证了此方法,证实了较高的准确性。利用这种方法,作者进行了毛果杨茎分化木质部中转录组范围的m6A修饰定量分析,揭示了不同的可变聚腺苷酸化(APA)量会导致不同的m6A修饰比例。黑龙江6mADNA甲基化云序生物自2018年推出了超微量RNA甲基化测序。

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植物中m6A修饰的研究主要集中在拟南芥的生长发育上。然而,拟南芥是一种盐敏感模式植物。因此,有必要对m6A修饰在高耐盐作物的盐胁迫响应中的作用进行研究。甜高粱是一种能源和饲料作物,非常适合在盐碱地生长。探讨m6A在甜高粱中的修饰对阐明作物的耐盐机理具有重要意义。在本研究中,作者检测了在耐盐性不同的两个高粱基因型(耐盐的M-81E和盐敏感的Roma)中m6A的修饰。甜高粱在盐胁迫下的m6A修饰发生了剧烈的变化,特别是在Roma中,一些耐盐相关转录本的m6A修饰增加,导致mRNA稳定性增强,进而参与了甜高粱耐盐性的调控。虽然m6A修饰对甜高粱的耐盐性具有重要的调控作用,但其调控活性受初始m6A修饰水平的限制。

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案例1:哺乳动物mRNA内m7G甲基化转录组图谱 期刊:Molecular Cell 影响因子:14.25 由于全部种类的反转录酶均无法将RNA m7G位点逆转录成对应发生碱基突变的cDNA,为了准确的探究RNA内m7G甲基化情况,何川团队利用m7G自带正电荷的特征,开发了新的m7G单碱基深度测序方法。该方法能够将RNA内含m7G位点转化为另一种可产生反转录碱基变异的新位点,并依据碱基变异率估计m7G位点的甲基化水平。此方法随后也被证实可检测18S rRNA中的1639位内含m7G位点以及可揭示人类细胞tRNA中的22个46位内含m7G位点。并观测到其在mRNA分布、富集的共有序列及其它统计特征与m7G-MeRIP-seq数据基本保持一致。该文章不仅揭示了m7G甲基化在人类细胞中的分布特征,同时还发现METTL1是一种甲基转移酶,它在mRNA中催化了m7G甲基化修饰,并表明m7G的内部甲基化可以影响mRNA的翻译。m6A 修饰就是真核生物 mRNA 中较常见存在的一种修饰形式,得到了常见的关注和研究。云南甲基化利器

比色法RNA甲基化定量检测试剂盒提供了定量检测总RNA甲基化水平的试剂。外泌体甲基化过程

案例2:2’-O-RNA甲基化酶FTSJ3协助HIV病毒逃避宿主细胞免疫识别机制原文:FTSJ3isanRNA2’-O-methyltransferaserecruitedbyHIVtoavoidinnateimmunesensing期刊:Nature影响因子:41.6外国研究人员首先借助蛋白互作实验证实TRBP蛋白能够在不依赖于DICER酶的作用下与FTSJ3结合,形成复合物,因此推测,FTSJ3是一种2-O-甲基化转移酶。接着,体外和体内实验表明FTSJ3就是一种通过TRBP被招募到HIVRNA上的2-O-甲基化转移酶。通过优化的2’-O-RNA甲基化测序手段,证实在HIV病毒遗传信息的特定位置上存在依赖于FTSJ3的2-O-甲基化修饰。综上,该研究证实TRBP-FTSJ3复合物通过招募到HIV病毒RNA发生2-O-甲基化从而解释了HIV病毒逃避宿主细胞先天免疫识别的机制。外泌体甲基化过程

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