植物中m6A修饰的研究主要集中在拟南芥的生长发育上。然而,拟南芥是一种盐敏感模式植物。因此,有必要对m6A修饰在高耐盐作物的盐胁迫响应中的作用进行研究。甜高粱是一种能源和饲料作物,非常适合在盐碱地生长。探讨m6A在甜高粱中的修饰对阐明作物的耐盐机理具有重要意义。在本研究中,作者检测了在耐盐性不同的两个高粱基因型(耐盐的M-81E和盐敏感的Roma)中m6A的修饰。甜高粱在盐胁迫下的m6A修饰发生了剧烈的变化,特别是在Roma中,一些耐盐相关转录本的m6A修饰增加,导致mRNA稳定性增强,进而参与了甜高粱耐盐性的调控。虽然m6A修饰对甜高粱的耐盐性具有重要的调控作用,但其调控活性受初始m6A修饰水平的限制。m7G RNA甲基化修饰能够调节mRNA的转录。辽宁microRNA甲基化
案例1:人类mRNA上2’-O-RNA甲基化转录组图谱 原文:Nm-seq maps 2’-O-methylation sites in human mrna with base precision 期刊:Nature Methods 影响因子:26.9 美国芝加哥大学研究团队利用2’-O-RNA甲基化测序手段,检测mRNA分子上的甲基化位点。与m6A RNA甲基化测序数据相比,2’-O-RNA甲基化位点主要分布在转录组CDS区,其中近一半在剪接位点附近,相当一部分在内含子中发现Nm位点。三分之一的2’-O-RNA甲基化位点在AGAUC处存序列偏好性,并且跟随了5个碱基的A或G碱基高分布。有趣的是,2’-O-RNA甲基化位点富含三种氨基酸的编码密码子。总的来说,该文章揭示了2’-O-RNA甲基化在人类细胞中的分布特征。西藏甲基化修饰2’-O-RNA甲基化修饰在mRNA、tRNA、rRNA、miRNA等分子上分布。
m1ARNA甲基化是一类新发现的RNA甲基化,即RNA分子腺嘌呤第1位氮原子上的甲基化修饰(N1-methyladenosine,m1A)。研究表明,m1A是真核生物tRNA和rRNA丰度很高的一种转录后修饰,近期研究也表明m1A修饰可调控mRNA翻译。m1A修饰作为一类新型RNA甲基化,其功能和机制都亟待挖掘。与m6ARNA检测方式一致,针对m1A修饰也采用MeRIP-seq技术,抗体富集的技术原理如下:将m1ARNA甲基化特异性抗体与被随机打断的RNA的片段进行共孵育,抓取有甲基化修饰的片段进行测序;同时需要平行测序一个对照(Input)样本,对照样本为未进行IP反应的RAN片段,对照样本用于消除非特异性抓取甲基化片段的背景。
研究表明,RNAm6A修饰影响mRNA的转录、定位、翻译、稳定性、剪接和核输出。然而,转录组m6A谱及其在白菜热胁迫中的潜在生物学作用尚缺乏足够的资料。通过MeRIP-seq获得白菜中RNAm6A修饰的first转录组全谱。同时,通过分析Input测序数据获得转录组数据。发现在正常组(CK)和热应激组(T43)中鉴定出11252个m6A共有峰和9729个含有m6A的共有基因。且CK组和T43组中,m6A峰均在3’UTR区高度富集。大约80%的基因有一个m6A位点。m6A峰的共识基序为AAACCV(V:U/A/G)。此外,关联分析发现m6A的甲基化程度与转录水平存在一定的相关性,说明m6A在基因表达中起一定的调控作用。m7G RNA甲基化单碱基测序方式,可对m7G甲基化修饰进行单碱基定位。
云序优势 一站式服务: 客户只需提供细胞、组织或RNA,云序生物为您完成从MeRIP富集,文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程。 样本要求: 样品类型: 细胞、组织或RNA,其他样本类型请电询。 样品量: a) 细胞:2×107 b) 组织:100 mg-1 g c) RNA:30-300 μg(OD260/280:1.6-2.3;RNA无明显降解28S:18S>1.5或RIN>7) 样品运输及保存: 样品运输:样品置于1.5mL离心管中,封口膜封好,干冰运输。 样品保存:细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后-80℃保存;RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,避免反复冻融。云序生物自2018年推出了超微量RNA甲基化测序。广西环状DNA甲基化
在全转录范围内及tRNA水平查看基因m5C甲基化修饰水平。辽宁microRNA甲基化
研究表明,RNAm6A修饰影响mRNA的转录、定位、翻译、稳定性、剪接和核输出。然而,转录组m6A谱及其在白菜热胁迫中的潜在生物学作用尚缺乏足够的资料。通过MeRIP-seq获得白菜中RNAm6A修饰的first转录组全谱。同时,通过分析Input测序数据获得转录组数据。发现在正常组(CK)和热应激组(T43)中鉴定出11252个m6A共有峰和9729个含有m6A的共有基因。且CK组和T43组中,m6A峰均在3’UTR区高度富集。大约80%的基因有一个m6A位点。m6A峰的共识基序为AAACCV(V:U/A/G)。此外,关联分析发现m6A的甲基化程度与转录水平存在一定的相关性,说明m6A在基因表达中起一定的调控作用。植物中m6A修饰的研究主要集中在拟南芥的生长发育上。然而,拟南芥是一种盐敏感模式植物。因此,有必要对m6A修饰在高耐盐作物的盐胁迫响应中的作用进行研究。甜高粱是一种能源和饲料作物,非常适合在盐碱地生长。辽宁microRNA甲基化
上海云序生物科技有限公司正式组建于2015-03-02,将通过提供以RNA甲基化,表观遗传学,转录组测序,外泌体等服务于于一体的组合服务。云序生物经营业绩遍布国内诸多地区地区,业务布局涵盖RNA甲基化,表观遗传学,转录组测序,外泌体等板块。同时,企业针对用户,在RNA甲基化,表观遗传学,转录组测序,外泌体等几大领域,提供更多、更丰富的商务服务产品,进一步为全国更多单位和企业提供更具针对性的商务服务服务。上海云序生物科技有限公司业务范围涉及上海云序生物科技有限公司于2015年3月成立,坐落于上海漕河泾新兴技术开发区,专注于表观修饰以及转录组领域,依托于高通量测序、定量PCR、质谱技术和生物信息学等技术,集科研服务、医学检测、产品研发于一体的****。等多个环节,在国内商务服务行业拥有综合优势。在RNA甲基化,表观遗传学,转录组测序,外泌体等领域完成了众多可靠项目。