江西云序生物环状DNA测序

2019年，接连3篇高水平染色体外环状DNA的研究论文刺激了这一几十年前就已发现的一种存在于染色体外的DNA形式的研究热潮。当然，不onlyonly文章的发表，这一研究方向能够得到如此多的关注也是因为高通量测序技术的应用使得对eccDNA的作用感兴趣的研究人员有了更加便捷的研究方法，降低了研究的门槛。 染色外环状DNA早在1965年就已经被报道，这是first次在小麦胚乳细胞和猪精子当中发现的DNA存在形式。同年其他研究人员报道在人的tumour细胞中发现了eccDNA，并且发现是都是以成对的形式存在，因此被称作“双微体”，这也是双微体概念的first次提出。(大家注意一下下图中染色体旁边成对出现的小黑点就是双微体)云序组织细胞环状DNA测序服务，采用多种方法高效地富集和扩增环状DNA，极大地提高了环状DNA的检出率。江西云序生物环状DNA测序

eccDNA的基因组来源和生物发生机制已然明了，接下来需要明确的就是eccDNA的生物学功能了。由于eccDNA的基因组来源随机，导致其没有明显的序列特征，于是研究者的目光便转移到了eccDNA的环状结构上来。早前有报道发现，凋亡细胞可刺激免疫反应；另一边厢，也有研究认为，包括TLR9、HMGB1在内的先天免疫相关蛋白，对弯折的DNA结构（DNAcurvatures）具有选择性的亲和力。因为eccDNA也具有DNA弯折结构，所以研究者大胆猜测：eccDNA可能因为其空间结构特征而在先天免疫过程中发挥作用。天津环状DNA文章研究发现eccDNA环化多来源于ai基因。

eccDNA的大小从几百bp到几十Mb不等，其中较小的一种是2012年Science报道的被称作MicroDNA的特殊的eccDNA，大小只有200-400bp，有片段过短，因此不能携带完整的基因序列；但是目前MicroDNA被认为具有一些重要的调节功能，包括调控RNA的转录过程，或者通过分子海绵的作用调控一些非编码RNA的表达，同时这种DNA也被认为是可能在未来应用于液体活检来监测ai症的发生和发展的一种体外游离DNA的形式。双微体形式存在的eccDNA一般较大，100kb-3Mb等，很多可以在光学显微镜下被观察到，能够携带一些完整的基因结构和上游的调控序列。

与RNA-seq联合分析研究发现eccDNA环化多来源于ai基因，那eccDNA对基因的表达有着怎样的影响呢？作者在这里利用RNA-seq（云序提供此服务）技术进行探究，结果并未发现小于1kb的eccDNA中的基因表达发生变化，基因表达的增加主要发生在大于1kb的eccDNA中。利用等位基因特异性表达方法分析发现高表达的基因来源于环状等位基因,但是环状DNA中基因拷贝数与环状外基因的拷贝数并无明显区别,这也表明eccDNA还存在其他与tumour相关的功能。云序对整体或单独样本中的环状DNA在各染色体上的数量、密度进行统计和展示。

为了寻找eccDNA基因组来源，研究者选用了非ai细胞系mESC作为研究对象，以确保正常的基因组状态。随后，采用前述的方法分离纯化了高纯度的eccDNA，并采用平行的两种不同方法（滚环扩增+单分子纳米孔测序、Tn5转座酶片段化后PCR扩增+illumina高通量测序）对eccDNA进行了测序，两种方法均发现，eccDNA的来源序列普遍分布于整个基因组上，在各条常染色体上表现出高度均匀分布特征。云序生物是国内best早提供eccDNA测序服务的公司，云序在2018年已就启动了组织细胞eccDNA测序服务的开发，eccDNA,DNA检测利器，云序生物为您提供一站式服务。上海环状DNA研究

测序结果显示99%的eccDNA长度小于25Kb。江西云序生物环状DNA测序

1. eccDNA成环的整体统计 eccDNA测序结果充分体现了基因组水平成环的多样性。eccDNA来源十分丰富，同一个基因有可能会产生非常多的环状，同样一个环状也不onlyonly只会包含一个外显子。TTN基因就是一个非常典型的例子。该基因长度达到了0.3Mb，而这样一个基因竟然能衍生得到130个eccDNA，是一个经典的编码基因区域成环的案例。其中比较有代表性的是43-66以及44-52号外显子所组成的环状分子。eccDNA测序的目的正是在组学的层面上的描述刻画eccDNA的成环多种可能性。江西云序生物环状DNA测序

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