辽宁超微量RNA甲基化

云序生物对ac4C RNA乙酰化检测手段为acRIP-Seq技术，技术原理如下： 将乙酰化RNA特异性抗体与被随机打断的RNA的片段进行共孵育，抓取有乙酰化修饰的片段进行测序；同时需要平行测序一个对照（Input）样本，对照样本只含有打断的RNA的片段，并不添加RNA乙酰化特异性抗体与其共孵育。对照样本用于消除非特异性抓取的乙酰化片段的背景。对比免疫共沉淀（IP）样本和对照样本（Input）中的序列片段，将RNA乙酰化修饰位点定位到转录组上，并根据RNA-seq数据，计算样本中RNA乙酰化程度及对RNA表达水平的影响。m5C RNA是近年来发现的一类在tRNA及rRNA高丰度存在的甲基化修饰。辽宁超微量RNA甲基化

案例1：m5C RNA甲基化调控mRNA出核新机制 原文：5-methylcytosine promotes mRNA export — NSUN2 as the methyltransferase and ALYREF as an m5C reader 期刊：Cell Research 影响因子：15.60 中科院汪海林等研究团队揭示了m5C修饰在mRNA的分布图谱规律及其对调控mRNA出核作用新机制。研究人员建立了改进的RNA m5C单碱基分辨率高通量测序与生物信息分析技术，以此揭示mRNA m5C的分布规律，并绘制了精细的m5C修饰图谱，发现m5C在mRNA的翻译起始位点下游有明显富集，并且主要分布于CG富集区域。通过分析对比人和小鼠不同组织，发现m5C在mRNA上的分布特征在哺乳动物中十分保守，而在不同组织中修饰的基因具有特异性。研究团队同时发现，在小鼠睾丸发育过程中，动态的m5C修饰基因明显富集于精子发育相关功能，提示m5C修饰参与生殖发育调控。宁夏ctDNA羟甲基化ctDNA 的甲基化检测，同时结合了 ctDNA 测序于 DNA 甲基化测序的优势。

m6A是真核生物中较常见的RNA修饰，被认为是一种新的表观遗传标记，参与多种生物过程。m6A调控几种主要人类病毒性疾病的模式和功能已经有报道。然而，m6A在植物病害暴发中的分布模式和作用尚不清楚。在此，作者分析了两种破坏性的病毒感ran水稻植株中的m6A修饰情况。发现m6A甲基化主要与病毒gan染水稻植株中表达不活跃的基因有关。作者还检测到同一基因上不同的m6A峰分布，这可能是水稻条纹病毒和水稻黑条纹矮病毒感ran之间存在不同抗病毒模式的原因。有趣的是，病毒感ran后水稻m6A甲基化水平增加。

在这篇文章中，发现番茄果实成熟过程中，mRNA m6A甲基化表现出与DNA甲基化相似的动态变化。RNA甲基组分析表明，m6A甲基化是番茄果实mRNA中普遍存在的修饰，且m6A位点富集于终止密码子周围和3'UTR区。在具有DNA超甲基化的成熟缺陷表观突变体无色非成熟(Cnr)的果实中，有1100多个转录本显示m6A水平升高，而只有134个转录本显示m6A水平降低，表明m6A的整体水平升高。m6A沉积通常与转录本丰度呈负相关。云序优势 一站式服务： 客户只需提供细胞、组织或RNA，云序生物为您完成从MeRIP富集，文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。 而随后Cell Research也发表文章，证实环状RNA也会被m6A甲基化修饰。

案例1: m6Am 测序揭示了人类转录组中 m6Am 甲基化的动态性 原文：m6Am-seq reveals the dynamic m6Am methylation in the human transcriptome 期刊：Nature Communication 影响因子：13.78 北京大学的研究人员开辟了一种新型的 m6Am 修饰 RNA 的测序方法，使用抗体拉取 5’ 帽子片段富集 m6Am 修饰的 RNA 区域，再在特定生化环境条件下使用 FTO 酶来区分 m6Am 与 m6A 修饰，进而可达到精细至单碱基水平的 m6Am RNA 测序。使用该方法对人类转录组测序的结果显示，m6Am 修饰的分布主要局限于 mRNA 5’ 帽子下游的翻译起始位点，并且多数具有 BCA 的序列 motif 特征（B=C/U/G）。对细胞施予热激、低氧等应激性刺激时，细胞转录组的 m6Am 水平有明显上升，说明 RNA 的 m6Am 动态修饰可能参与了细胞应激性反应。针对低氧环境刺激的进一步 GO 分析显示，m6Am 水平升高的基因与内质网应激调节的生物学过程有关。RNA m6A是真核生物丰富和调节遗传信息的一种保守的转录后机制。ctDNA羟甲基化文章

ctDNA 的 5mC 甲基化修饰研究仍然是一个未被充分探索的领域。辽宁超微量RNA甲基化

研究表明，RNAm6A修饰影响mRNA的转录、定位、翻译、稳定性、剪接和核输出。然而，转录组m6A谱及其在白菜热胁迫中的潜在生物学作用尚缺乏足够的资料。通过MeRIP-seq获得白菜中RNA m6A修饰的first转录组全谱。同时，通过分析Input测序数据获得转录组数据。发现在正常组(CK)和热应激组(T43)中鉴定出11252个m6A共有峰和9729个含有m6A的共有基因。且CK组和T43组中，m6A峰均在3’UTR区高度富集。大约80%的基因有一个m6A位点。m6A峰的共识基序为AAACCV (V: U/A/G)。此外，关联分析发现m6A的甲基化程度与转录水平存在一定的相关性，说明m6A在基因表达中起一定的调控作用。植物中m6A修饰的研究主要集中在拟南芥的生长发育上。然而，拟南芥是一种盐敏感模式植物。因此，有必要对m6A修饰在高耐盐作物的盐胁迫响应中的作用进行研究。甜高粱是一种能源和饲料作物，非常适合在盐碱地生长。辽宁超微量RNA甲基化

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