案例1:拟南芥花叶根组织m6A RNA甲基化谱 原文:Transcriptome-wide high-throughput deep m6 A-seq reveals unique differential m6 A methylation patterns between three organs in Arabidopsis thaliana 期刊:Genome Biology 影响因子:13.21 西北农林科技大学联合中科院和普渡大学,借助m6A RNA甲基化测序技术,对比拟南芥花,叶,根组织中(每种组织有两个生物学重复)m6A RNA甲基化情况。结果发现检测组织中m6A RNA甲基化修饰程度比人类高10%左右,占转录组的83%。RNA甲基化组揭示了m6A介导的DNA去甲基化酶基因SlDML2在番茄果实成熟中的调控作用。lncRNA甲基化热点
样本要求 样品类型 细胞、组织或RNA,其他样本类型请电询。 样品量 a) 细胞:1×108 b) 组织:500 mg - 5g c) RNA:100 μg - 300 μg (OD260/280:1.6-2.3; RNA无明显降解) 样品运输及保存 样品运输:样品置于1.5mL离心管中,封口膜封好,干冰运输。 样品保存:细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后-80℃保存;RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,避免反复冻融。云序优势 一站式服务: 客户只需提供细胞、组织或RNA,云序生物为您完成从MeRIP富集,文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程。 天津环状DNA甲基化m7G MeRIP测序方式,采用预验证的商业化抗体和精心优化的实验流程,具有极高的效率和特异性。
云序特色 √ j较全产品线:可针对性地检测不同类型RNA分子的O8G氧化; √ 特异性高:特异性富集和检测O8G氧化的 RNA的片段; √ 全转录组覆盖:全转录组范围的RNA O8G氧化检测; √ 全物种检测:可以检测几乎任何动植物的O8G氧化; √ 专业化的生信分析:强大的生信团队,专业的O8G氧化数据分析; 产品分类 O8G 全转录组测序:同时检测O8G氧化的环状RNA,LncRNA和mRNA; O8G 环状RNA测序:检测O8G氧化的所有环状RNA; O8G LnRNA测序:同时检测O8G氧化的LncRNA和mRNA; O8G mRNA测序:检测O8G氧化的所有mRNA;
在本研究中,作者对两个玉米(Zeamays)自交系转录组范围内的m6AmRNA分布和多聚体分析进行了平行分析,以评估m6A修饰与翻译状态的整体相关性。m6A位点普遍分布于数千个蛋白编码基因中,局限于一个共识基序内,主要富集于3’UTR区,且m6A修饰在调节替代聚腺苷酸位点的选择中发挥作用。更重要的是,m6A修饰根据其强度和基因位置显示了与翻译状态的多方面相关性。此外,在m6A修饰中观察到大量的种内变异,这种自然变异部分是由基因特异性表达和选择性剪接驱动的。总之,这些发现为鉴定玉米中受m6A修饰的转录本提供了宝贵的资源,并为更好地理解m6A在介导基因表达调控中的自然变异铺平了道路。适用于m6A RNA甲基化谱研究,快速筛选m6A RNA甲基化靶基因。
RNA m6A甲基化是RNA较关键的内部修饰之一,是真核生物丰富和调节遗传信息的一种保守的转录后机制。m6A修饰具有多种生物学功能,如调控mRNA翻译、转录以及稳定性等。目前,已在多种植物中发现这种RNA修饰,参与调控不同植物的各方面生物学功能。其中,拟南芥作为植物界中研究RNA甲基化修饰的先行者,许多学者将它作为研究对象,并与m6A甲基化测序技术结合,证实到RNA甲基化普遍存在于拟南芥各个发育期,并揭示了RNA甲基化相关酶在特殊发育时期,如开花,叶片形成,种子发育,根部生长等过程中发挥重要作用。在全转录范围内及tRNA水平查看基因m5C甲基化修饰水平。黑龙江甲基化机制
将m1A RNA甲基化特异性抗体与被随机打断的RNA的片段进行共孵育。lncRNA甲基化热点
近年来,科学家们发现了一种可逆的RNA甲基化—m6A,即RNA分子腺嘌呤第6位氮原子上发生甲基化修饰(N6-methyladenosine,m6A)。研究发现,m6A是真核生物mRNA上常见的一种转录后修饰,m6A在细胞加速mRNA代谢和翻译,以及在细胞分化、胚胎发育和压力应答等过程中起重要作用。种种研究迹象表明m6A 存在于很多物种中,占到了 RNA甲基化修饰的80%。m6A除了分布在 mRNA 中,也出现在很多非编码 RNA中 ,如:环状RNA 、LncRNA等。Nature正刊发表文章,证实发生m6A RNA甲基化修饰可以调控mRNA稳定性。而随后Cell Research也发表文章,证实环状RNA也会被m6A甲基化修饰,并会促进环状RNA编码蛋白这一有趣的结论。lncRNA甲基化热点