大肠杆菌 甲基化研究

案例1：哺乳动物mRNA内m7G甲基化转录组图谱 期刊：Molecular Cell 影响因子：14.25 由于全部种类的反转录酶均无法将RNA m7G位点逆转录成对应发生碱基突变的cDNA，为了准确的探究RNA内m7G甲基化情况，何川团队利用m7G自带正电荷的特征，开发了新的m7G单碱基深度测序方法。该方法能够将RNA内含m7G位点转化为另一种可产生反转录碱基变异的新位点，并依据碱基变异率估计m7G位点的甲基化水平。此方法随后也被证实可检测18S rRNA中的1639位内含m7G位点以及可揭示人类细胞tRNA中的22个46位内含m7G位点。并观测到其在mRNA分布、富集的共有序列及其它统计特征与m7G-MeRIP-seq数据基本保持一致。该文章不仅揭示了m7G甲基化在人类细胞中的分布特征，同时还发现METTL1是一种甲基转移酶，它在mRNA中催化了m7G甲基化修饰，并表明m7G的内部甲基化可以影响mRNA的翻译。核糖RNA在2’位置上发生甲基化的化学修饰。大肠杆菌 甲基化研究

技术原理 为了系统性揭示RNA O8G氧化修饰，云序生物提供了成熟的 RNA O8G氧化MeRIP-Seq技术服务。技术原理如下：将RNA O8G氧化特异性抗体与被随机打断的RNA的片段进行共孵育，抓取有O8G氧化修饰的片段进行测序；同时需要平行测序一个对照（Input）样本，对照样本为未进行IP反应的RNA的片段。对照样本用于消除非特异性抓取O8G氧化片段的背景。对比免疫共沉淀IP样本和Input样本中的序列片段，将O8G氧化修饰位点定位到转录组上，并根据RNA-seq数据，计算样本中O8G氧化程度。 配合专业的生物信息学分析，云序生物可进一步提供高精度的O8G氧化图谱，帮助客户揭示O8G氧化在生物学功能和潜在的作用机制。ac4C RNA乙酰化甲基化芯片云序生物自2018年推出了超微量RNA甲基化测序。

研究表明，RNAm6A修饰影响mRNA的转录、定位、翻译、稳定性、剪接和核输出。然而，转录组m6A谱及其在白菜热胁迫中的潜在生物学作用尚缺乏足够的资料。通过MeRIP-seq获得白菜中RNA m6A修饰的first转录组全谱。同时，通过分析Input测序数据获得转录组数据。发现在正常组(CK)和热应激组(T43)中鉴定出11252个m6A共有峰和9729个含有m6A的共有基因。且CK组和T43组中，m6A峰均在3’UTR区高度富集。大约80%的基因有一个m6A位点。m6A峰的共识基序为AAACCV (V: U/A/G)。此外，关联分析发现m6A的甲基化程度与转录水平存在一定的相关性，说明m6A在基因表达中起一定的调控作用。

PNAS| 8-oxoG在mRNA中的积累可以改变哺乳动物细胞中的蛋白质翻译 发表时间：2018年4月17号 影响因子：9.412 PNAS杂志发表了来自国家老年医学中心、北京医院研究的一篇有关O8G氧化修饰改变哺乳动物细胞中蛋白合成的研究成果。文章题目为“Transcriptional mutagenesis mediated by 8-oxoG induces translational errors in mammalian cells”。 哺乳动物细胞内形成的活性氧可以在mRNA中产生8-oxoG修饰，这一氧化修饰在基因表达过程中会导致碱基错配。本研究首先构建了一种基于超敏荧光素酶Gluc（Gussia luciferase）的报告基因检测系统，通过第二代测序技术发现当RNA中8-oxoG含量增加使U-to-G位点增加，从而诱导表达淀粉样前体蛋白的淀粉样β肽（老年痴呆的重要标志物）。该研究结果表明，8-oxoG在mRNA中的积累可以改变哺乳动物细胞中的蛋白质合成。本论文的发表为深入氧化修饰与蛋白合成间的分子机理提供了全新的研究思路！m7G RNA甲基化修饰能够调节mRNA的转录。

RNA m6A甲基化是RNA较关键的内部修饰之一，是真核生物丰富和调节遗传信息的一种保守的转录后机制。m6A修饰具有多种生物学功能，如调控mRNA翻译、转录以及稳定性等。目前，已在多种植物中发现这种RNA修饰，参与调控不同植物的各方面生物学功能。其中，拟南芥作为植物界中研究RNA甲基化修饰的先行者，许多学者将它作为研究对象，并与m6A甲基化测序技术结合，证实到RNA甲基化普遍存在于拟南芥各个发育期，并揭示了RNA甲基化相关酶在特殊发育时期，如开花，叶片形成，种子发育，根部生长等过程中发挥重要作用。ctDNA 的 5mC 甲基化修饰研究仍然是一个未被充分探索的领域。吉林ctDNA甲基化

在全转录范围内及tRNA水平查看基因m5C甲基化修饰水平。大肠杆菌 甲基化研究

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