m1A RNA甲基化是一类新发现的RNA甲基化,即RNA分子腺嘌呤第1位氮原子上的甲基化修饰(N1-methyladenosine,m1A)。研究表明,m1A是真核生物tRNA和rRNA丰度很高的一种转录后修饰,近期研究也表明m1A修饰可调控mRNA翻译。m1A修饰作为一类新型RNA甲基化,其功能和机制都亟待挖掘。 与m6A RNA检测方式一致,针对m1A修饰也采用MeRIP-seq技术,抗体富集的技术原理如下:将m1A RNA甲基化特异性抗体与被随机打断的RNA的片段进行共孵育,抓取有甲基化修饰的片段进行测序;同时需要平行测序一个对照(Input)样本,对照样本为未进行IP反应的RAN片段,对照样本用于消除非特异性抓取甲基化片段的背景。ctDNA 的甲基化检测,同时结合了 ctDNA 测序于 DNA 甲基化测序的优势。四川microRNA甲基化
LncRNA m6Am-Exo-seq 测序服务 云序生物在国内shou批引入 m6Am-Exo-seq 测序服务,利用 5’ 核酸外切酶消除非目的性的 RNA 的片段上 m6A 修饰的信号干扰,选择性地获取 mRNA以及 LncRNA 的 5’ 帽子结构下游 m6Am 修饰富集区域的序列信息。接下来,我们对选择性获取到的 m6Am 修饰的 RNA 的片段进行反转录建库和高通量测序(测序结果将同时包含 mRNA 和 LncRNA)。通过后续的生物信息学分析,可以区分来自 mRNA 和 LncRNA 的测序片段,从而较全揭示 LncRNA和mRNA 的 m6Am 修饰位点,并推测其可能的生物学功能。 安徽甲基化机制ctDNA 的 5mC 甲基化修饰研究仍然是一个未被充分探索的领域。
云序生物对ac4C RNA乙酰化检测手段为acRIP-Seq技术,技术原理如下: 将乙酰化RNA特异性抗体与被随机打断的RNA的片段进行共孵育,抓取有乙酰化修饰的片段进行测序;同时需要平行测序一个对照(Input)样本,对照样本只含有打断的RNA的片段,并不添加RNA乙酰化特异性抗体与其共孵育。对照样本用于消除非特异性抓取的乙酰化片段的背景。对比免疫共沉淀(IP)样本和对照样本(Input)中的序列片段,将RNA乙酰化修饰位点定位到转录组上,并根据RNA-seq数据,计算样本中RNA乙酰化程度及对RNA表达水平的影响。
案例:mRNA中胞嘧啶核苷乙酰化促进其翻译效率 原文:Acetylation of Cytidine in mRNA Promotes Translation Efficiency 期刊:Cell 影响因子:36.22 美国ai症研究所(NCI)和弗雷德里克实验室,发现下调NAT10(RNA乙酰化酶)能够抑 制Hela细胞的行为;并且ac4C是由NTA10催化的mRNA修饰,下调NAT10后,ac4C的总体水平下降;为了进一步探究ac4C的功能,作者对WT和下调NAT10的Hela细胞进行acRIP-seq和mRNA测序,发现ac4C 的peak主要富集在mRNA的CDS区,同时下调NAT10能够降低ac4C在mRNA中的定点表达,并与靶mRNA的下调有很大关系;作者又进一步发现ac4C乙酰化修饰能够通过延长mRNA的半衰期并促进mRNA的稳定性,同时也能够通过ac4C peak中的密码子偏好性表达,决定并影响mRNA的解码效率,促进底物翻译。这些发现不仅扩大了mRNA修饰范围(包括乙酰化残基),也确立了ac4C在mRNA翻译调控中的作用。m6A甲基化已经被证明与植物对病原体的抗性有关。
样品类型 细胞、组织或RNA,其他样本类型请电询。 样品量 组织:100 mg – 1 g 细胞:2× 107 个以上 RNA:30-300 μg (OD260/280:1.6-2.3;RNA无明显降解28S:18S>1.5或RIN>7) 样品保存与运输 样品保存:细胞样品或新鲜组织块(切成 5-10 mg 的小块),可用 TRIzol 或 RNA 保护剂处理,液氮冻存后,-80℃ 保存, RNA 样品可溶于乙醇或 RNA-free 的超纯水中,-80℃ 保存,样品保存期间避免反复冻融。 样品运输:样品置于 1.5 mL 离心管中,封口膜封好,埋在盛有干冰的泡沫盒中运输。2’-O-RNA甲基化修饰在mRNA、tRNA、rRNA、miRNA等分子上分布。上海ac4C RNA乙酰化甲基化
m7G RNA甲基化修饰能够调节mRNA的转录。四川microRNA甲基化
云序优势 一站式服务 客户只需提供组织、细胞、体液样品或RNA,云序生物为您完成从ac4C RNA富集,文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程。 抗体富集效率高 acRIP-seq的富集效率是决定数据质量的关键,云序生物acRIP-seq实验采用预验证的商业化抗体和精心优化的实验流程,具有极高的效率和特异性。 分子全覆盖 可检测mRNA、circRNA、LncRNA、pri-miRNA、rRNA、tRNA等多类RNA分子ac4C乙酰化位点。 严格的质控 云序生物对acRIP-seq实验每一步骤均设有关键质控,全程监控实验质量,保证客户得到数据。 专业的生物信息学分析 云序生物拥有专业的生物信息分析团队,帮助客户进行实验数据的挖掘。 RNA乙酰化测序与转录组联合应用 可整合RNA乙酰化数据和转录组数据进行生物信息学关联分析,揭示RNA乙酰化对基因表达调控的影响,深入挖掘RNA乙酰化的功能。 四川microRNA甲基化