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1.环状RNA测序,高通量筛选AZ处理相关环状RNA 各类农药(除草剂、杀虫剂和杀菌剂三类)对非洲爪蟾产生的包括神经发育、性腺发育等方面的伤害作用,使得非洲爪蟾作为农药污染监测的模式生物备受青睐。莠去津(Atrazine, AZ)是地下水和地表水中常见的环境内分泌干扰物之一。研究人员在Nieuwkoop-Faber(NF)第47阶段(孵化后第13天),将来自一对成年配偶的蝌蚪随机分为AZ处理和对照两组,随后收集雄性非洲爪蟾的睾丸组织(AZ处理组vs.对照组:3 vs.3)用于检测非洲爪蟾中所有环状RNA的表达情况,检测一共发现了68575条环状RNA。接下来,研究人员系统分析了不同样本之间环状RNA的表达情况,发现405条环状RNA差异表达(包括44条上调和361条下调),这暗示着这些环状RNA可能在AZ污染过程中发挥作用。环状RNA在未来可能成为一种新型的生物标志物。安徽m1A环状平台

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研究二:环状RNA分子细胞表型 作者发现Cia-cGAS是由D430042O09Rik的4、5、6号外显子连接成环。且位于外显子上下游的内含子区域具有成环所需高度同源序列。作者通过Cas9技术手段,敲除一端同源序列后,成功获得Cia-cGAS 敲除小鼠模型。敲除小鼠中LSK祖细胞明显增多,LT-HSC明显减少,且基因敲除小鼠出生6个月后会死于贫血。对基因敲除小鼠中LT-HSC进行BrdU染色,结果说明敲除小鼠中LT-HSC细胞处于增殖分裂活跃期。同时脉冲标记H2B-GFP小鼠模型证实Cia-cGAS敲除后,静息状态的LT-HSC细胞比例明显降低。广东环状lncRNA测序同一基因位置可以产生不同类型的环状RNA。

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从环状RNA结合功能蛋白角度,成功的向我们展示了核内circRNA具有重要生理功能,以及该类型circRNA的研究方法。首先通过高通量测序筛选与造血干细胞干性维持相关的circRNA分子,围绕该分子设计一系列体内、体外干扰实验,确定其可引起干细胞干性维持相关细胞表型改变。后续,与circRNA 海绵机制研究类似,RNA Pull Down实验及RIP实验成为机制研究成功与否的关键钥匙。作者基于RNA Pull-down技术筛选到可能与Cia-cGAS相互作用的蛋白质,并进一步通过RIP实验反向验证。

胶质瘤作为较常见的颅内恶性tumour占颅脑tumour的40%~50%,电磁辐射等其他环境致cancer因素会导致胶质瘤的发生,尽管手术切除、术后放疗、药物化疗等方法可以作为主流的胶质瘤医治手段,但是多形性胶质母细胞瘤(GBM)的强侵袭、增殖能力仍给病人的医治造成很大的困难。上海第二军医大学附属长征医院研究者通过环状RNA测序,从环状RNA角度对胶质瘤的发生和发展进行了研究, 共发现206个上调环状和1205个下调环状,其中扩大样本量qPCR验证(13例正常、68例疾病)后将目标锁定在circBRAF。该环状转录自BRAF基因,虽然在正常人样本当中BRAF基因编码的环状cricBRAF分子mRNA分子水平无明显差异,但是在疾病样本当中circBRAF有明显上调,KM曲线结合临床资料表明该环状的高表达能一定程度上预示着疾病的恶性程度和预后情况。云序生物对m6A RNA-seq实验每一步骤均设有关键质控。

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人、大鼠、小鼠来源的环状研究已经取得了一定进展,农学背景的云序客户也在自己擅长的生物标本中进行了环状RNA研究,证明了环状在多个物种当中都起到了重要的生物学作用。河南农业大学研究团队出环状分子可以调控小麦在环境压力下对光合作用、卟啉、叶绿素代谢、氧化磷酸化以及氨基酸的生物合成等方面起到应答性的调控作用,天津医科大研究团队在快速心房起搏(rapid atrial pacing,RAP)犬模型的心房组织中探寻circRNA-miRNA网络,预测环状分子在离子通道活性和细胞骨架结构成分中起重要作用。莠去津(Atrazine, AZ)是一种环境内分泌干扰物,可以影响两栖动物发育过程。山东职业卫生研究中心研究团队通过比较AZ诱导发育异常组织和正常非洲爪蟾组织中环状分子的异常表达,推测环状分子可以参与wnt信号通路与孕酮介导的卵母细胞成熟信号通路。类似的,其他云序客户发表文章中还关注到了斑马鱼、鸡等其他物种当中环状RNA的重要生物学作用。circRNA可以与RNA结合蛋白相互结合影响亲本基因mRNA的表达。内蒙古m7G环状研究

不同物种中鉴定的cirRNA数目是不一样的。安徽m1A环状平台

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