广西m5c环状RNA研究

云序专注于环状RNA研究，前期环状RNA筛选，云序提供全转录组及环状RNA测序相关服务；环状RNA验证，云序提供qPCR，RNaseR及Sanger测序等服务；文中环状RNA机制研究金钥匙——环状RNAPullDown及RIP环状RNA测序，云序均可提供全套服务！新年伊始，云序客户更是在环状RNA领域接连发表高分文章，包括世界首篇小鼠大脑创伤外泌体环状RNA文章；世界首篇非洲爪蟾环状RNA文章以及世界首篇红斑狼疮性肾炎环状RNA文章等等。云序致力于帮助客户在环状RNA研究领域占得先机，拔得头筹！m6A环状RNA测序，云序生物提供成熟m6A RNA甲基化MeRIP-seq服务。广西m5c环状RNA研究

一、环状RNA表达谱：作者将50个CRC患者和50个正常人的血清样品分别随机分为5组均匀混样，对混样后的5v5个样品进行了外泌体全转录组测序,检测到1924个环状RNA,来源基因在各染色体上均有分布，环状大部分长度小于500nt。二、CRC患者和健康人中环状RNA的差异表达接着作者筛选出了122个在CRC与健康人血清外泌体中差异表达的环状RNA，其中100个明显上调，22个明显下调。其中65个为新发现的环状RNA。三、差异环状RNA的功能预测通过对环状RNA来源基因的GO分析预测差异环状RNA的功能，结果显示上调的环状的潜在功能富集在蛋白修饰和细胞对内源性刺激的反应相关功能，高尔基体相关功能。此外KEGG分析还找到了这些基因参与的4个相关通路。广东m6a环状平台1993年在小鼠精子决定基因Sry中发现环状转录。

研究背景：利用高通量测序手段，研究者们在拟南芥、小鼠、果蝇和人体内都发现了环状RNA的高度表达，证明了环状RNA在不同物种中存在。目前，已经进行过环状RNA研究的物种数量还非常有限，环状RNA数据库circBase中已收录的物种有7个。作为一种重要的模式生物，非洲爪蟾的环状RNA尚未见报道。本文通过云序生物提供的一站式环状RNA测序、环状RNA定量PCR、环状RNA的RNaseR耐受性实验和生物信息学服务于全世界进行了非洲爪蟾环状RNA表达谱的构建，为后续研究脊椎动物环状RNA的生物学功能奠定了基础，非常具有借鉴意义。

2.环状RNA定量PCR及RNaseR耐受实验，验证环状RNA的表达和结构为了验证测序结果的准确性，研究人员随机选取了8条差异表达的环状RNA，利用“divergentprimers”进行环状RNA定量PCR检测和RNaseR耐受性实验。所有环状RNA的表达都能够被定量PCR实验检测到，并且定量PCR结果与测序结果趋势一致，表明环状RNA测序结果准确性非常高。所有环状RNA都能抵抗RNaseR的消化，进一步证实了这些RNA的环形结构。云序生物作为国内早期提供环状RNA测序的测序公司，自行建立的环状RNA数据库circDB，借物种覆盖广、数据量大、疾病背景多的特点为客户提供好的服务。circRNA分子呈封闭环状结构，不受RNA外切酶影响。

环状RNA是什么？环状RNA（circRNAs）是一类不具有5’末端帽子和3’末端poly(A)尾巴、并以共价键形成环形结构的非编码RNA分子。目前发现的circRNAs主要来源于基因外显子exon，但还有其他类型，比如来源于内含子intron，基因间intergenic，反义链antisense，重叠区senseoverlapping。首先需要确定好研究物种，疾病模型，样品类型等基本信息。接下来，通过高通量手段即RNA-seq（云序提供全转录组-seq或circRNA-seq）或文献报道，筛选差异表达的circRNA。如果想短平快的发表3-5分的文章，那么表达谱分析显得再合适不过了。如果有大量的临床样本，那么做分子标志物也是很easy的，思路和表达谱分析相似如下图展示，不过多了临床样本的统计和验证。（比如KM曲线，ROC曲线，PAM分析等等）circRNA亦可直接通过局部碱基配对靶向mRNA。中国台湾环状pri-miRNA测序

云序生物提供成熟m6A RNA甲基化MeRIP-seq服务。广西m5c环状RNA研究

云序生物对ac4CRNA乙酰化检测手段为acRIP-Seq技术，技术原理如下：将乙酰化RNA特异性抗体与被随机打断的RNA的片段进行共孵育，抓取有乙酰化修饰的片段进行测序；同时需要平行测序一个对照（Input）样本，对照样本只含有打断的RNA的片段，并不添加RNA乙酰化特异性抗体与其共孵育。对照样本用于消除非特异性抓取的乙酰化片段的背景。对比免疫共沉淀（IP）样本和对照样本（Input）中的序列片段，将RNA乙酰化修饰位点定位到转录组上，并根据RNA-seq数据，计算样本中RNA乙酰化程度及对RNA表达水平的影响。广西m5c环状RNA研究

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