重庆RIP环状RNA测序

胶质瘤作为较常见的颅内恶性tumour占颅脑tumour的40%~50%，电磁辐射等其他环境致cancer因素会导致胶质瘤的发生，尽管手术切除、术后放疗、药物化疗等方法可以作为主流的胶质瘤医治手段，但是多形性胶质母细胞瘤（GBM）的强侵袭、增殖能力仍给病人的医治造成很大的困难。上海第二军医大学附属长征医院研究者通过环状RNA测序，从环状RNA角度对胶质瘤的发生和发展进行了研究， 共发现206个上调环状和1205个下调环状，其中扩大样本量qPCR验证（13例正常、68例疾病）后将目标锁定在circBRAF。该环状转录自BRAF基因，虽然在正常人样本当中BRAF基因编码的环状cricBRAF分子mRNA分子水平无明显差异，但是在疾病样本当中circBRAF有明显上调，KM曲线结合临床资料表明该环状的高表达能一定程度上预示着疾病的恶性程度和预后情况。circRNA亦可直接通过局部碱基配对靶向mRNA。重庆RIP环状RNA测序

近期，云序生物客户天津医科大学总医院张建宁教授带领的神经创伤团队针对大脑创伤的研究。该课题组包含了外泌体和环状RNA两大科研热点，应用云序生物提供的全转录组测序服务，通过大脑创伤外泌体中环状RNA表达谱研究就成功地于今年年初在《JournalofNeurotrauma》（影响因子5.19）上发表了世界first小鼠脑创伤模型外泌体环状RNA研究的一篇文章。研究背景：大脑创伤（TBI）具有极高的发病率和致死率，会不同程度地危害身体健康，目前对其致病机理，尤其是对神经系统造成伤害的分子机理尚不知晓。中国台湾环状平台同一基因位置可以产生不同类型的环状RNA。

研究三：环状RNA分子功能机制 在确定Cia-cGAS具有明显细胞表型之后，作者围绕其分子机制展开了详细的探索。为了找到Cia-cGAS影响下游的靶基因，作者在敲除Cia-cGAS后进行转录组分析，发现差异表达的基因与IFN-α下游靶基因是一致的。且当Cia-cGAS敲除后I型IFN mRNAs 表达量也明显增高。结果，作者证实cia-cGAS通过调控I型IFN通路影响LT-HSC静息状态。接下来，作者针对Cia-cGAS在该通路中的作用机理进行了详细解析。作者直接采用RNA Pull Down技术手段找到与Cia-cGAS相互作用的功能蛋白。基于这一技术手段，作者发现Cia-cGAS与cGAS蛋白具有明显相互作用。cGAS RIP实验反向证实二者之间具有真实的相互作用。免疫荧光及FISH实验证实Cia-cGAS及cGAS细胞内共定位表达。基于EMSA等技术手段，作者找到了二者相互作用位点。后续作者补充大量生理生化实验，结果揭示LT-HSC中Cia-cGAS结合并抑制cGAS的活性，结果通过拮抗cGAS催化产物I型IFN来维持HSCs静息状态。

2.环状RNA定量PCR及RNaseR耐受实验，验证环状RNA的表达和结构为了验证测序结果的准确性，研究人员随机选取了8条差异表达的环状RNA，利用“divergentprimers”进行环状RNA定量PCR检测和RNaseR耐受性实验。所有环状RNA的表达都能够被定量PCR实验检测到，并且定量PCR结果与测序结果趋势一致，表明环状RNA测序结果准确性非常高。所有环状RNA都能抵抗RNaseR的消化，进一步证实了这些RNA的环形结构。云序生物作为国内早期提供环状RNA测序的测序公司，自行建立的环状RNA数据库circDB，借物种覆盖广、数据量大、疾病背景多的特点为客户提供好的服务。云序生物对m6A RNA-seq实验每一步骤均设有关键质控。

环状RNA作为研究持续火热的明星分子，不同于对其丰富的表达谱研究，环状RNA功能机制研究还处在起步阶段。环状RNA研究多为miRNA海绵机制，部分circRNA可竞争性结合miRNA，解除miRNA对靶基因的抑制作用，上调靶基因的表达。其实，环状RNA可以通过结合不同种类的功能蛋白，分别在转录前、后及翻译水平严格调控细胞生殖生长等过程。云序曾对环状RNA经典研究思路进行过详细解析（2018国自然研究热点一环状RNA研究深度剖析），感兴趣的老师可以查询浏览。云序生物对ac4C RNA乙酰化检测手段为acRIP-Seq技术。青海m7G环状RNA研究

circRNA主要由外显子构成，少部分由内含子环化形成。重庆RIP环状RNA测序

对于RNA甲基化，表观遗传学，转录组测序，外泌体的发展趋势，并非完全是市场的正常反应，因为市场有着阶段性和特殊性。RNA甲基化，表观遗传学，转录组测序，外泌体作为重要的新兴产业，仍然在“被看好”阶段，发展前景依然广阔。随着可视化技术的逐步完善与发展，产品间的差异化越来越小，工具整体所需具备的功能也愈发的明晰，使用门槛也在逐年降低。客户对于数据本身的价值越发看重。与工具性减弱相对应的，这正是服务型的加深。中国经济发展进入新周期，在未来增量市场向存量市场过度的过程中，RNA甲基化，表观遗传学，转录组测序，外泌体的重要性在逐步提升。从资产配置的角度来说，成熟市场模式中，RNA甲基化，表观遗传学，转录组测序，外泌体也是重要的配置方向。而当下，技术和消费变化，又给这个领域带来更多机会与挑战。RNA甲基化，表观遗传学，转录组测序，外泌体需求非常强，市场也非常大，只是还需要开发。RNA甲基化，表观遗传学，转录组测序，外泌体的比例高是IPO的极大卖点，该产品的兴起与浪潮无疑是毋容置疑的。现在RNA甲基化，表观遗传学，转录组测序，外泌体占20%左右比例，未来很快是50%比例。重庆RIP环状RNA测序

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