修饰环状全转录组测序

研究三：环状RNA分子功能机制 在确定Cia-cGAS具有明显细胞表型之后，作者围绕其分子机制展开了详细的探索。为了找到Cia-cGAS影响下游的靶基因，作者在敲除Cia-cGAS后进行转录组分析，发现差异表达的基因与IFN-α下游靶基因是一致的。且当Cia-cGAS敲除后I型IFN mRNAs 表达量也明显增高。结果，作者证实cia-cGAS通过调控I型IFN通路影响LT-HSC静息状态。接下来，作者针对Cia-cGAS在该通路中的作用机理进行了详细解析。作者直接采用RNA Pull Down技术手段找到与Cia-cGAS相互作用的功能蛋白。基于这一技术手段，作者发现Cia-cGAS与cGAS蛋白具有明显相互作用。cGAS RIP实验反向证实二者之间具有真实的相互作用。免疫荧光及FISH实验证实Cia-cGAS及cGAS细胞内共定位表达。基于EMSA等技术手段，作者找到了二者相互作用位点。后续作者补充大量生理生化实验，结果揭示LT-HSC中Cia-cGAS结合并抑制cGAS的活性，结果通过拮抗cGAS催化产物I型IFN来维持HSCs静息状态。2006年在果蝇中发现来自于Muscleblind的未知环状转录本。修饰环状全转录组测序

技术简介 环状RNA(circular RNA，circRNA)是新发现的一类新型非编码RNA分子，其在真核细胞中的大量存在颠覆了传统的线性RNA观点，成为近两年来RNA领域中迅速升起的一颗新星。环状RNA的表达具有组织和疾病特异性，与组织发育、疾病的发生 和发展密切相关。此外，环状RNA不易降解，能在血浆、唾液等体液中稳定存在，可以作为新型疾病分子标志物。当前，科研人员对这一功能性分子仍知之甚少，可见对其展开深入的研究势在必行，一场科研的竞赛已悄然开始! 云序生物提供的环状RNA测序服务，采用Cloudseq CircRNA Enrichment Kit，去除样本中的线性mRNA和rRNA，保留纯化后的环状RNA，因此测序获得的环状RNA有效数据量是其他测序服务供应商远远无法企及的，帮助客户以较低的成本检测到更多的环状RNA。此外，Cloudseq CircRNA Enrichment Kit覆盖几乎全部已知物种，对环状RNA的研究将不再局限于人、小鼠、大鼠等常见物种。外泌体环状dnam6A RNA-seq的富集效率是决定数据质量的关键。

研究背景： 造血干细胞（HSC）自我更新和分化之间的平衡打破将导致骨髓衰竭及恶性血液tumour发生。然而，HSCs如何维持其静止状态并避免I型干扰素（IFN）介导能量耗竭、细胞凋亡仍未可知。本文一种名为cia-cGAS的环状RNA，它在长效（LT）-HSCs细胞核中高度表达。小鼠Cia-cGAS缺陷将导致I型IFN在骨髓中高表达并伴随静息LT-HSC数量明显减少。在稳态条件下，cia-cGAS在细胞核中通过结合DNA传感器cGAS以阻断其合酶活性，由此保护静息LT-HSC免于被cGAS介导耗尽凋亡。此外，cia-cGAS与线性cGAS相比，与cGAS结合亲和力更强，由此抑制cGAS介导LT-HSCs中I型IFN产生。本文揭示了一个新型环状RNA——cia-cGAS可结合DNA敏感的cGAMP合酶cGAS并抑制其活性，调控长效造血干细胞（LT-HSC）静息状态。

一、环状RNA表达谱： 作者将50个CRC患者和50个正常人的血清样品分别随机分为5组均匀混样，对混样后的5v5个样 品进行了外泌体全转录组测序, 检测到1924个环状RNA, 来源基因在各染色体上均有分布，环状大部分长度小于500nt。 二、CRC患者和健康人中环状RNA的差异表达 接着作者筛选出了122个在CRC与健康人血清外泌体中差异表达的环状RNA，其中100个明显上调，22个明显下调。其中65个为新发现的环状RNA。 三、差异环状RNA的功能预测 通过对环状RNA来源基因的GO分析预测差异环状RNA的功能，结果显示上调的环状的潜在功能富集在蛋白修饰和细胞对内源性刺激的反应相关功能， 高尔基体相关功能。此外KEGG分析还找到了这些基因参与的4个相关通路。具有高度保守性，部分具有快速的进化性改变。

作为一种普遍存在于各类真核生物中的新型非编码RNA，环状RNA逐渐成为了当下热门的明星分子。由于环状RNA研究刚刚起步，已经进行过环状RNA研究的物种数量还非常有限。因此，对新物种的环状RNA表达谱进行系统性研究就成为了发表SCI文章的一条捷径。云序生物客户发表的这项成果是全世界first篇对小麦环状RNA进行系统性研究的文章，也为广大研究人员提供了一个非常好的模板，即：如何简单地通过环状RNA测序，环状RNA定量PCR和生物信息学分析，在不进行功能和分子机制研究的情况下，短平快的发表一篇影响因子不错的文章，非常具有借鉴意义。越来越多的研究表明circRNA可发挥miRNA海绵或ceRNA的作用。广西m5c环状平台

m6A是真核生物mRNA上常见的一种转录后修饰。修饰环状全转录组测序

环状RNA作为新发现的RNA分子，从诞生之日起就是光环加身，屡屡登上Science、Nature、Cell等高分期刊。2019年环状RNA共发表SCI论文885篇，较2018年增长约20%，其中大于10分的文章约60篇，是2018年的3倍左右。2019年关于环状RNA的国自然审批金额高达8000多万，环状RNA的火热程度可想而知。2020年国自然还未公布，但是小编预测环状RNA如果还是集中在吸附microRNA的ceRNA机制上，可能会造成**审美疲劳，影响中标率。环状RNA海绵机制并不是单一的环状RNA参与调控的机制。近期近期多篇关于环状RNA机制研究，揭示了环状RNA在tumour方向的研究进展。修饰环状全转录组测序

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