宁夏RIP环状DNA测序

2020年6月18日云序用户山大二院在Frontiers in Oncology (IF=4.85)上发表了一篇题目RNA-Seq Profiling of Serum Exosomal Circular RNAs Reveals Circ-PNN as a Potential Biomarker for Human Colorectal Cancer的文章，该文章通过运用了云序生物外泌体全转录组测序探究了环状RNA作为结肠ai分子标志物的可能性。 结肠ai（CRC）是第三大常见恶性tumour，早期CRC患者存活率远高于晚期患者，tumour的早期诊断对改善预后至关重要。近年来有许多研究发现，外泌体作为普遍存在于体液中的一种微囊泡，含有大量DNA、RNA和蛋白等分子，可以反应他们来源细胞的信息。许多ai细胞来源的外泌体内的分子具有成为cancer分子标志物的潜力。这其中，环状RNA由于其稳定性高，被作为多种cancer的分子标志物研究过。在这篇文章中，作者通过对50个患者和50和健康人血清中外泌体环状RNA的研究，提出了其中circ-PNN作为CRC诊断分子标志物的可能。m6A是真核生物mRNA上常见的一种转录后修饰。宁夏RIP环状DNA测序

一、环状RNA表达谱： 作者将50个CRC患者和50个正常人的血清样品分别随机分为5组均匀混样，对混样后的5v5个样 品进行了外泌体全转录组测序, 检测到1924个环状RNA, 来源基因在各染色体上均有分布，环状大部分长度小于500nt。 二、CRC患者和健康人中环状RNA的差异表达 接着作者筛选出了122个在CRC与健康人血清外泌体中差异表达的环状RNA，其中100个明显上调，22个明显下调。其中65个为新发现的环状RNA。 三、差异环状RNA的功能预测 通过对环状RNA来源基因的GO分析预测差异环状RNA的功能，结果显示上调的环状的潜在功能富集在蛋白修饰和细胞对内源性刺激的反应相关功能， 高尔基体相关功能。此外KEGG分析还找到了这些基因参与的4个相关通路。青海m5c环状circRNA可以与RNA结合蛋白相互结合影响亲本基因mRNA的表达。

1.环状RNA测序，高通量筛选AZ处理相关环状RNA 各类农药(除草剂、杀虫剂和杀菌剂三类)对非洲爪蟾产生的包括神经发育、性腺发育等方面的伤害作用,使得非洲爪蟾作为农药污染监测的模式生物备受青睐。莠去津（Atrazine, AZ）是地下水和地表水中常见的环境内分泌干扰物之一。研究人员在Nieuwkoop-Faber（NF）第47阶段（孵化后第13天），将来自一对成年配偶的蝌蚪随机分为AZ处理和对照两组，随后收集雄性非洲爪蟾的睾丸组织（AZ处理组vs.对照组：3 vs.3）用于检测非洲爪蟾中所有环状RNA的表达情况，检测一共发现了68575条环状RNA。接下来，研究人员系统分析了不同样本之间环状RNA的表达情况，发现405条环状RNA差异表达（包括44条上调和361条下调），这暗示着这些环状RNA可能在AZ污染过程中发挥作用。

人、大鼠、小鼠来源的环状研究已经取得了一定进展，农学背景的云序客户也在自己擅长的生物标本中进行了环状RNA研究，证明了环状在多个物种当中都起到了重要的生物学作用。河南农业大学研究团队出环状分子可以调控小麦在环境压力下对光合作用、卟啉、叶绿素代谢、氧化磷酸化以及氨基酸的生物合成等方面起到应答性的调控作用，天津医科大研究团队在快速心房起搏（rapid atrial pacing，RAP）犬模型的心房组织中探寻circRNA-miRNA网络，预测环状分子在离子通道活性和细胞骨架结构成分中起重要作用。莠去津（Atrazine, AZ）是一种环境内分泌干扰物，可以影响两栖动物发育过程。山东职业卫生研究中心研究团队通过比较AZ诱导发育异常组织和正常非洲爪蟾组织中环状分子的异常表达，推测环状分子可以参与wnt信号通路与孕酮介导的卵母细胞成熟信号通路。类似的，其他云序客户发表文章中还关注到了斑马鱼、鸡等其他物种当中环状RNA的重要生物学作用。CircRNA由称为“反向剪接”的非经典剪接事件产生。

莠去津（Atrazine, AZ）是一种影响两栖动物发育的环境内分泌干扰物质。山东职业卫生研究中心研究团队通过比较AZ诱导发育异常组织和正常非洲爪蟾组织中环状分子的异常表达，推测环状分子可以参与wnt信号通路与孕酮介导的卵母细胞成熟信号通路。非洲爪蟾睾丸组织云序生物全转录组测序，进行环状RNA筛选验证，生信预测发现部分差异明显的环状RNA在miRNA海绵中发挥作用。本研究证明AZ可以通过调节非洲爪蟾睾丸功能基因的表达来改变环状RNA，而环状RNA在发育中的雄性非洲爪蟾的AZ诱导睾丸变性中发挥作用。目前对m6A RNA流行检测手段为MeRIP-Seq技术。河南RIP环状测序

RIP(RNA Immunoprecipitation)是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术。宁夏RIP环状DNA测序

鸡白血病病毒亚群（ALV-J）是一类逆转录病毒，该病毒会引起一种重要的感ran性疾病。患病的家禽会导致产蛋率的下降，大面积影响到家禽养殖产业。感ranALV-J的鸡免疫系统会受到严重的抑制并引起多种tumour疾病从而产生很高的死亡率，目前还不能通过接种疫苗的方式来防御这种疾病。来自华南农业大学广东省重点实验室的研究团队通过环状RNA测序的方式研究了病毒抗性与病毒易感的鸡肝脏组织当中环状RNA的表达，发现了32个差异表达的环状分子，其中12个在ALV-J抗性样本中表达量明显升高，而20个在易感样本中表达量更高，而生信预测表明这些环状RNA分子能够调控免疫分子通路的信息传递从而改变生物体的抵抗力。宁夏RIP环状DNA测序

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