陕西环状RNA研究

作为明星分子，环状RNA的热度与日俱增。环状RNA到底火到了什么程度？从云序客户捷报频传﹑研究成果不断就可见一斑：上期我们刚刚介绍云序客户发表了世界小鼠脑创伤模型外泌体环状RNA的研究，整合了外泌体和环状RNA两大科研热点。在探索新物种的环状RNA研究上，云序客户此前更是先后发表了全世界first斑马鱼环状RNA、first篇小麦环状RNA和first篇鸡环状RNA文章，如今首篇非洲爪蟾的环状RNA文章新鲜出炉了！这一成果今年年初发表在《Chemosphere》（影响因子4.2）上！可以翻译成蛋白质，但大部分是非编码RNA。陕西环状RNA研究

云序生物对ac4C RNA乙酰化检测手段为acRIP-Seq技术，技术原理如下：将乙酰化RNA特异性抗体与被随机打断的RNA的片段进行共孵育，抓取有乙酰化修饰的片段进行测序；同时需要平行测序一个对照（Input）样本，对照样本只含有打断的RNA的片段，并不添加RNA乙酰化特异性抗体与其共孵育。对照样本用于消除非特异性抓取的乙酰化片段的背景。对比免疫共沉淀（IP）样本和对照样本（Input）中的序列片段，将RNA乙酰化修饰位点定位到转录组上，并根据RNA-seq数据，计算样本中RNA乙酰化程度及对RNA表达水平的影响。湖南环状microRNA甲基化测序越来越多的研究表明circRNA可发挥miRNA海绵或ceRNA的作用。

研究三：环状RNA分子功能机制 在确定Cia-cGAS具有明显细胞表型之后，作者围绕其分子机制展开了详细的探索。为了找到Cia-cGAS影响下游的靶基因，作者在敲除Cia-cGAS后进行转录组分析，发现差异表达的基因与IFN-α下游靶基因是一致的。且当Cia-cGAS敲除后I型IFN mRNAs 表达量也明显增高。结果，作者证实cia-cGAS通过调控I型IFN通路影响LT-HSC静息状态。接下来，作者针对Cia-cGAS在该通路中的作用机理进行了详细解析。作者直接采用RNA Pull Down技术手段找到与Cia-cGAS相互作用的功能蛋白。基于这一技术手段，作者发现Cia-cGAS与cGAS蛋白具有明显相互作用。cGAS RIP实验反向证实二者之间具有真实的相互作用。免疫荧光及FISH实验证实Cia-cGAS及cGAS细胞内共定位表达。基于EMSA等技术手段，作者找到了二者相互作用位点。后续作者补充大量生理生化实验，结果揭示LT-HSC中Cia-cGAS结合并抑制cGAS的活性，结果通过拮抗cGAS催化产物I型IFN来维持HSCs静息状态。

环状RNA作为一种新发现的非编码RNA，在多种组织及疾病中发挥重要的生物学功能，然而关于其在红斑狼疮性肾炎中的研究鲜有报道。红斑狼疮性肾炎作为一种免疫缺陷性疾病，严重影响了患者的身体健康和生活质量。云序携手中国医科大学周华主任团队在Cell子刊“Molecular Therapy Nucleic Acids”上发表重要研究成果，通过全转录组测序构建了该疾病的环状RNA表达谱，并从313条差异表达结果中挑选感兴趣的环状RNA--CircHLA-C。前期，作者发现miR-150在该疾病中发挥着重要的调控作用，通过生信预测结果显示该环状能够通过竞争性吸附miR-150。环状RNA可直接与蛋白质结合。

研究思路： 作者首先分离了小鼠脑组织，提取脑周质外泌体，通过外泌体全转录组测序检测TBI脑周组织外泌体中环状RNA的表达变化。结果发现231个差异表达的环状RNA，其中155个上调，76个下调。接下来通过生信分析如GO及KEGG分析对外泌体差异表达的环状RNA进行了功能预测。GO分析表明这些RNA分子主要参与神经损伤修复，神经系统发育及神经信号传导相关，这些分子同时主要富集在cGMP-PKG信号通路。CircRNA-miRNA互作网络图揭示了环状RNA作用靶miRNA及可能的功能。本文first研究了大脑创伤外泌体中环状RNA变化，为后续分子机理详细研究提供诸多靶分子，也为大脑创伤的干预医治提供潜在的靶点。云序生物提供成熟m6A RNA甲基化MeRIP-seq服务。江西环状DNA测序

circRNA主要由外显子构成，少部分由内含子环化形成。陕西环状RNA研究

环状RNA是什么？ 环状RNA（circRNAs）是一类不具有5’末端帽子和3’末端poly(A)尾巴、并以共价键形成环形结构的非编码RNA分子。目前发现的circRNAs主要来源于基因外显子exon，但还有其他类型，比如来源于内含子intron，基因间intergenic，反义链antisense，重叠区sense overlapping。首先需要确定好研究物种，疾病模型，样品类型等基本信息。接下来，通过高通量手段即RNA-seq（云序提供全转录组-seq或circRNA-seq）或文献报道，筛选差异表达的circRNA。如果想短平快的发表3-5分的文章，那么表达谱分析显得再合适不过了。如果有大量的临床样本，那么做分子标志物也是很easy的，思路和表达谱分析相似如下图展示，不过多了临床样本的统计和验证。（比如KM曲线，ROC曲线，PAM分析等等）陕西环状RNA研究

上海云序生物科技有限公司主营品牌有高通量测序，测序合成，科研，技术服务，发展规模团队不断壮大，该公司服务型的公司。公司致力于为客户提供安全、质量有保证的良好产品及服务，是一家私营有限责任公司企业。公司拥有专业的技术团队，具有RNA甲基化，表观遗传学，转录组测序，外泌体等多项业务。云序生物顺应时代发展和市场需求，通过**技术，力图保证高规格高质量的RNA甲基化，表观遗传学，转录组测序，外泌体。