中国台湾环状分析

作为一种广fan存在于各类真核生物中的新型非编码RNA，环状RNA逐渐成为了当下热门的明星分子。由于环状RNA的研究刚刚起步，已经进行过环状RNA研究的物种数量还非常有限。因此，对新物种中环状RNA表达谱进行系统性研究就成为了发表SCI文章的一条捷径。 云序生物客户发表的这项成果是全世界di一篇对非洲爪蟾环状RNA进行系统性研究的文章，也为广大研究人员提供了一个非常好的模板，即：如何通过环状RNA高通量测序和生物信息学分析，在不进行功能和分子机制研究的情况下，短平快的发表一篇影响因子不错的文章，非常具有借鉴意义。RIP(RNA Immunoprecipitation)是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术。中国台湾环状分析

为了更全检测小麦中所有环状RNA的表达情况，研究人员分别对PEG和水处理后的小麦幼苗叶子进行环状RNA测序，共发现了88条环状RNA。通过对环状RNA的基因组来源进行分析，发现环状RNA可分为5类，其中基因间（intragenic）产生的环状RNA占大多数。接下来，研究人员系统分析了不同样本之间环状RNA的表达情况，发现62条环状RNA差异表达，这暗示着这些环状RNA可能在脱水应激中发挥作用。为了验证测序结果的准确性，研究人员挑选了16条环状RNA，利用“divergent primers”进行环状RNA定量PCR检测。辽宁m6a环状rna种类繁多，而且有些circRNA高于其相应的线性RNA10倍之多。

环状RNA是什么？ 环状RNA（circRNAs）是一类不具有5’末端帽子和3’末端poly(A)尾巴、并以共价键形成环形结构的非编码RNA分子。目前发现的circRNAs主要来源于基因外显子exon，但还有其他类型，比如来源于内含子intron，基因间intergenic，反义链antisense，重叠区sense overlapping。首先需要确定好研究物种，疾病模型，样品类型等基本信息。接下来，通过高通量手段即RNA-seq（云序提供全转录组-seq或circRNA-seq）或文献报道，筛选差异表达的circRNA。如果想短平快的发表3-5分的文章，那么表达谱分析显得再合适不过了。如果有大量的临床样本，那么做分子标志物也是很easy的，思路和表达谱分析相似如下图展示，不过多了临床样本的统计和验证。（比如KM曲线，ROC曲线，PAM分析等等）

斑马鱼作为一种重要的模式生物，对于其环状RNA的研究还尚未报道。作者以雌雄斑马鱼混合组织为样品，通过云序生物提供的环状RNA测序和生物信息学服务发表了全世界首篇斑马鱼环状RNA表达谱文章。本研究共筛选到3868条环状RNA，为后续研究鱼类环状RNA的生物学功能奠定基础。环状RNA“一站式”服务一直以来是云序生物的主打产品，严格的质控把关、严谨的实验设计、出色的生信分析以及贴心的售后服务造就了多项世界首篇环状RNA研究文章，受到了广大客户的一致好评。1993年在小鼠精子决定基因Sry中发现环状转录。

研究思路： 本文首先基于高通量手段比较了小鼠中LT-HSC，ST-HSC和MPPs中全转录组变化，共发现156种明显性差异表达的circRNAs。表达量验证证实9个circRNA在LT-HSC中明显性上调。在细胞表型层面，发现只有干扰D430042O09Rik转录的circRNA——Cia-cGAS后，可明显改变造血干细胞的亚群分布，作者因此锚定Cia-cGAS进行机制分析。作者通过Cas-9基因敲除策略成功构建了Cia-cGAS基因敲除小鼠，在Cia-cGAS基因敲除小鼠中LT-HSC明显性减少，I型IFN表达升高。通过RNA Pull-down实验，作者发现Cia-cGAS可以与cGAS结合，cGAS-RIP实验反向证实二者之间具有直接的相互作用。后续，作者通过生信预测结合EMSA实验分析了Cia-cGAS与cGAS相互作用的位点信息。酶学研究证明，Cia-cGAS可通过结合cGAS并抑制其活性。云序生物对ac4C RNA乙酰化检测手段为acRIP-Seq技术。陕西环状文章

circRNA 早于20世纪70年代在RNA病毒中被发现。中国台湾环状分析

3.生物信息学分析，AZ处理相关环状RNA的功能预测 2013年两篇Nature文章揭示环状RNA具有miRNA海绵的功能，它可以吸附miRNA来调节相关基因的表达。此后，环状RNA的ceRNA功能机制正被人们广fan研究。研究人员通过生物信息学预测，发现282条AZ相关差异表达的环状RNA含有miRNA的结合位点，每个环状RNA的结合位点数从1到21不等。基于这些数据，研究人员根据它们的结合能力选出了5个miRNA。 然后他们随机选择了5个差异下调的环状RNA，并使用前5个预测的miRNA构建了circRNA-miRNA网络。可以看出每个环状RNA有多个miRNA结合位点，且一些环状RNA与同一miRNA的结合位点是相同的，暗示着环状RNA彼此之间的竞争性与miRNA结合。以上结果表明非洲爪蟾体内环状RNA可能存在的miRNA的海绵功能。中国台湾环状分析

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