山西修饰表观遗传组测序案例

早在去年 5 月，中国本土公司近岸蛋白质（NOVOPROTEIN）便公开了该方法替代 ChIP-Seq 的可能性与原料 ChiTagTM 酶（一种 Protein A 与 Tn5 融合蛋白）的技术原理（图1），展示了中国生物技术公司已经走出对国外公司的简单模仿，在某些领域的自主创新走在了世界的前列。Henikoff 博士的文章进一步展示了 ChiTag (Chromatin Immuno-Tagment) 酶在解决蛋白质-DNA 相互作用的巨大潜力。云序生物提供的MeDIP测序服务，将甲基化DNA免疫共沉淀技术（MeDIP）和高通量测序相结合，能够帮助客户快速地获取全基因组范围内的DNA甲基化图谱，并比较不同样品中的甲基化分布差异。云序生物提供的MeDIP测序服务，将甲基化DNA免疫共沉淀技术（MeDIP）和高通量测序相结合，能够帮助客户快速地获取全基因组范围内的DNA甲基化图谱，并比较不同样品中的甲基化分布差异。由此可见，由于其结构和表达的特异性，环状DNA可以影响细胞生命活动。山西修饰表观遗传组测序案例

技术简介 DNA甲基化能控制基因表达，因而在动植物的生长发育过程中发挥着关键的调控作用，并且与包括ai症在内的多种人类疾病密切相关，是表观遗传学研究的热点。 云序生物提供的MeDIP测序服务，将甲基化DNA免疫共沉淀技术（MeDIP）和高通量测序相结合，能够帮助客户快速地获取全基因组范围内的DNA甲基化图谱，并比较不同样品中的甲基化分布差异。配合强大的生信分析实力，我们提供的不仅是海量的测序数据，而且是根据您的研究目的，有针对性地挖掘提炼出取之即可用的结果及出版级图片。河南文章 表观遗传组测序研究通过温和的酶转化法，将未甲基化的胞嘧啶（C）高效地转化为尿嘧啶（U）。

案例1：孕妇血浆中胎儿环状DNA 的特征是：呈甲基化状态以及被clear 原文：Characteristics of Fetal Extrachromosomal Circular DNA in Maternal Plasma: Methylation Status and Clearance 期刊：Clinical Chemistry 影响因子：8.322 近期，NIPT之父卢煜明教授团队开发了一种环状DNA 甲基化分析的测序方案，通过对不同产后时间点的胎儿环状DNA含量的评估，研究了胎儿环状DNA的体外clear效率。作者还发现血浆中的胎儿 环状DNA 与母体 环状DNA 相比甲基化程度相对较低。此外，和胎儿线性DNA类似，胎儿环状DNA在分娩后从母血中迅速clear。总之，该团队基于转座酶和m5C位点酶学转化方法开发出了环状DNA甲基化测序技术，并揭示了孕妇血浆中的胎儿环状DNA甲基化状况，为环状DNA的深入研究及新型分子标志物的开发提供了新的技术手段。

1）样品类型：tumsor患者的血浆、血清或 cfDNA。 血浆和血清相比较而言，推荐使用血浆，以减少淋巴细胞来源的 cfDNA 干扰。 2）样品量：血浆>5mL；血清>10mL；cfDNA>10 ng。 3）血浆提取： 使用 EDTA 抗凝管收集全血，切勿冷冻保存，只能在 2-8℃ 冰箱短暂存放，并尽快进行低温离心获取血浆。 若不能进行低温离心，则需要使用添加专有稳定剂的 STRECK 无创管来保存全血，可在常温条件下离心。 为了消除残留的细胞，血浆需要进行二次离心：first在 4℃ 条件下以 1600g 离心 10 分钟；第二次在 4℃ 条件下以 16000g 离心 10 分钟。 4）样品保存：血浆、血清样品液氮速冻后 -80℃ 冰箱保存。样品保存期间避免反复冻融。 5）样品运输：封口膜封好样品，干冰运输。该技术可以同时检测环状DNA和环状DNA的甲基化修饰状态。

案例2：解析转录因子结合 原文：Cell-type specific and combinatorial usage of diverse transcription factors revealed by genome-wide binding studies in multiple human cells 期刊：Genome Research 影响因子：10.10 本文通过ChIP测序系统性地调查了11种不同类型人类细胞中3种转录因子（CTCF、RNAPII和MYC）与基因组的结合情况。结果表明：CTCF主要结合在基因间区，而RNAPII和MYC则偏向于结合在启动子区。CTCF结合位点在不同类型细胞中往往没有多大变化，而MYC的结合则呈现强烈的细胞特异性。MYC和RNAPII在很多区域共定位，并具有很多共同的靶基因。此外，通过整合转录组测序数据发现：转录因子结合与潜在靶基因的表达正相关，多个转录因子的组合结合，尤其是MYC和RNAPII的同时结合与基因高表达有着很强的关联性。云序生物具有丰富样本处理经验，采用ctDNA提取试剂盒，富集效率高。河南表观遗传组测序分析

传统观点认为真核基因组通常形成稳定的线性染色体。山西修饰表观遗传组测序案例

由于通常的活检技术不能够描述分子特性，因此胰腺ai和胆道ai患者通常缺少个性化的治疗方案。而游离的DNA测序能够帮助这部分人群进行医疗。在Eric A. Collisson教授的研究中，他们分析了26名患者tumsor中的54个基因。除了9名患者测序失败，剩下的17名患者中，90.3%的tumsor突变都能够在ctDNA中发现。其正确率为97.7%，灵敏度为92.3%，特异性为100%。同时，他们发现，ctDNA与tumsor标记动态是具有相关性的。因此，可以在胰腺cancer和胆道cancer患者中，通过ctDNA测序的方法，来确定患者的tumsor基因型，从而为患者提供准确的靶向疗法。山西修饰表观遗传组测序案例

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