江西表观遗传组测序分子

人体血液循环系统中，含有不断流动的携带一定特征（包括突变，缺失，插入，重排，拷贝数异常，甲基化等）的，来自tumsor基因组的DNA的片段。这些DNA的片段来源于四个部分：1、坏死的tumsor细胞；2、凋亡的tumsor细胞；3、循环tumsor细胞；4、tumsor细胞分泌的外排体。自1977年人类发现ctDNA以来，对其的研究就从未中断过。在1994年，研究人员鉴定了来源于tumsor的含有cancer标志性突变的DNA。加上ctDNA的无创性和易获得性，在其中发现的tumsor标志物，被认为可以用于检测tumsor早期诊断，进展过程，预后判断及个性化用药指导。但是由于ctDNA在人体血液内含量极低，只有循环DNA的1%，甚至万分之一，其测序检测存在巨大的挑战。后续进行文库构建与高通量测序，从而获得发生甲基化修饰的环状DNA。江西表观遗传组测序分子

1）样品类型：tumsor患者的血浆、血清或 cfDNA。 血浆和血清相比较而言，推荐使用血浆，以减少淋巴细胞来源的 cfDNA 干扰。 2）样品量：血浆>5mL；血清>10mL；cfDNA>10 ng。 3）血浆提取： 使用 EDTA 抗凝管收集全血，切勿冷冻保存，只能在 2-8℃ 冰箱短暂存放，并尽快进行低温离心获取血浆。 若不能进行低温离心，则需要使用添加专有稳定剂的 STRECK 无创管来保存全血，可在常温条件下离心。 为了消除残留的细胞，血浆需要进行二次离心：first在 4℃ 条件下以 1600g 离心 10 分钟；第二次在 4℃ 条件下以 16000g 离心 10 分钟。 4）样品保存：血浆、血清样品液氮速冻后 -80℃ 冰箱保存。样品保存期间避免反复冻融。 5）样品运输：封口膜封好样品，干冰运输。中国澳门云序表观遗传组测序ctDNA甲基化基因的有效性（AUC：0.816）远高于传统分子标志物AFP（AUC：0.969）。

CUT&Tag 技术的基本原理为：在抗体引导下，ChiTag 酶在目的组蛋白修饰标志、或转录因子、或染色质调控蛋白结合染色质的局部进行目的 DNA 的片段化，同时添加测序接头，并释放到细胞外，而绝大部分无关的染色质还留在细胞核内，因而整个实验的信噪比大幅提高，同时简化了实验步骤。该方法可一管式高通量应用，并可与单细胞测序平台"无缝"结合。ChiTag 酶在打断基因组的同时加上接头，不需要繁琐的补平加 A 加接头，在一个工作日内可以完成从细胞到测序文库制备全流程。

早在去年 5 月，中国本土公司近岸蛋白质（NOVOPROTEIN）便公开了该方法替代 ChIP-Seq 的可能性与原料 ChiTagTM 酶（一种 Protein A 与 Tn5 融合蛋白）的技术原理（图1），展示了中国生物技术公司已经走出对国外公司的简单模仿，在某些领域的自主创新走在了世界的前列。Henikoff 博士的文章进一步展示了 ChiTag (Chromatin Immuno-Tagment) 酶在解决蛋白质-DNA 相互作用的巨大潜力。云序生物提供的MeDIP测序服务，将甲基化DNA免疫共沉淀技术（MeDIP）和高通量测序相结合，能够帮助客户快速地获取全基因组范围内的DNA甲基化图谱，并比较不同样品中的甲基化分布差异。云序生物提供的MeDIP测序服务，将甲基化DNA免疫共沉淀技术（MeDIP）和高通量测序相结合，能够帮助客户快速地获取全基因组范围内的DNA甲基化图谱，并比较不同样品中的甲基化分布差异。云序生物质控流程严格，层层把关，为客户提供高准确度的结果。

ChIP-Seq（Chromatin Immunoprecipitation Sequencing）因能真实、完整地反映靶蛋白与DNA序列的结合情况，因而成为研究DNA-蛋白相互作用的经典方法。但ChIP-Seq继承了ChIP的难点与局限性：需要大量细胞投入（106-107），甲醛交联易导致假阳性或假阴性，对染色质的完整性、免疫沉淀抗体的特异性较为敏感，整体实验步骤复杂耗时长，测序数据背景信号高等，这些难点使得低投入量、低丰度的靶蛋白、弱结合DNA-蛋白质的研究变得较为困难。ctDNA羟甲基化检测为日后通过血浆样本进行无创诊断奠定了良好的基础。江西表观遗传组测序研究

环状DNA连登《Nature》《Cell》等期刊，成为了很有潜力的科研新热点。江西表观遗传组测序分子

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