广东文章 表观遗传组测序是什么

指导用药：与传统组织相比，取样简单、相对无创。采用ctDNA检测相应驱动基因突变，指导靶向医治。也可同时进行耐药突变检测，指导耐药后医治。tumsor代表性：tumsor异质性强，传统组织样本的检测有时会因代表性欠佳而使医治失败。ctDNA能更好的反映tumsor全貌，有效避免tumsor异质性难题。实时监控：无创易获取的特点，使ctDNA样本能随时获得，对全程医治中的各个时间点进行相应突变的实时监控，动态监测满足了个体化医治时代的需求。云序生物提供的MeDIP测序服务，将甲基化DNA免疫共沉淀技术（MeDIP）和高通量测序相结合，能够帮助客户快速地获取全基因组范围内的DNA甲基化图谱，并比较不同样品中的甲基化分布差异。还在tumsour发生和发展机理研究中发挥着重大的潜在价值。广东文章 表观遗传组测序是什么

多次实验之间的一致性更高 EM-seq 文库在不同起始量之间的相关性都很高，表明 EM-seq 检出的数据具有很好的可重复性，且甲基化检测灵敏度不会随着起始量的减少而降低；相形之下，不同的 WGBS 文库之间的相关性就不够理想。更精准地检测转录起始位点的甲基化数据 在低表达基因的转录起始位点附近，胞嘧啶一般会发生甲基化修饰，但由于 WGBS 法倾向于低估 GC 区域，因此难免遗漏一些转录起始位点附近的甲基化修饰；EM-seq 因为其出色的 GC 覆盖均一性，可以更精准地检测转录起始位点的甲基化数。广西云序生物表观遗传组测序介绍目前也习惯将巨大的环状DNA(>1Mb)称为ecDNA, 而将相对较小的环状DNA称为eccDNA。

1、DNA甲基化富集峰的识别通过高通量测序和生物信息分析，识别甲基化富集的基因组区域，默认p<=1e-5（具体参数以报告为准，云序生物会根据数据，适当调整参数）的峰为统计上明显的甲基化区注：每个样品组做一个Input，以去除基因组背景，降低假阳性率2、DNA甲基化区域富集峰的注释富集峰识别后，得到的是一堆基因组位置信息，通过生物信息分析利用邻近基因对富集峰进行注释，并根据峰中点相对于已知基因的位置，将富集峰为启动子峰、上游峰、内含子峰、外显子峰、基因间峰

EM-seq的优势相比于传统的WGBS拥有多种优势：DNA测序文库质量高、所需DNA起始量小相比于WGBS，EM-seq对DNA的损伤小，因此可以用更少DNA样品、更少的PCR轮数扩增出高质量的测序文库。云序生物提供的EM-seq服务，所需的DNA起始量可低至10ng。DNA文库的插入片段更长、更完整相比于WGBS，EM-seq处理后的DNA的片段更完整，长度更长，避免产生测序缺口。出色的GC覆盖均一性无论GC程度高低，EM-seq的覆盖度都有均匀且优良的表现；相比之下，WGBS测序文库高估了AT区，却低估了GC区，造成“GC覆盖度偏误”。目前也习惯将巨大的环状DNA(>1Mb)称为ecDNA。

人体血液循环系统中，含有不断流动的携带一定特征（包括突变，缺失，插入，重排，拷贝数异常，甲基化等）的，来自tumsor基因组的DNA的片段。这些DNA的片段来源于四个部分：1、坏死的tumsor细胞；2、凋亡的tumsor细胞；3、循环tumsor细胞；4、tumsor细胞分泌的外排体。自1977年人类发现ctDNA以来，对其的研究就从未中断过。在1994年，研究人员鉴定了来源于tumsor的含有cancer标志性突变的DNA。加上ctDNA的无创性和易获得性，在其中发现的tumsor标志物，被认为可以用于检测tumsor早期诊断，进展过程，预后判断及个性化用药指导。但是由于ctDNA在人体血液内含量极低，只有循环DNA的1%，甚至万分之一，其测序检测存在巨大的挑战。ctDNA特指来源于tumsour细胞的cfDNA，是液体活检主流方向。中国香港平台表观遗传组测序案例

在治 疗过程中，ctDNA甲基化水平与ai细胞数量呈正比。广东文章 表观遗传组测序是什么

案例2：解析转录因子结合 原文：Cell-type specific and combinatorial usage of diverse transcription factors revealed by genome-wide binding studies in multiple human cells 期刊：Genome Research 影响因子：10.10 本文通过ChIP测序系统性地调查了11种不同类型人类细胞中3种转录因子（CTCF、RNAPII和MYC）与基因组的结合情况。结果表明：CTCF主要结合在基因间区，而RNAPII和MYC则偏向于结合在启动子区。CTCF结合位点在不同类型细胞中往往没有多大变化，而MYC的结合则呈现强烈的细胞特异性。MYC和RNAPII在很多区域共定位，并具有很多共同的靶基因。此外，通过整合转录组测序数据发现：转录因子结合与潜在靶基因的表达正相关，多个转录因子的组合结合，尤其是MYC和RNAPII的同时结合与基因高表达有着很强的关联性。广东文章 表观遗传组测序是什么

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