安徽修饰表观遗传组测序介绍

ChIP-Seq（ChromatinImmunoprecipitationSequencing）因能真实、完整地反映靶蛋白与DNA序列的结合情况，因而成为研究DNA-蛋白相互作用的经典方法。但ChIP-Seq继承了ChIP的难点与局限性：需要大量细胞投入（106-107），甲醛交联易导致假阳性或假阴性，对染色质的完整性、免疫沉淀抗体的特异性较为敏感，整体实验步骤复杂耗时长，测序数据背景信号高等，这些难点使得低投入量、低丰度的靶蛋白、弱结合DNA-蛋白质的研究变得较为困难。而将相对较小的环状DNA称为eccDNA。安徽修饰表观遗传组测序介绍

案例2：解析转录因子结合 原文：Cell-type specific and combinatorial usage of diverse transcription factors revealed by genome-wide binding studies in multiple human cells 期刊：Genome Research 影响因子：10.10 本文通过ChIP测序系统性地调查了11种不同类型人类细胞中3种转录因子（CTCF、RNAPII和MYC）与基因组的结合情况。结果表明：CTCF主要结合在基因间区，而RNAPII和MYC则偏向于结合在启动子区。CTCF结合位点在不同类型细胞中往往没有多大变化，而MYC的结合则呈现强烈的细胞特异性。MYC和RNAPII在很多区域共定位，并具有很多共同的靶基因。此外，通过整合转录组测序数据发现：转录因子结合与潜在靶基因的表达正相关，多个转录因子的组合结合，尤其是MYC和RNAPII的同时结合与基因高表达有着很强的关联性。辽宁平台表观遗传组测序结果在治 疗过程中，ctDNA甲基化水平与ai细胞数量呈正比。

ATAC测序的全称是AssayforTransposaseAccessibleChromatinusingsequencing,运用测序手段研究转座酶可接近的染色质的一种技术。该技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割，进而获得在该特定时空下基因组中活跃转录的调控序列。这项技术只需少量细胞便可获得实时全基因组活性调控序列信息，应用于转录因子结合分析、核小体定位、活性调控元件分布等研究，在表观遗传机制研究领域有广阔的应用前景。云序生物对染色质开放区域进行研究的技术是利用ATAC测序技术，其原理为：利用DNA转座酶可以携带DNA去识别染色质开放区域。人为地将携带已知DNA序列标签的转座复合物（即带着测序标签的转座酶），加入到细胞核中，再利用已知序列的标签进行建库后测序，从而识别染色质的开放区域。

案例2.ATAC-seq与ChIP-seq联合分析原文：NfibPromotesMetastasisthroughaWidespreadIncreaseinChromatinAccessibility期刊：Cell影响因子：31.398该文章是通过比较原发性和肝转移性的小细胞肺ai细胞之间的差异，从而研究人小细胞肺ai促进ai症扩散转移的背景机制。首先利用ATAC-seq，发现NFI家族转录因子富集在具有差异的染色质开放位点中，预示着NFI家族转录因子在调控tumsor细胞转移中扮演着重要角色。进一步进行ChIP-seq，通过2种测序结果联合分析，发现在染色质高开放性位点区域伴随着Nfib拷贝数量增多，且Nfib在侵袭性原发性tumsor和转移性tumsor内高表达，Nfib表现出维持染色质及远端调控区域开放和促进神经基因表达的功能，说明Nfib对促进ai细胞增殖和迁移具有重要的作用。云序生物具有丰富样本处理经验，采用ctDNA提取试剂盒，富集效率高。

技术优势一站式服务：客户只需提供样本，云序生物为您完成从ctDNA提取，文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。特异性富集ctDNA的片段：云序生物具有丰富样本处理经验，采用ctDNA提取试剂盒，富集效率高。严格质控流程：云序生物质控流程严格，层层把关，为客户提供高准确度的结果。专业化生物信息分析：云序生物强大生物信息团队，满足客户个性化数据分析要求。样本要求1）样品类型：血清、血浆、体液等。其他样本类型请详询。2）样品量：血清，血浆：≥5mL;体液：请详询。3）样品保存：血清、血浆、体液样品，可用液氮速冻后-80℃保存，样品保存期间避免反复冻融。4）样品运输：样品置于1.5mL管中，封口膜封好，干冰运输。该技术可以同时检测环状DNA和环状DNA的甲基化修饰状态。辽宁平台表观遗传组测序结果

游离于染色体基因组之外的DNA 被发现常常以环状的形式存在。安徽修饰表观遗传组测序介绍

EM-seq的优势相比于传统的WGBS拥有多种优势：DNA测序文库质量高、所需DNA起始量小相比于WGBS，EM-seq对DNA的损伤小，因此可以用更少DNA样品、更少的PCR轮数扩增出高质量的测序文库。云序生物提供的EM-seq服务，所需的DNA起始量可低至10ng。DNA文库的插入片段更长、更完整相比于WGBS，EM-seq处理后的DNA的片段更完整，长度更长，避免产生测序缺口。出色的GC覆盖均一性无论GC程度高低，EM-seq的覆盖度都有均匀且优良的表现；相比之下，WGBS测序文库高估了AT区，却低估了GC区，造成“GC覆盖度偏误”。安徽修饰表观遗传组测序介绍

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