企业商机
表观遗传组测序基本参数
  • 品牌
  • 高通量测序,测序合成,科研,技术服务
  • 公司名称
  • 上海云序生物科技有限公司
  • 行业类型
  • 生物
  • 安全质量检测类型
  • 测序
  • 所在地
  • 北京,海南,上海,河北,广州,河南,湖北,深圳,成都,湖南,杭州,吉林,南京,江苏,天津,江西,武汉,辽宁,重庆,宁夏,安徽,青海,中国澳门,山东,福建,山西,甘肃,陕西,广东,四川,广西,中国台湾,贵州,西藏,内蒙古,黑龙江,浙江,云南,新疆,香港
  • 检测类型
  • 测序
表观遗传组测序企业商机

案例1. ATAC-Seq与RNA-Seq关联分析 期刊:The Plant Cell 影响因子:8.23 原文:EGRINs (Environmental Gene Regulatory Influence Networks) in Rice That Function in the Response to Water Deficit, High Temperature, and Agricultural Environments 本篇文章是利用ATAC-seq与RNA-seq联合分析的经典案例。作者选择5个不同的水稻品种,对它们分别进行热处理和干旱处理以模拟高温和缺水这2种胁迫环境。进一步通过对这种胁迫处理的5个水稻品种进行RNA-seq检测RNA的表达差异和ATAC-seq检测染色质开放区域差异。再联合ATAC-seq数据和RNA-seq数据,以及转录因子的motif信息。构建植物应激的转录因子-靶基因的调控网络图,并寻找关键的转录因子-靶基因模块,预测了关键转录因子活性。完成植物在应激情况下反应相关的转录因子的研究。作者还发现血浆中的胎儿 环状DNA 与母体 环状DNA 相比甲基化程度相对较低。江苏研究表观遗传组测序

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技术优势 一站式服务:客户只需提供样本,云序生物为您完成从ctDNA提取,文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程。 特异性富集ctDNA的片段:云序生物具有丰富样本处理经验,采用ctDNA提取试剂盒,富集效率高。 严格质控流程:云序生物质控流程严格,层层把关,为客户提供高准确度的结果。 专业化生物信息分析:云序生物强大生物信息团队,满足客户个性化数据分析要求。 样本要求 1)样品类型:血清、血浆、体液等。其他样本类型请详询。 2)样品量: 血清,血浆:≥5 mL; 体液:请详询。 3)样品保存: 血清、血浆、体液样品,可用液氮速冻后-80℃保存,样品保存期间避免反复冻融。 4)样品运输:样品置于1.5 mL管中,封口膜封好,干冰运输。江西平台表观遗传组测序案例而将相对较小的环状DNA称为eccDNA。

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1)样品类型:tumsor患者的血浆、血清或 cfDNA。 血浆和血清相比较而言,推荐使用血浆,以减少淋巴细胞来源的 cfDNA 干扰。 2)样品量:血浆>5mL;血清>10mL;cfDNA>10 ng。 3)血浆提取: 使用 EDTA 抗凝管收集全血,切勿冷冻保存,只能在 2-8℃ 冰箱短暂存放,并尽快进行低温离心获取血浆。 若不能进行低温离心,则需要使用添加专有稳定剂的 STRECK 无创管来保存全血,可在常温条件下离心。 为了消除残留的细胞,血浆需要进行二次离心:first在 4℃ 条件下以 1600g 离心 10 分钟;第二次在 4℃ 条件下以 16000g 离心 10 分钟。 4)样品保存:血浆、血清样品液氮速冻后 -80℃ 冰箱保存。样品保存期间避免反复冻融。 5)样品运输:封口膜封好样品,干冰运输。

可以说,ctDNA的应用已经渗透到tumsor全程管理的各个环节。 早期筛查:与甲基化检测结合,或能较早检出tumsor的发生;技术不断成熟,有望使其成为tumsor早筛的新方法。 分子诊断:用于组织学检测的替代或有效补充,检测已知的驱动基因,如肺cancerEGFR、ALK突变等,指导医治。 残余病灶检测:可基于ctDNA,进行术后分子残留病灶检测,并进一步预测巩固医治的疗效。 疗效评估:系列、动态的检测ctDNA中的基因突变情况(如EGFR突变丰度),有效评估tumsor通路状态,评估靶向医治的疗效。通过Klenow酶修复转座产物的末端缺口。

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案例2 :鼻细胞表观基因甲基化作为儿童哮chuan和气道炎症生物标志物的研究 期刊:Nature Communication 影响因子:11.878 本文作者研究团队首先借助850K甲基化芯片平台对547名儿童鼻孔细胞表观基因组做了DNA甲基化检测分析,并对当前的哮chuan、变应原致敏、变应性鼻炎、呼出气一氧化氮(FeNO)和肺功能进行了鼻表观基因组关联分析(EWAS)。结果显示DNA差异甲基化主要发生在哮chuan相关基因、参与Th2和嗜酸性反应的基因、以及可能改变呼吸上皮的通透性和功能的基因。作者还发现发现随着过敏和哮chuan生物标志物的升高,表观遗传年龄会加速。综上所述,鼻细胞外基因组甲基化可以作为哮chuan、过敏和气道气道炎症的敏感生物标志物,以及这些表型的特异性生物学过程。ctDNA羟甲基化检测为日后通过血浆样本进行无创诊断奠定了良好的基础。云南修饰表观遗传组测序分子

由此可见,由于其结构和表达的特异性,环状DNA可以影响细胞生命活动。江苏研究表观遗传组测序

人体血液循环系统中,含有不断流动的携带一定特征(包括突变,缺失,插入,重排,拷贝数异常,甲基化等)的,来自tumsor基因组的DNA的片段。这些DNA的片段来源于四个部分:1、坏死的tumsor细胞;2、凋亡的tumsor细胞;3、循环tumsor细胞;4、tumsor细胞分泌的外排体。自1977年人类发现ctDNA以来,对其的研究就从未中断过。在1994年,研究人员鉴定了来源于tumsor的含有cancer标志性突变的DNA。加上ctDNA的无创性和易获得性,在其中发现的tumsor标志物,被认为可以用于检测tumsor早期诊断,进展过程,预后判断及个性化用药指导。但是由于ctDNA在人体血液内含量极低,只有循环DNA的1%,甚至万分之一,其测序检测存在巨大的挑战。江苏研究表观遗传组测序

上海云序生物科技有限公司致力于商务服务,是一家服务型公司。公司业务分为RNA甲基化,表观遗传学,转录组测序,外泌体等,目前不断进行创新和服务改进,为客户提供良好的产品和服务。公司从事商务服务多年,有着创新的设计、强大的技术,还有一批**的专业化的队伍,确保为客户提供良好的产品及服务。云序生物秉承“客户为尊、服务为荣、创意为先、技术为实”的经营理念,全力打造公司的重点竞争力。

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