cfDNA(Cell free DNA)是人体组织排放到血液、尿液或脑脊液等循环体系中的降解的DNA小片段,是一种新型的分子标记物。ctDNA(Circulating tumor DNA)特指来源于tumsor细胞的cfDNA,是液体活检主流方向。 报道表明:ctDNA羟甲基化不但可以作为tumsor分子标志物,还可用于追溯tumsor细胞的组织来源。在医疗大趋势下,ctDNA羟甲基化检测既具有极高的科研价值,又具备推进医疗临床实践的巨大潜能,为实现tumsor临床医治的全病程管理提供强有力的支持。利用ctDNA羟甲基化测序,凭一管液体就可以进行tumsor诊断、疗效评估、实时监控、个体化用药、预测复发等,是里程碑式的新型液体活检技术。游离于染色体基因组之外的DNA 被发现常常以环状的形式存在。江西技术表观遗传组测序研究
CUT&Tag技术研究蛋白质-DNA互作的优势 原文:CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells 期刊:Nature Communications 发表时间:20190429 影响因子: 11.878 在生物学研究中,DNA与蛋白质之间的互作是至关重要的,参与基因的表达、调控、复制、重组和修复以及RNA的转运、翻译和调控等多个过程,几乎涉及所有的生命活动。目前研究两者互作的方法很多,作者选择了传统的研究手段ChIP-seq,优化的CUT&RUN方法,以及新方法CUT&Tag共同研究组蛋白H3K27me3。通过比对实验结果,发现CUT&Tag有低的背景噪声以及强的信号。通过对H3K4me1修饰物进行分析,显示CUT&Tag的灵敏度高,实验可重复性好。湖南平台表观遗传组测序但新的研究表明:无论是在正常体细胞还是ai细胞中,都存在大量染色体外环状DNA。
1、DNA甲基化富集峰的识别 通过高通量测序和生物信息分析,识别甲基化富集的基因组区域,默认p <= 1e-5(具体参数以报告为准,云序生物会根据数据,适当调整参数)的峰为统计上明显的甲基化区 注:每个样品组做一个Input,以去除基因组背景,降低假阳性率 2、DNA甲基化区域富集峰的注释 富集峰识别后,得到的是一堆基因组位置信息,通过生物信息分析利用邻近基因对富集峰进行注释,并根据峰中点相对于已知基因的位置,将富集峰为启动子峰、上游峰、内含子峰、外显子峰、基因间峰
CUT&Tag 有望将蛋白与染色质 DNA 互相作用的研究变成了一种类似 PCR 反应的常规操作,对基因调控、表观遗传等领域的研究具有革命性的意义 在生物学研究中,DNA 与蛋白质之间的相互作用(DNA-Protein Interaction, DPI)是至关重要的,基因的表达、调控、复制、重组和修复,RNA 的转运、翻译和调控,都离不开 DPI,几乎所有的生命活动都会涉及 DPI。 早在十九世纪后期,科学家就通过显微镜观察到了蛋白质与 DNA 直接的相互作用,从那以后,他们开始深入探索蛋白质结合并控制 DNA 的作用机制。客户只需提供血清血浆,云序生物为您完成环状DNA富集,甲基化位点转化。
早在去年 5 月,中国本土公司近岸蛋白质(NOVOPROTEIN)便公开了该方法替代 ChIP-Seq 的可能性与原料 ChiTagTM 酶(一种 Protein A 与 Tn5 融合蛋白)的技术原理(图1),展示了中国生物技术公司已经走出对国外公司的简单模仿,在某些领域的自主创新走在了世界的前列。Henikoff 博士的文章进一步展示了 ChiTag (Chromatin Immuno-Tagment) 酶在解决蛋白质-DNA 相互作用的巨大潜力。云序生物提供的MeDIP测序服务,将甲基化DNA免疫共沉淀技术(MeDIP)和高通量测序相结合,能够帮助客户快速地获取全基因组范围内的DNA甲基化图谱,并比较不同样品中的甲基化分布差异。云序生物提供的MeDIP测序服务,将甲基化DNA免疫共沉淀技术(MeDIP)和高通量测序相结合,能够帮助客户快速地获取全基因组范围内的DNA甲基化图谱,并比较不同样品中的甲基化分布差异。且能单碱基分辨甲基化修饰位点,满足客户的各类深入数据分析需求。重庆修饰表观遗传组测序是什么
通过对不同产后时间点的胎儿环状DNA含量的评估。江西技术表观遗传组测序研究
染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是研究蛋白质与DNA相互作用的经典技术,被普遍应用于转录因子结合位点或组蛋白修饰位点的研究。 云序生物提供的ChIP-Seq服务,将ChIP和高通量测序技术结合,在全基因组范围内检测与特定转录因子或组蛋白结合的DNA位点。配合强大的生信分析实力,云序生物提供的不仅是海量的测序数据,而且是根据您的研究目的,有针对性地挖掘提炼出取之即可用的结果及出版级图片。云序生物提供的MeDIP测序服务,将甲基化DNA免疫共沉淀技术(MeDIP)和高通量测序相结合,能够帮助客户快速地获取全基因组范围内的DNA甲基化图谱,并比较不同样品中的甲基化分布差异。江西技术表观遗传组测序研究
上海云序生物科技有限公司致力于商务服务,以科技创新实现高品质管理的追求。云序生物作为上海云序生物科技有限公司于2015年3月成立,坐落于上海漕河泾新兴技术开发区,专注于表观修饰以及转录组领域,依托于高通量测序、定量PCR、质谱技术和生物信息学等技术,集科研服务、医学检测、产品研发于一体的高新技术企业。的企业之一,为客户提供良好的RNA甲基化,表观遗传学,转录组测序,外泌体。云序生物不断开拓创新,追求出色,以技术为先导,以产品为平台,以应用为重点,以服务为保证,不断为客户创造更高价值,提供更优服务。云序生物始终关注自身,在风云变化的时代,对自身的建设毫不懈怠,高度的专注与执着使云序生物在行业的从容而自信。