染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是研究蛋白质与DNA相互作用的经典技术,被普遍应用于转录因子结合位点或组蛋白修饰位点的研究。 云序生物提供的ChIP-Seq服务,将ChIP和高通量测序技术结合,在全基因组范围内检测与特定转录因子或组蛋白结合的DNA位点。配合强大的生信分析实力,云序生物提供的不仅是海量的测序数据,而且是根据您的研究目的,有针对性地挖掘提炼出取之即可用的结果及出版级图片。云序生物提供的MeDIP测序服务,将甲基化DNA免疫共沉淀技术(MeDIP)和高通量测序相结合,能够帮助客户快速地获取全基因组范围内的DNA甲基化图谱,并比较不同样品中的甲基化分布差异。而将相对较小的环状DNA称为eccDNA。中国台湾平台表观遗传组测序结果
ctDNA/cfDNA 之所以引起学界这么大的研究热情,与其在临床上广阔的应用前景是分不开的。相比于目前tumsor诊断当中普遍使用的组织活检,ctDNA 测序对患者的伤害小,且可以多次、实时地进行提取检测,在临床运用上具有极大的优势,有助于ai症的早发现、早医治,被誉为“液体切片活检”。ctDNA 的甲基化检测,同时结合了 ctDNA 测序于 DNA 甲基化测序的优势,在ai症检测方面提供更好的特异性和灵敏度。在 2021 年,已有 ctDNA/cfDNA 甲基化测序相关的商业化产品面市广西表观遗传组测序分子通过温和的酶转化法,将未甲基化的胞嘧啶(C)高效地转化为尿嘧啶(U)。
技术优势 一站式服务:客户只需提供样本,云序生物为您完成从ctDNA提取,文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程。 特异性富集ctDNA的片段:云序生物具有丰富样本处理经验,采用ctDNA提取试剂盒,富集效率高。 严格质控流程:云序生物质控流程严格,层层把关,为客户提供高准确度的结果。 专业化生物信息分析:云序生物强大生物信息团队,满足客户个性化数据分析要求。 样本要求 1)样品类型:血清、血浆、体液等。其他样本类型请详询。 2)样品量: 血清,血浆:≥5 mL; 体液:请详询。 3)样品保存: 血清、血浆、体液样品,可用液氮速冻后-80℃保存,样品保存期间避免反复冻融。 4)样品运输:样品置于1.5 mL管中,封口膜封好,干冰运输。
1、DNA甲基化富集峰的识别 通过高通量测序和生物信息分析,识别甲基化富集的基因组区域,默认p <= 1e-5(具体参数以报告为准,云序生物会根据数据,适当调整参数)的峰为统计上明显的甲基化区 注:每个样品组做一个Input,以去除基因组背景,降低假阳性率 2、DNA甲基化区域富集峰的注释 富集峰识别后,得到的是一堆基因组位置信息,通过生物信息分析利用邻近基因对富集峰进行注释,并根据峰中点相对于已知基因的位置,将富集峰为启动子峰、上游峰、内含子峰、外显子峰、基因间峰ctDNA羟甲基化检测为日后通过血浆样本进行无创诊断奠定了良好的基础。
案例1:解析组蛋白修饰 原文:Epigenomic analysis of multilineage differentiation of human embryonic stem cells 期刊:Cell 影响因子:31.39 为了研究胚胎发育过程中的表观遗传调控,本文结合ChIP测序、甲基化测序和转录组测序,系统性地调查了人类胚胎干细胞在分化为不同类型细胞过程中的染色体修饰、DNA甲基化修饰以及转录组变化。通过各种测序数据的联合分析发现:胚胎发育早期活跃的启动子CpG含量比较高,并且在不表达的细胞中它们往往具有组蛋白H3K27me3修饰,从而维持抑 制状态。相反地,胚胎发育后期表达的基因的启动子CpG含量比较低,并且主要通过DNA甲基化维持抑 制状态。 可用于协助评估用药疗效、复发及医治后期转移动态的监测。上海分析表观遗传组测序是什么
并揭示了孕妇血浆中的胎儿环状DNA甲基化状况。中国台湾平台表观遗传组测序结果
多次实验之间的一致性更高 EM-seq 文库在不同起始量之间的相关性都很高,表明 EM-seq 检出的数据具有很好的可重复性,且甲基化检测灵敏度不会随着起始量的减少而降低;相形之下,不同的 WGBS 文库之间的相关性就不够理想。更精准地检测转录起始位点的甲基化数据 在低表达基因的转录起始位点附近,胞嘧啶一般会发生甲基化修饰,但由于 WGBS 法倾向于低估 GC 区域,因此难免遗漏一些转录起始位点附近的甲基化修饰;EM-seq 因为其出色的 GC 覆盖均一性,可以更精准地检测转录起始位点的甲基化数。中国台湾平台表观遗传组测序结果
上海云序生物科技有限公司致力于商务服务,以科技创新实现高品质管理的追求。云序生物作为上海云序生物科技有限公司于2015年3月成立,坐落于上海漕河泾新兴技术开发区,专注于表观修饰以及转录组领域,依托于高通量测序、定量PCR、质谱技术和生物信息学等技术,集科研服务、医学检测、产品研发于一体的高新技术企业。的企业之一,为客户提供良好的RNA甲基化,表观遗传学,转录组测序,外泌体。云序生物不断开拓创新,追求出色,以技术为先导,以产品为平台,以应用为重点,以服务为保证,不断为客户创造更高价值,提供更优服务。云序生物始终关注自身,在风云变化的时代,对自身的建设毫不懈怠,高度的专注与执着使云序生物在行业的从容而自信。