ai基因在eccDNA上扩增的重新发现以及eccDNA在tumour基因组重排的新发现,不only挑战了目前对于tumour基因重排的理解,还迫切促使我们重新考虑当前ai症基因组图谱包含的空间信息。而本文这项研究只在神经母细胞瘤中,还有待将来扩展到其他类型的tumour,因此eccDNA在其他ai症基因组图谱和新功能还有更广阔的探索空间,相信eccDNA作为新时代的科研探索热点势不可挡,为了帮助老师们搭上eccDNA探索的“高铁”,此刻云序生物向各位研究者隆重推荐best新eccDNA-seq技术,该技术作为业内率先发布的eccDNA测序服务,能够帮助大家紧扣科研时代脉搏,紧跟前沿步伐,更快、更好、更新的满足大家对于eccDNA的研究需求,欢迎新老客户来电咨询。云序采用多种方法高效地富集和扩增环状DNA。山东技术环状DNA
无论是在正常体细胞还是ai细胞中,都存在大量染色体外环状DNA。近日,Nature杂志上发表了颠覆性研究成果:在tumour中,主要的ai基因转录本是直接来自于eccDNA的,而eccDNA的染色质是高度开放的,eccDNA的ai基因能够大量表达,同时缺乏丝粒,导致不遵照孟德尔定律进行遗传,这种特性使得eccDNA是驱动tumour异质性的重要机制。由此可见,由于其结构和表达的特异性,eccDNA可以影响细胞生命活动,促进tumour细胞演进和适应性进化,增加了基因组的可塑性和不稳定性。目前,eccDNA不onlyonly可以作为一种新型特异的tumour标志物,还在tumour发生和发展机理研究中发挥着重大的潜在价值。可以预见的是,eccDNA将迅速成为新的科研热点,甚至会对传统遗传学和基因组学带来**性影响。上海环状DNA研究母系来源的eccDNA比胚胎来源的eccDNA分子长度也更长。
2019年,接连3篇高水平染色体外环状DNA的研究论文刺激了这一几十年前就已发现的一种存在于染色体外的DNA形式的研究热潮。当然,不onlyonly文章的发表,这一研究方向能够得到如此多的关注也是因为高通量测序技术的应用使得对eccDNA的作用感兴趣的研究人员有了更加便捷的研究方法,降低了研究的门槛。 染色外环状DNA早在1965年就已经被报道,这是first次在小麦胚乳细胞和猪精子当中发现的DNA存在形式。同年其他研究人员报道在人的tumour细胞中发现了eccDNA,并且发现是都是以成对的形式存在,因此被称作“双微体”,这也是双微体概念的first次提出。(大家注意一下下图中染色体旁边成对出现的小黑点就是双微体)
目前研究表明,环状DNA是从染色体上断裂、环化或者额外复制产生的序列,其剪切加工机理主要提出有两种可能:(1)通过染色体异位同源重组环化(intrachromatid ectopic homologous recombination,HR);(2)通过非同源染色体末端连接环化(nonhomologous end-joining,NHEJ)。环状DNA形成是一个复杂的过程,更多环化方式有待探索。云序组织细胞环状DNA测序服务(Circle-seq),采用多种方法高效地富集和扩增环状DNA,极大地提高了环状DNA的检出率。富集后,通过NGS测序高通量地检测细胞中所有的环状DNA分子。并通过严谨的环状DNA生信流程,实现了对环状DNA准确的识别和详细的基因注释。目前研究表明,环状DNA是从染色体上断裂、环化或者额外复制产生的序列。
组织细胞环状DNA测序游离于染色体基因组之外的DNA (extrachromosomal DNA,ecDNA)被发现常常以环状的形式存在,这种形式的DNA被称为环状DNA (extrachromosomal circular DNA,eccDNA)。目前也习惯将巨大的环状DNA(>1Mb)称为ecDNA, 而将相对较小的环状DNA称为eccDNA。 传统观点认为真核基因组通常形成稳定的线性染色体。但best新的研究表明:无论是在正常体细胞还是ai细胞中,都存在大量染色体外环状DNA。云序生物是国内best早提供 eccDNA 测序服务的公司,云序在2018年已就启动了组织细胞 eccDNA 测序服务的开发。但新的研究表明:无论是在正常体细胞还是ai细胞中,都存在大量染色体外环状DNA。上海环状DNA研究
eccDNA(染色体外环状DNA)的相关研究成果不断。山东技术环状DNA
首先,我们来看什么是环状DNA。环状DNA是一种生物界普遍存在的DNA形式,如常见的线粒体DNA、叶绿体DNA、细菌基因组、细菌质粒、部分病毒基因组等。那么本文要讨论的染色体外环状DNA同上述提到的几种形式有什么不同呢?我们都知道线粒体DNA和质粒的都是以线性的DNA的形式存在的,其染色质成分并没有组蛋白,因而也不存在核小体的结构,并且不会发生染色体序列的折叠和三级结构。而eccDNA,既然叫做染色体外环状DNA,那么它首先应该是存在于真核生物当中的(原核生物、细胞器、病毒等不存在染色体的结构),其次必须是以环状的形式存在的,再者是游离于染色体外的,并且具有完整的核小体结构,也就是说,其染色质的组成是与正常的染色体相同的,因而也具有染色质折叠、压缩和特有的空间结构。山东技术环状DNA
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