样本要求样品类型:细胞、组织、基因组DNA。其它类型样品请详询。样品量:a)细胞2×107b)组织200mgc)DNA:>=10µg,溶于无菌水或TE(PH=8)(OD260/280值应在1.7~2.0之间;RNA应该去除干净;不得有其它个体或其它物种的DNA污染)。样品运输及保存:样品运输:样品置于1.5mLEppendorf管中,封口膜封好,干冰运输,DNA可用冰袋运输。样品保存:细胞样品或新鲜组织块切块,液氮冻存后-80℃保存;DNA样品短期内可-20℃,避免反复冻融。云序组织细胞环状DNA测序服务,采用多种方法高效地富集和扩增环状DNA,极大地提高了环状DNA的检出率。天津测序环状DNA测序
1. eccDNA成环的整体统计 eccDNA测序结果充分体现了基因组水平成环的多样性。eccDNA来源十分丰富,同一个基因有可能会产生非常多的环状,同样一个环状也不onlyonly只会包含一个外显子。TTN基因就是一个非常典型的例子。该基因长度达到了0.3Mb,而这样一个基因竟然能衍生得到130个eccDNA,是一个经典的编码基因区域成环的案例。其中比较有代表性的是43-66以及44-52号外显子所组成的环状分子。eccDNA测序的目的正是在组学的层面上的描述刻画eccDNA的成环多种可能性。天津测序环状DNA测序对环状DNA或差异环状DNA所属基因进行GO功能和KEGG通路富集分析。
云序生物是国内best早提供eccDNA测序服务的公司,云序在2018年已就启动了组织细胞eccDNA测序服务的开发,随后又在国内first发血清血浆环状DNA测序服务。迄今为止,我们已经完成上千例样品的eccDNA测序,积累了丰富的项目经验,样品类型涵盖:组织﹑细胞﹑血清﹑血浆﹑尿液等,物种涵盖:人﹑小鼠﹑大鼠﹑拟南芥﹑果蝇﹑酵母﹑非洲爪蟾等。云序生物采用A&ABiotechnology公司的环状DNA纯化柱,是绝大部分环状DNA高分文章中所使用的纯化柱,并且云序生物是该品牌在国内的总代理。今年,云序生物又在港中大教授卢煜明(Y.M.DennisLo)发表的Tn5转座酶法的基础上,在全国范围内率先推出了血清血浆eccDNA甲基化测序服务。
2017年:Nature,17种tumour的2572种细胞系的全基因组测序分析,证明eccDNA在tumour组织中普遍存在;2018年:NatureCommunications,健康人的肌肉和血液细胞中分离到超过十万种eccDNA分析,它们绝大部分都携带基因或基因片段,证明eccDNA在正常组织中是普遍存在的;2019年:NatureGenetics,eccDNA驱动神经母细胞瘤基因组重塑;2019年:Nature,eccDNA促进染色质可接近性和致ai基因的高表达;2019年:Cell,功能性增强子自造成染色体外ai基因的扩增。云序极大地提高了环状DNA的检出率。
案例1:孕妇血浆中胎儿环状DNA 的特征是:呈甲基化状态以及被清chu 近期,NIPT之父卢煜明教授团队开发了一种环状DNA 甲基化分析的测序方案,通过对不同产后时间点的胎儿环状DNA含量的评估,研究了胎儿环状DNA的体外清chu效率。作者还发现血浆中的胎儿 环状DNA 与母体 环状DNA 相比甲基化程度相对较低。此外,和胎儿线性DNA类似,胎儿环状DNA在分娩后从母血中迅速清chu。总之,该团队基于转座酶和m5C位点酶学转化方法开发出了环状DNA甲基化测序技术,并揭示了孕妇血浆中的胎儿环状DNA甲基化状况,为环状DNA的深入研究及新型分子标志物的开发提供了新的技术手段。在tumour中,主要的ai基因转录本是直接来自于环状DNA的,而环状DNA的染色质是高度开放的。江西环状DNA结果
eccDNA高通量检测的关键步骤是要通过实验手段对其进行有效的富集。天津测序环状DNA测序
eccDNA以颠覆传统认知的方式重新走到科研舞台的中心,必将在未来的一段时间掀起一场有关基因扩增、转录的大讨论。我们已经习惯了观察基因的缺失、突变、插入和移位,eccDNA的产生从新的角度让科研工作者去思考基因组存在的动态性和多样性。由此,tumour的异质性、tumour微环境、液体活检和耐药性等相关研究必定会围绕eccDNA展开更多集中式的研究和探索,有理由相信这次2019年年末的Nature和Cell文章的发表将成为里程碑式的作品,推动未来三到五年内有关eccDNA研究的新方向。天津测序环状DNA测序
上海云序生物科技有限公司坐落在上海市松江区新桥镇莘砖公路518号20幢302室-2,是一家专业的上海云序生物科技有限公司于2015年3月成立,坐落于上海漕河泾新兴技术开发区,专注于表观修饰以及转录组领域,依托于高通量测序、定量PCR、质谱技术和生物信息学等技术,集科研服务、医学检测、产品研发于一体的****。公司。目前我公司在职员工以90后为主,是一个有活力有能力有创新精神的团队。上海云序生物科技有限公司主营业务涵盖RNA甲基化,表观遗传学,转录组测序,外泌体,坚持“质量保证、良好服务、顾客满意”的质量方针,赢得广大客户的支持和信赖。公司力求给客户提供全数良好服务,我们相信诚实正直、开拓进取地为公司发展做正确的事情,将为公司和个人带来共同的利益和进步。经过几年的发展,已成为RNA甲基化,表观遗传学,转录组测序,外泌体行业出名企业。