海南云序生物环状DNA

尽管诸多研究成果都是基于双微体研究来进行的，但是事实上，后续研究证明并非所有的eccDNA都是以双微体的形式存在的。2017年，Nature发表了一篇first次利用高通量测序技术对17个tumour样本的大规模eccDNA研究，发现只有~30%的eccDNA是以双微体的形式存在的。同时也证明不同eccDNA在不同的tumour样本中是普遍存在的，但是含量有很大差别。接着陆续有研究发现双微体中能够携带ai症基因，如EGFR和MYC基因通过eccDNA在tumour细胞中扩增了40%（Cancer Genetics and Cytogenetics, 2008）；在胶质瘤中发现ai细胞通过形成eccDNA造成携带的EGFR和MYC基因大量扩增(PNAS, 2014)。环状DNA是一种生物界普遍存在的DNA形式。海南云序生物环状DNA

染色体外环状DNA(EccDNA)是一种起源于染色体但可能独li于染色体的环状DNA。由于技术的进步，eccDNAbest近已经成为具有多种特性的多功能分子。EccDNA独特的拓扑结构和遗传特性为ai症的监测、早期诊断、医治和预测提供了新的思路。EccDNA通常在正常细胞和ai细胞中观察到，并且通过对外源性和内源性刺激的应激反应，衰老和ai发生以及ai症医治期间的耐药性的不同机制起作用。 EccDNA的结构多样性决定了eccDNA的功能和数量的多样性，从而通过驱动染色体外位点的遗传可塑性和异质性，赋予eccDNA在进化和ai症发生和发展中的强大作用，而这在近几十年的进化过程中被忽视了。EccDNA在ai症中显示出巨大的潜力，本文综述了eccDNA的特点、生物发生、评价功能、作用机制、相关方法和临床应用，重点介绍了eccDNA在进化和ai症中的作用。四川修饰环状DNA目前也习惯将巨大的环状DNA(>1Mb)称为ecDNA, 而将相对较小的环状DNA称为eccDNA。

案例1：母体血浆中染色体外环状DNA的鉴定与特性分析 作者观察到在孕妇的血浆中存在染色体外环状DNA (环状DNA)，并通过限制性内切酶和Tn5转座酶处理后的改良的测序方法，在孕妇的血浆中鉴定出了环状DNA分子。他们发现血浆的环状DNA分子比线性的长，在这些环状DNA分子中，胎儿来源的环状DNA短于母体来源的环状DNA。此外，环状DNA的闭合圆形结构可能允许抗外切酶，因此这些分子比它们的线性对应物具有更高的稳定性。这些特性为环状DNA的研究和生物标志物的开发提供了机会。

 eccDNA成环验证 类比于经典的circRNA，eccDNA的形成具有相似性，也是经过核酸序列的反式链接得到的产物。当然有关于成环机制的问题依然还需要大量的研究讨论。不过对于环状的结构验证可以模仿circRNA，针对junction site，就是链接位点设计发散引物（divergent primer）同时设计收敛引物（convergent primer）进行PCR扩增，然后通过Sanger测序的方式验证eccDNA的接头序列。云序生物是国内best早提供 eccDNA 测序服务的公司，云序在2018年已就启动了组织细胞 eccDNA 测序服务的开发。对整体或单独样本中的环状DNA在各染色体上的数量、密度进行统计和展示。

2017年：Nature，17种tumour的2572种细胞系的全基因组测序分析，证明eccDNA在tumour组织中普遍存在；2018年：NatureCommunications，健康人的肌肉和血液细胞中分离到超过十万种eccDNA分析，它们绝大部分都携带基因或基因片段，证明eccDNA在正常组织中是普遍存在的；2019年：NatureGenetics,eccDNA驱动神经母细胞瘤基因组重塑；2019年：Nature，eccDNA促进染色质可接近性和致ai基因的高表达；2019年：Cell，功能性增强子自造成染色体外ai基因的扩增。富集后，通过NGS测序高通量地检测细胞中所有的环状DNA分子。青海文章 环状DNA

2019年环状RNA共发表SCI论文885篇。海南云序生物环状DNA

长度分布与来源探索eccDNA是环状结构，这样一种分子的长度分布如何？测序结果显示99%的eccDNA长度小于25Kb，其中only有占比约1%的分子大于25Kb。在这99%当中，在0.1Kb以及5Kb处有富集峰，这表明该区段的eccDNA占绝大多数。经典的知识体系告诉我们重复序列以及5sRNA部分best容易成环，事实上测序结果也充分证明这一点，SINE（3.1%）、LINE（3.5%），中心粒（2.0%），以及sRNA（8.1%）部分是best经典的成环结构，大量的环能够匹配到这些区域。海南云序生物环状DNA

上海云序生物科技有限公司是以提供RNA甲基化，表观遗传学，转录组测序，外泌体内的多项综合服务，为消费者多方位提供RNA甲基化，表观遗传学，转录组测序，外泌体，公司位于上海市松江区新桥镇莘砖公路518号20幢302室-2，成立于2015-03-02，迄今已经成长为商务服务行业内同类型企业的佼佼者。公司主要提供上海云序生物科技有限公司于2015年3月成立，坐落于上海漕河泾新兴技术开发区，专注于表观修饰以及转录组领域，依托于高通量测序、定量PCR、质谱技术和生物信息学等技术，集科研服务、医学检测、产品研发于一体的****。等领域内的业务，产品满意，服务可高，能够满足多方位人群或公司的需要。云序生物将以精良的技术、优异的产品性能和完善的售后服务，满足国内外广大客户的需求。