安徽研究环状DNA测序

近年来，eccDNA（染色体外环状DNA）连登《Nature》《Cell》等期刊，彻底颠覆了人们对基因遗传的传统认知（颠覆性发现：ai基因竟不在染色体上 环状DNA连登Nature，Cell！)，成为了best具潜力的科研新热点（2020国自然研究热点—eccDNA的前世今生）。 近期，NIPT之父卢煜明教授基于转座酶和m5C位点酶学转化方法开发出了eccDNA甲基化测序技术，并first次揭示了孕妇血浆中的胎儿eccDNA甲基化状况，为eccDNA的深入研究及新型分子标志物的开发提供了新的技术手段。一种新的环状RNA，CIRC-CCAC1，有助于CCA的进展，诱导血管生成，并破坏血管内皮屏障。安徽研究环状DNA测序

人血浆中细胞游离的DNA（cfDNA）的片段化模式是引起人们普遍研究的领域。在怀孕期间，观察到胎儿血浆DNA（主要是胎盘来源）是线性DNA的片段，比母体来源（主要是造血来源）DNA短。有研究报道了人和鼠血浆中存在染色体外环状DNA（eccDNA）。但是，尚无有关孕妇血浆中eccDNA的公开数据。2020年1月3日，香港大学卢煜明团队在PNAS 在线发表题为“Identification and characterization of extrachromosomal circular DNA in maternal plasma”的研究论文。安徽研究环状DNA测序测序结果显示99%的eccDNA长度小于25Kb。

目前已经报道的基于高通量测序方法研究eccDNA的报道都是基于PaulS.Mischel团队开发的AmpliconArchitect软件，基于二代全基因组测序数据（5-10X覆盖深度），该软件可自动比对基因组，寻找断点信息，并结合SV和CNV的分析结果生成eccDNA的分析结果。不过需要注意的是，目前该软件的license是收费的。不过还可以考虑通过提取环状DNA和滚环扩增的方式获得eccDNA，并进行后续的测序和组装，这时候相对于对软件依赖的限制就相对较小了，但是对于线性DNA背景的排除依然是个问题，在基因组DNA的提取、扩增、质控及后续分析方面还需要诸多探索。

无论是在正常体细胞还是ai细胞中，都存在大量染色体外环状DNA。近日，Nature杂志上发表了颠覆性研究成果：在tumour中，主要的ai基因转录本是直接来自于eccDNA的，而eccDNA的染色质是高度开放的，eccDNA的ai基因能够大量表达，同时缺乏丝粒，导致不遵照孟德尔定律进行遗传，这种特性使得eccDNA是驱动tumour异质性的重要机制。由此可见，由于其结构和表达的特异性，eccDNA可以影响细胞生命活动，促进tumour细胞演进和适应性进化，增加了基因组的可塑性和不稳定性。目前，eccDNA不onlyonly可以作为一种新型特异的tumour标志物，还在tumour发生和发展机理研究中发挥着重大的潜在价值。可以预见的是，eccDNA将迅速成为新的科研热点，甚至会对传统遗传学和基因组学带来性影响。对整体或单独样本中的环状DNA在各染色体上的数量、密度进行统计和展示。

m6A RNA甲基化整体水平鉴定N6-methyladenosine(m6A)，是一种腺嘌呤核苷酸在腺苷酸甲基转移酶催化下发生的修饰，普遍的分布于不同类型的RNA中。众所周知，RNA甲基化在RNA的可变剪切、转录起始和翻译中发挥重要作用。RNA甲基化水平与新陈代谢﹑遗传发育﹑疾病发***展等生物学过程密切相关。云序生物优势(1)灵敏高：起始RNA量低至100ng；(2)特异性高：严格设置的阳性/阴性对照，结果更加准确可信；(3)稳定性高：背景信号极低，结果更加简单稳定；(4)速度快：比色分析，方便和快速；环状RNA CDR1as破坏p53/MDM2复合体，抑制胶质瘤的形成。山东环状DNA文章

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案例1：母体血浆中染色体外环状DNA的鉴定与特性分析 作者观察到在孕妇的血浆中存在染色体外环状DNA (环状DNA)，并通过限制性内切酶和Tn5转座酶处理后的改良的测序方法，在孕妇的血浆中鉴定出了环状DNA分子。他们发现血浆的环状DNA分子比线性的长，在这些环状DNA分子中，胎儿来源的环状DNA短于母体来源的环状DNA。此外，环状DNA的闭合圆形结构可能允许抗外切酶，因此这些分子比它们的线性对应物具有更高的稳定性。这些特性为环状DNA的研究和生物标志物的开发提供了机会。安徽研究环状DNA测序

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