均一的双核苷酸分布由于“GC覆盖度偏误”的存在,在连续双核苷酸的检出效率方面,WGBS对于不同的双核苷酸存在较严重的偏误,而EM-seq则能展示出均一的覆盖情况。更强的匹配率和更低的重复率相比于WGBS,EM-seq测序结果与参考基因组的匹配率更高,同时重复率更低。用更少的测序检出更多的CpG岛同等测序覆盖深度的情形下,EM-seq所发现的CpG数目要远多于WGBS,在这其中有很大比例的CpG位点是只能能用EM-seq法才能检测到的。云序生物提供的MeDIP测序服务,将甲基化DNA免疫共沉淀技术(MeDIP)和高通量测序相结合,能够帮助客户快速地获取全基因组范围内的DNA甲基化图谱,并比较不同样品中的甲基化分布差异。环状DNA连登《Nature》《Cell》等期刊,彻底颠覆了人们对基因遗传的传统认知。河南分析表观遗传组测序是什么
cfDNA(CellfreeDNA)是人体组织排放到血液、尿液或脑脊液等循环体系中的降解的DNA小片段,是一种新型的分子标记物。ctDNA(CirculatingtumorDNA)特指来源于tumsor细胞的cfDNA,是液体活检主流方向。报道表明:ctDNA羟甲基化不但可以作为tumsor分子标志物,还可用于追溯tumsor细胞的组织来源。在医疗大趋势下,ctDNA羟甲基化检测既具有极高的科研价值,又具备推进医疗临床实践的巨大潜能,为实现tumsor临床医治的全病程管理提供强有力的支持。利用ctDNA羟甲基化测序,凭一管液体就可以进行tumsor诊断、疗效评估、实时监控、个体化用药、预测复发等,是里程碑式的新型液体活检技术。浙江表观遗传组测序案例此外,和胎儿线性DNA类似,胎儿环状DNA在分娩后从母血中迅速分离。
技术简介DNA甲基化修饰是表观遗传研究的热点之一,我们通常认为DNA甲基化就是胞嘧啶甲基化(5-methylcytosine,5mC),却不知道随着测序技术的快速发展,一种新的DNA甲基化修饰类型—DNA-6mA甲基化已经成为表观遗传学领域的研究热点。云序生物率先开发了DNA-6mA测序技术—6mA-IP-seq。其原理类似于MeDIP的免疫共沉淀测序技术,利用特异性抗体富集6mA的片段,扩增后进行高通量测序及甲基化分析,以较小的数据量,快速地绘制全基因组DNA甲基化水平的图谱。
案例2.ATAC-seq与ChIP-seq联合分析原文:NfibPromotesMetastasisthroughaWidespreadIncreaseinChromatinAccessibility期刊:Cell影响因子:31.398该文章是通过比较原发性和肝转移性的小细胞肺ai细胞之间的差异,从而研究人小细胞肺ai促进ai症扩散转移的背景机制。首先利用ATAC-seq,发现NFI家族转录因子富集在具有差异的染色质开放位点中,预示着NFI家族转录因子在调控tumsor细胞转移中扮演着重要角色。进一步进行ChIP-seq,通过2种测序结果联合分析,发现在染色质高开放性位点区域伴随着Nfib拷贝数量增多,且Nfib在侵袭性原发性tumsor和转移性tumsor内高表达,Nfib表现出维持染色质及远端调控区域开放和促进神经基因表达的功能,说明Nfib对促进ai细胞增殖和迁移具有重要的作用。ctDNA甲基化基因的有效性(AUC:0.816)远高于传统分子标志物AFP(AUC:0.969)。
不同于已经得到深入研究的基因组 DNA 的表观遗传修饰,ctDNA 的 5mC 甲基化修饰研究仍然是一个未被充分探索的领域,对于科研者来说是一个尚待挖掘的金矿。既然如此,那我们是不是可以按图索骥,直接将基因组 DNA 甲基化修饰研究的传统方法照搬到 ctDNA 的5mC 甲基化修饰研究上来呢?答案是否定的:因为 ctDNA 含量低、缺乏染色质结构的保护,若直接将研究基因组 DNA 的 5mC 修饰的传统方法应用于 ctDNA,则会遇到南橘北枳的困境,云序生物提供的MeDIP测序服务,将甲基化DNA免疫共沉淀技术(MeDIP)和高通量测序相结合,能够帮助客户快速地获取全基因组范围内的DNA甲基化图谱,并比较不同样品中的甲基化分布差异。由此可见,由于其结构和表达的特异性,环状DNA可以影响细胞生命活动。中国台湾修饰表观遗传组测序价格
文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程。河南分析表观遗传组测序是什么
可以说,ctDNA的应用已经渗透到tumsor全程管理的各个环节。早期筛查:与甲基化检测结合,或能较早检出tumsor的发生;技术不断成熟,有望使其成为tumsor早筛的新方法。分子诊断:用于组织学检测的替代或有效补充,检测已知的驱动基因,如肺cancerEGFR、ALK突变等,指导医治。残余病灶检测:可基于ctDNA,进行术后分子残留病灶检测,并进一步预测巩固医治的疗效。疗效评估:系列、动态的检测ctDNA中的基因突变情况(如EGFR突变丰度),有效评估tumsor通路状态,评估靶向医治的疗效。河南分析表观遗传组测序是什么
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