北京文章 表观遗传组测序文章

EM-seq的优势相比于传统的WGBS拥有多种优势：DNA测序文库质量高、所需DNA起始量小相比于WGBS，EM-seq对DNA的损伤小，因此可以用更少DNA样品、更少的PCR轮数扩增出高质量的测序文库。云序生物提供的EM-seq服务，所需的DNA起始量可低至10ng。DNA文库的插入片段更长、更完整相比于WGBS，EM-seq处理后的DNA的片段更完整，长度更长，避免产生测序缺口。出色的GC覆盖均一性无论GC程度高低，EM-seq的覆盖度都有均匀且优良的表现；相比之下，WGBS测序文库高估了AT区，却低估了GC区，造成“GC覆盖度偏误”。环状DNA连登《Nature》《Cell》等期刊，成为了很有潜力的科研新热点。北京文章 表观遗传组测序文章

CUT&Tag技术研究蛋白质-DNA互作的优势原文：CUT&Tagforefficientepigenomicprofilingofsmallsamplesandsinglecells期刊：NatureCommunications发表时间：20190429影响因子：11.878在生物学研究中，DNA与蛋白质之间的互作是至关重要的，参与基因的表达、调控、复制、重组和修复以及RNA的转运、翻译和调控等多个过程，几乎涉及所有的生命活动。目前研究两者互作的方法很多，作者选择了传统的研究手段ChIP-seq，优化的CUT&RUN方法，以及新方法CUT&Tag共同研究组蛋白H3K27me3。通过比对实验结果，发现CUT&Tag有低的背景噪声以及强的信号。通过对H3K4me1修饰物进行分析，显示CUT&Tag的灵敏度高，实验可重复性好。北京文章 表观遗传组测序文章ctDNA甲基化不但可以作为tumsour分子标志物，还可用于追溯tumsour细胞的组织来源。

案例1：孕妇血浆中胎儿环状DNA的特征是：呈甲基化状态以及被clear原文：CharacteristicsofFetalExtrachromosomalCircularDNAinMaternalPlasma:MethylationStatusandClearance期刊：ClinicalChemistry影响因子：8.322近期，NIPT之父卢煜明教授团队开发了一种环状DNA甲基化分析的测序方案，通过对不同产后时间点的胎儿环状DNA含量的评估，研究了胎儿环状DNA的体外clear效率。作者还发现血浆中的胎儿环状DNA与母体环状DNA相比甲基化程度相对较低。此外，和胎儿线性DNA类似，胎儿环状DNA在分娩后从母血中迅速clear。总之，该团队基于转座酶和m5C位点酶学转化方法开发出了环状DNA甲基化测序技术，并揭示了孕妇血浆中的胎儿环状DNA甲基化状况，为环状DNA的深入研究及新型分子标志物的开发提供了新的技术手段。

ctDNA/cfDNA 之所以引起学界这么大的研究热情，与其在临床上广阔的应用前景是分不开的。相比于目前tumsor诊断当中普遍使用的组织活检，ctDNA 测序对患者的伤害小，且可以多次、实时地进行提取检测，在临床运用上具有极大的优势，有助于ai症的早发现、早医治，被誉为“液体切片活检”。ctDNA 的甲基化检测，同时结合了 ctDNA 测序于 DNA 甲基化测序的优势，在ai症检测方面提供更好的特异性和灵敏度。在 2021 年，已有 ctDNA/cfDNA 甲基化测序相关的商业化产品面市云序生物率先推出ctDNA甲基化测序服务，需1ng ctDNA既可进行测序。

样本要求样品类型：细胞、组织、体液、总gDNA或IP后DNA。其它类型样品请详询。样品量：a）细胞5×108b）组织100mgc）IP后DNA10ngd）gDNA3μg样品运输及保存：样品运输：样品置于1.5mLEppendorf管中，封口膜封好，干冰运输，DNA可用冰袋运输。样品保存：细胞样品或新鲜组织块切块，液氮冻存后-80℃保存；DNA样品短期内可-20℃，避免反复冻融。云序生物提供的MeDIP测序服务，将甲基化DNA免疫共沉淀技术（MeDIP）和高通量测序相结合，能够帮助客户快速地获取全基因组范围内的DNA甲基化图谱，并比较不同样品中的甲基化分布差异。后续进行文库构建与高通量测序，从而获得发生甲基化修饰的环状DNA。中国香港分析表观遗传组测序案例

这种形式的DNA被称为环状DNA (extrachromosomal circular DNA）。北京文章 表观遗传组测序文章

案例：hMeDIP-seq揭示了心机细胞发育与肥大过程中的基因表达与5hmC有关 DNA hydroxymethylation controls cardiomyocyte gene expression in development and hypertrophy[J].Greco C M, Kunderfranco P, Rubino M, et al . Nature Communications, 2016, 7:12418. 5-hmC（DNA羟甲基化）在基因体上富集能够激huo基因的转录调控，但对启动子和远端调节区的功能不太清楚。本文主要是以不同发育时间点和心肌肥大的心肌细胞为实验载体，主要剖析5-hmC在心肌细胞（CMC）基因组中的分布，并揭示了5-hmC在心脏发育和疾病中的作用机制。1）通过DNA羟甲基化测序，作者发现在心脏发育过程中，CMCs中的5-hmC在基因间区域逐渐减少，并向GB上富集（图1）。2）通过DNA羟甲基化和转录组关联分析，作者得出5-hmC是CMCs发育和肥大过程中的重要调控因子（图2）。北京文章 表观遗传组测序文章

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