环状DNA形成的机理 目前研究表明,环状DNA是从染色体上断裂、环化或者额外复制产生的序列,其剪切加工机理主要提出有两种可能:(1)通过染色体异位同源重组环化(intrachromatid ectopic homologous recombination,HR);(2)通过非同源染色体末端连接环化(nonhomologous end-joining,NHEJ)。环状DNA形成是一个复杂的过程,更多环化方式有待探索。针对血清血浆微量样品,云序生物参考卢煜明教授团队开发的方法,酶切去除线性DNA后,利用Tn5转座酶,打开环状DNA环状结构并同时在DNA的片段两端加上接头,进行建库及测序。云序生物的服务涉及全国多个地区,各大高校、医院。中国台湾甲基化测序
2'-o-甲基化样本要求 样品类型 细胞、组织或RNA,其他样本类型请电询。 样品量 a) 细胞:1×108 b) 组织:500 mg - 5g c) RNA:100 μg - 300 μg (OD260/280:1.6-2.3; RNA无明显降解) 样品运输及保存 样品运输:样品置于1.5mL离心管中,封口膜封好,干冰运输。 样品保存:细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后-80℃保存;RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,避免反复冻融。目前,环状DNA不只可以作为一种新型特异的tumour标志物,还在tumour发生和发展机理研究中发挥着重大的潜在价值。四川云序生物测序RNA甲基化云序生物拥有受行业认可的BD Rhapsody™单细胞测序平台。
云序生物率先推出ctDNA甲基化测序服务,低需1ng ctDNA既可进行测序。客户只需提供血浆,血清或体液样本,云序生物为您完成从ctDNA提取,文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程。 云序生物率先推出两种ctDNA甲基化测序服务。(1)免疫共沉淀测序(MeDIP-Seq):通过5mC抗体特异性抓取基因组上发生甲基化的ctDNA的片段,并结合高通量测序技术,高性价比检测ctDNA甲基区域;(2)单碱基测序(Bis-Seq):采用经典重亚硫 酸盐处理的方式,未发生甲基化的C碱基会转换成U,发生甲基化的C碱基还是C,并结合高通量测序技术,可对ctDNA甲基化进行单碱基精确定位。
mRNA m6Am-Exo-seq 测序服务 云序生物在国内首批引入 m6Am-Exo-seq 测序服务,利用 5’ 核酸外切酶消除非目的性的 RNA的 片段上 m6A 修饰的信号干扰,选择性地获取 mRNA 5’ 帽子结构下游 m6Am 修饰富集区域的序列信息。对选择性获取到的 m6Am 修饰的 RNA 的片段进行反转录建库和高通量测序,可为后续的生物信息学分析提供丰富的数据,进而揭示差异性 m6Am 修饰位点的特征及其可能的生物学功能,为您的科研课题提供强劲的助力。目前,环状DNA不只可以作为一种新型特异的tumour标志物,还在tumour发生和发展机理研究中发挥着重大的潜在价值。m7G MeRIP测序方式,采用预验证的商业化抗体和精心优化的实验流程。
案例2: m5C RNA甲基化基因组分布图谱 原文:Distinct 5-methylcytosine profiles in poly(A) RNA from mouse embryonic stem cells and brain 期刊:Genome Biology 影响因子:13.21 近期刊登了解析RNA m5C在不同组织细胞的分布图谱相关文章。研究人员选取小鼠胚胎干细胞(ESC)和脑组织(n=3)作为实验样本,利用m5C RNA甲基化测序技术对两组样本中的总RNA和胞核RNA进行检测。结果表明,ESC中总RNA 5mC的分布频率比脑组织的分布频率更高。研究人员将m5C位点和不同的基因组区域(CDS, 5’-UTR, 3’-UTR等)进行了关联分析。结果表明,总RNA中m5C位点更倾向于分布在转录起始位点。脑组织和ESC中,3’-UTR区m5C的分布区别很大,这暗示着3’-UTR区的RNA m5C修饰可能与细胞功能和细胞类型密切相关。环状RNA的表达具有组织和疾病特异性,与组织发育、疾病的发生和发展密切相关。上海测序RNA甲基化
云序生物针对m1A修饰也采用MeRIP-seq技术。中国台湾甲基化测序
组织细胞环状DNA测序: 游离于染色体基因组之外的DNA (extrachromosomal DNA,ecDNA)被发现常常以环状的形式存在,这种形式的DNA被称为环状DNA (extrachromosomal circular DNA,eccDNA)。目前也习惯将巨大的环状DNA(>1Mb)称为ecDNA, 而将相对较小的环状DNA称为eccDNA。目前研究表明,环状DNA是从染色体上断裂、环化或者额外复制产生的序列,其剪切加工机理主要提出有两种可能:(1)通过染色体异位同源重组环化(intrachromatid ectopic homologous recombination,HR);(2)通过非同源染色体末端连接环化(nonhomologous end-joining,NHEJ)。环状DNA形成是一个复杂的过程,更多环化方式有待探索。中国台湾甲基化测序