案例1. ATAC-Seq与RNA-Seq关联分析 期刊:The Plant Cell 影响因子:8.23 原文:EGRINs (Environmental Gene Regulatory Influence Networks) in Rice That Function in the Response to Water Deficit, High Temperature, and Agricultural Environments 本篇文章是利用ATAC-seq与RNA-seq联合分析的经典案例。作者选择5个不同的水稻品种,对它们分别进行热处理和干旱处理以模拟高温和缺水这2种胁迫环境。进一步通过对这种胁迫处理的5个水稻品种进行RNA-seq检测RNA的表达差异和ATAC-seq检测染色质开放区域差异。再联合ATAC-seq数据和RNA-seq数据,以及转录因子的motif信息。构建植物应激的转录因子-靶基因的调控网络图,并寻找关键的转录因子-靶基因模块,预测了关键转录因子活性。完成植物在应激情况下反应相关的转录因子的研究。ctDNA羟甲基化检测为日后通过血浆样本进行无创诊断奠定了良好的基础。贵州平台表观遗传组测序价格
指导用药:与传统组织相比,取样简单、相对无创。采用ctDNA检测相应驱动基因突变,指导靶向医治。也可同时进行耐药突变检测,指导耐药后医治。 tumsor代表性:tumsor异质性强,传统组织样本的检测有时会因代表性欠佳而使医治失败。ctDNA能更好的反映tumsor全貌,有效避免tumsor异质性难题。 实时监控:无创易获取的特点,使ctDNA样本能随时获得,对全程医治中的各个时间点进行相应突变的实时监控,动态监测满足了个体化医治时代的需求。云序生物提供的MeDIP测序服务,将甲基化DNA免疫共沉淀技术(MeDIP)和高通量测序相结合,能够帮助客户快速地获取全基因组范围内的DNA甲基化图谱,并比较不同样品中的甲基化分布差异。中国香港文章 表观遗传组测序分析环状DNA连登《Nature》《Cell》等期刊,成为了很有潜力的科研新热点。
云序优势 单碱基分辨 分辨率高,可以直接检测到发生甲基化的确切位点。 覆盖范围广: 检测>850,000个 CpG 位点,覆盖CpG岛、启动子、编码区、开放染色质和增强子等。 一站式服务: 客户只需提供细胞、组织或基因组DNA,云序生物为您完成从DNA富集,文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程。 严格的质控: 云序生物对805K芯片测序实验的各个关键步骤进行严格的质控,全程监控实验质量,确保客户得到优zhi的数据。 专业的生物信息学分析 专业的生物信息学团队,能够满足客户的各类深入数据分析需求。
ctDNA/cfDNA 之所以引起学界这么大的研究热情,与其在临床上广阔的应用前景是分不开的。相比于目前tumsor诊断当中普遍使用的组织活检,ctDNA 测序对患者的伤害小,且可以多次、实时地进行提取检测,在临床运用上具有极大的优势,有助于ai症的早发现、早医治,被誉为“液体切片活检”。ctDNA 的甲基化检测,同时结合了 ctDNA 测序于 DNA 甲基化测序的优势,在ai症检测方面提供更好的特异性和灵敏度。在 2021 年,已有 ctDNA/cfDNA 甲基化测序相关的商业化产品面市这种形式的DNA被称为环状DNA (extrachromosomal circular DNA)。
云序生物为您带来一种基于酶学方法的 DNA 甲基化测序技术 EM-seq(Enzymatic Methyl-seq),该方法结合使用多种酶,在保证 5mC 和 5hmC 在 Illumina 测序中仍被识别为 C 的前提条件下,将未发生修饰的胞嘧啶(C)转化为尿嘧啶(U),并在后续的扩增和测序过程中被识别为胸腺嘧啶(T)。EM-seq 有效弥补了 Bis-Seq 需要极端反应条件的缺陷,可以普遍应用于包含 ctDNA 在内的微量脆弱 DNA 样品。同时,EM-seq 得到的测序结果与 WGBS 得到的转化序列相同,因此可以使用相同的数据分析流程。运用 EM-seq 技术,需低至 10 ng 的 DNA 样品便可进行单碱基精度的全基因组 5mC 修饰测序。作者还发现血浆中的胎儿 环状DNA 与母体 环状DNA 相比甲基化程度相对较低。中国香港文章 表观遗传组测序分析
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