染色体外环状DNA(EccDNA)是指起源于染色体的环状DNA,但一旦产生,这些DNA很可能独li于染色体DNA。1964年Alix Bassel和Yasuo Hoota首先发现了位于细胞核内的eccDNA,被称为双分钟(Dms)。Eccdnabest初是通过核型鉴定为独li于染色体存在于ai细胞中的dna,但由于技术的进步,特别是下一代测序和生物信息学的进步,eccna已经成为一种新的分子,其众多的特征和功能被发现。 EccDNA的长度足以容纳它们自己的复制起点,能够编码氨基酸,并且已经在tumour组织中观察到,在ai症医治中,它们best常含有ai基因或与耐药相关的基因。EccDNA的其他功能,如在衰老和异质性中的功能,以及可能的作用,包括剂量补偿,已经逐渐被发现。已知ai细胞内的基因型多样性和基因组可塑性受到基因组不稳定和基因组改变的影响。EccDNA可以通过其多样性(包括结构,功能和数量多样性)快速重塑基因组,从而有效地推动ai症和生命的进化。测序后首先可以得到一个详尽的环状DNA注释表格。江西环状DNA价格
案例2:ai基因与邻近增强子的环化共扩增 本文作者利用染色体外环状DNA测序探讨了ai基因及其邻近增强子通过环状染色体外DNA的形式进行扩增事件,研究过程中发现了EGFR基因在成胶质细胞瘤中存在与其上游约130kb的非编码序列共同扩增的特征,EGFR基因案例表明tumour细胞中的ai基因通过高级扩增与环化而形成的对自身调控活性的增强,是一个十分有效的促ai机制。总之,这项研究综合利用各项计算分析和实验手段,first次揭示了增强子在ai基因环化扩增介导的促ai效应中所发挥的重要作用,这一机制也为抗tumour和诊断提供新的方向和理论依据。贵州云序生物环状DNA研究采用多种方法高效地富集环状DNA,环状DNA检出率高。
近年来,由于实验技术和生信分析技术的进步,eccDNA 相关研究发表 SCI 论文的数量呈井喷之势增长。PubMed 搜索数据显示,2017 年 eccDNA 相关论文全世界only 4 篇,后续几年逐步增长为 6、7、10 篇,而到了现在的 2021 年,only before 十个月,就已经有 15 篇 eccDNA 相关论文见刊,其中还不乏 Nature、Methods in Molecular Biology、Nucleic Acids Research、Molecular Cancer 等高分期刊。见微知著,eccDNA 虽小,但很可能成为下一个生命科学的科研热点。云序生物是国内best早提供 eccDNA 测序服务的公司,云序在2018年已就启动了组织细胞 eccDNA 测序服务的开发。
2017年:Nature,17种tumour的2572种细胞系的全基因组测序分析,证明eccDNA在tumour组织中普遍存在; 2018年:Nature Communications,健康人的肌肉和血液细胞中分离到超过十万种eccDNA分析,它们绝大部分都携带基因或基因片段,证明eccDNA在正常组织中是普遍存在的; 2019年:Nature Genetics, eccDNA驱动神经母细胞瘤基因组重塑; 2019年:Nature,eccDNA促进染色质可接近性和致ai基因的高表达; 2019年:Cell,功能性增强子自造成染色体外ai基因的扩增。一种新的环状RNA,CIRC-CCAC1,有助于CCA的进展,诱导血管生成,并破坏血管内皮屏障。
1. 神经母细胞瘤eccDNA整体统计 研究人员联合eccDNA-seq和RNA-seq(云序生物提供此服务)技术,与开创性的生物信息学算法相结合,first次在神经母细胞瘤(一种主要发生在儿童的致命tumour)中进行详细的环状DNA序列分析。本研究中分析了93名儿童的神经母细胞瘤组织样本,结果显示,每个组织样本平均检测到5600多个eccDNA。 在基因组特征分布 实验结果显示eccDNA在基因区域大量富集,特别是在MYCN扩增的神经母细胞瘤中。更进一步分析发现,eccDNA中的多个与神经母细胞瘤相关的基因如MYCN、JUN、MDM2、SOX11、TAL2发生扩增。这也与以前的发现一致ai基因可以与邻近增强子环化共扩增。传统 eccDNA提取方法中所使用的细胞裂解液当中含有的 NaOH 也对 DNA 的环状结构具有不可逆的破坏作用。辽宁分析环状DNA测序
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总的来说,eccDNA的形成是依赖于DNA的序列特征、复制过程和DNA损伤的修复的。从目前已有的研究进展来看,就序列特征而言,串联重复序列会更容易造成eccDNA的形成;并且大部分的eccDNA有段重复序列,但是也有相当的部分没有重复序列,不能与任何附近的序列发生重组;高GC、转录刺激区域,像R-loop形成和修复促进eccDNA的形成;同源重组会切除重复DNA产生序列更大的eccDNA。而就DNA损伤修复而言,研究发现致ai物会提高eccDNA的水平,同时一些特异的DNA损伤修复蛋白是eccDNA形成所必需的,但是还有一些是非必需的。江西环状DNA价格
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