中国台湾环状DNA

长度分布与来源探索eccDNA是环状结构，这样一种分子的长度分布如何？测序结果显示99%的eccDNA长度小于25Kb，其中only有占比约1%的分子大于25Kb。在这99%当中，在0.1Kb以及5Kb处有富集峰，这表明该区段的eccDNA占绝大多数。经典的知识体系告诉我们重复序列以及5sRNA部分best容易成环，事实上测序结果也充分证明这一点，SINE（3.1%）、LINE（3.5%），中心粒（2.0%），以及sRNA（8.1%）部分是best经典的成环结构，大量的环能够匹配到这些区域。富集后，通过NGS测序高通量地检测细胞中所有的环状DNA分子。中国台湾环状DNA

从eccDNA全新视角理解生物过程的发生和发展，这篇NatureCommunication文章提供了best好的参照。研究者在进行eccDNA-seq之后对高通量数据进行整理归纳，从eccDNA的个数、长度、来源、分布和基因相关性进行深入分析，造就一篇10分以上“表达谱”的文章。这将会是一个契机，通过快速的eccDNA-seq结合PCR方式率先用“谱”的方式快速阐述一个疾病当中哪些基因易于成环、哪些基因扩增效率更高并快速和疾病的发生和发展建立联系，有理由相信这种虽然简单但是高度创新的文章一定会备受瞩目，影响因子再创新高。陕西修饰环状DNA目前也习惯将巨大的环状DNA(>1Mb)称为ecDNA。

首先，我们来看什么是环状DNA。环状DNA是一种生物界普遍存在的DNA形式，如常见的线粒体DNA、叶绿体DNA、细菌基因组、细菌质粒、部分病毒基因组等。那么本文要讨论的染色体外环状DNA同上述提到的几种形式有什么不同呢？我们都知道线粒体DNA和质粒的都是以线性的DNA的形式存在的，其染色质成分并没有组蛋白，因而也不存在核小体的结构，并且不会发生染色体序列的折叠和三级结构。而eccDNA，既然叫做染色体外环状DNA，那么它首先应该是存在于真核生物当中的（原核生物、细胞器、病毒等不存在染色体的结构），其次必须是以环状的形式存在的，再者是游离于染色体外的，并且具有完整的核小体结构，也就是说，其染色质的组成是与正常的染色体相同的，因而也具有染色质折叠、压缩和特有的空间结构。

5. eccDNA具有转录活性 eccDNA能够高效扩增成环序列，这种扩增是否有转录活性？RNA转录本是否onlyonly来源于传统线性的染色体？要回答这一问题，作者通过RNA-seq（云序提供该服务）进行探索，结果发现split-reads，即在RNA-seq测序的结果当中同样发现了能够跨过相同剪切位点的测序片段，这种片段的剪切位点和eccDNA成环的剪切位点序列保持一致，说明环形的eccDNA也具有转录活性，这一点非常重要，这很有可能造成成环基因（尤其原ai基因和耐药基因）在转录本水平的明显高表达从而进一步促进ai症的发生和发展，是非常具有临床意义的研究成果。测序后首先可以得到一个详尽的环状DNA注释表格。

 eccDNA成环验证 类比于经典的circRNA，eccDNA的形成具有相似性，也是经过核酸序列的反式链接得到的产物。当然有关于成环机制的问题依然还需要大量的研究讨论。不过对于环状的结构验证可以模仿circRNA，针对junction site，就是链接位点设计发散引物（divergent primer）同时设计收敛引物（convergent primer）进行PCR扩增，然后通过Sanger测序的方式验证eccDNA的接头序列。云序生物是国内best早提供 eccDNA 测序服务的公司，云序在2018年已就启动了组织细胞 eccDNA 测序服务的开发。联合全转录组测序，可以将环状DNA与mRNA进行联合分析寻找相关性。西藏分析环状DNA

测序结果显示99%的eccDNA长度小于25Kb。中国台湾环状DNA

染色体外环状DNA(EccDNA)是指起源于染色体的环状DNA，但一旦产生，这些DNA很可能独li于染色体DNA。1964年Alix Bassel和Yasuo Hoota首先发现了位于细胞核内的eccDNA，被称为双分钟(Dms)。Eccdnabest初是通过核型鉴定为独li于染色体存在于ai细胞中的dna，但由于技术的进步，特别是下一代测序和生物信息学的进步，eccna已经成为一种新的分子，其众多的特征和功能被发现。 EccDNA的长度足以容纳它们自己的复制起点，能够编码氨基酸，并且已经在tumour组织中观察到，在ai症医治中，它们best常含有ai基因或与耐药相关的基因。EccDNA的其他功能，如在衰老和异质性中的功能，以及可能的作用，包括剂量补偿，已经逐渐被发现。已知ai细胞内的基因型多样性和基因组可塑性受到基因组不稳定和基因组改变的影响。EccDNA可以通过其多样性（包括结构，功能和数量多样性）快速重塑基因组，从而有效地推动ai症和生命的进化。中国台湾环状DNA

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