云序环状DNA

样本要求样品类型：细胞、组织、基因组DNA。其它类型样品请详询。样品量：a）细胞2×107b）组织200mgc）DNA：>=10µg，溶于无菌水或TE（PH=8）（OD260/280值应在1.7～2.0之间；RNA应该去除干净；不得有其它个体或其它物种的DNA污染）。样品运输及保存：样品运输：样品置于1.5mLEppendorf管中，封口膜封好，干冰运输，DNA可用冰袋运输。样品保存：细胞样品或新鲜组织块切块，液氮冻存后-80℃保存；DNA样品短期内可-20℃，避免反复冻融。环状DNA是一种生物界普遍存在的DNA形式。云序环状DNA

eccDNA 在染色体上普遍均匀分布的特征也得到了第二种测序方法的验证。与第一种方法中使用滚环扩增不同，第二种方法先采用 Tn5 转座酶将 eccDNA的片段化，而后进行常规的 PCR 扩增和 illumina 高通量测序。第二种方法虽然不能得到全读长的 eccDNA，但能避免滚环扩增所造成的小环扩增倍数多、大环扩增倍数少的偏误。综合两种方法的实验结果，研究者确认了“eccDNA 从哪里来”这个问题的答案——eccDNA 的来源序列普遍、随机、均匀地分布于整个基因组上。天津修饰环状DNA传统 eccDNA提取方法中所使用的细胞裂解液当中含有的 NaOH 也对 DNA 的环状结构具有不可逆的破坏作用。

样品类型：组织、细胞、血清血浆或DNA样品。样品量：a）细胞：2×107b）组织：200mgc）血清血浆：5mLd）DNA：>=10µg，溶于无菌水或TE（PH=8）（OD260/280值应在1.7～2.0之间；RNA应该去除干净；不得有其它个体或其它物种的DNA污染）。样品运输及保存：样品运输：样品置于1.5mLEppendorf管中，封口膜封好，干冰运输，DNA可用冰袋运输。样品保存：细胞样品或新鲜组织块切块，液氮冻存后-80℃保存；DNA样品短期内可-20℃，避免反复冻融。

目前研究表明，环状DNA是从染色体上断裂、环化或者额外复制产生的序列，其剪切加工机理主要提出有两种可能：（1）通过染色体异位同源重组环化（intrachromatid ectopic homologous recombination，HR）；（2）通过非同源染色体末端连接环化（nonhomologous end-joining，NHEJ）。环状DNA形成是一个复杂的过程，更多环化方式有待探索。云序组织细胞环状DNA测序服务（Circle-seq），采用多种方法高效地富集和扩增环状DNA，极大地提高了环状DNA的检出率。富集后，通过NGS测序高通量地检测细胞中所有的环状DNA分子。并通过严谨的环状DNA生信流程，实现了对环状DNA准确的识别和详细的基因注释。eccDNA高通量检测的关键步骤是要通过实验手段对其进行有效的富集。

m6A RNA甲基化整体水平鉴定N6-methyladenosine(m6A)，是一种腺嘌呤核苷酸在腺苷酸甲基转移酶催化下发生的修饰，普遍的分布于不同类型的RNA中。众所周知，RNA甲基化在RNA的可变剪切、转录起始和翻译中发挥重要作用。RNA甲基化水平与新陈代谢﹑遗传发育﹑疾病发***展等生物学过程密切相关。云序生物优势(1)灵敏高：起始RNA量低至100ng；(2)特异性高：严格设置的阳性/阴性对照，结果更加准确可信；(3)稳定性高：背景信号极低，结果更加简单稳定；(4)速度快：比色分析，方便和快速；目前研究表明，环状DNA是从染色体上断裂、环化或者额外复制产生的序列。文章 环状DNA

eccDNA（染色体外环状DNA）的相关研究成果不断。云序环状DNA

总的来说，eccDNA的形成是依赖于DNA的序列特征、复制过程和DNA损伤的修复的。从目前已有的研究进展来看，就序列特征而言，串联重复序列会更容易造成eccDNA的形成；并且大部分的eccDNA有段重复序列，但是也有相当的部分没有重复序列，不能与任何附近的序列发生重组；高GC、转录刺激区域，像R-loop形成和修复促进eccDNA的形成；同源重组会切除重复DNA产生序列更大的eccDNA。而就DNA损伤修复而言，研究发现致ai物会提高eccDNA的水平，同时一些特异的DNA损伤修复蛋白是eccDNA形成所必需的，但是还有一些是非必需的。云序环状DNA

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