2019年,接连3篇高水平染色体外环状DNA的研究论文刺激了这一几十年前就已发现的一种存在于染色体外的DNA形式的研究热潮。当然,不onlyonly文章的发表,这一研究方向能够得到如此多的关注也是因为高通量测序技术的应用使得对eccDNA的作用感兴趣的研究人员有了更加便捷的研究方法,降低了研究的门槛。 染色外环状DNA早在1965年就已经被报道,这是first次在小麦胚乳细胞和猪精子当中发现的DNA存在形式。同年其他研究人员报道在人的tumour细胞中发现了eccDNA,并且发现是都是以成对的形式存在,因此被称作“双微体”,这也是双微体概念的first次提出。(大家注意一下下图中染色体旁边成对出现的小黑点就是双微体)因为这些环状 DNA 存在于染色体之外,因此也得名“染色体外环状 DNA”。西藏环状DNA是什么
eccDNA目前已经有很多的功能被证实,包括介导细胞的衰老,如上表中的rDNA circle,被证明在酵母细胞衰老过程中发挥作用;基因补偿效应在组蛋白H2A-H2B的编码基因研究中被发现,敲除后会造成eccDNA中的同源基因明显扩增;tumour的适应性进化和异质性在2019年的几篇文章中都有报道;抗药性早在1978年就已经证实携带DHRF基因的双微体会造成小鼠细胞的氨甲喋呤耐药,2014年一篇研究发现eccDNA中的EGFR基因突变会造成胶质瘤的耐药性(Science, 2014)。云南环状DNA平台传统 eccDNA提取方法中所使用的细胞裂解液当中含有的 NaOH 也对 DNA 的环状结构具有不可逆的破坏作用。
ai基因在eccDNA上扩增的重新发现以及eccDNA在tumour基因组重排的新发现,不only挑战了目前对于tumour基因重排的理解,还迫切促使我们重新考虑当前ai症基因组图谱包含的空间信息。而本文这项研究只在神经母细胞瘤中,还有待将来扩展到其他类型的tumour,因此eccDNA在其他ai症基因组图谱和新功能还有更广阔的探索空间,相信eccDNA作为新时代的科研探索热点势不可挡,为了帮助老师们搭上eccDNA探索的“高铁”,此刻云序生物向各位研究者隆重推荐best新eccDNA-seq技术,该技术作为业内率先发布的eccDNA测序服务,能够帮助大家紧扣科研时代脉搏,紧跟前沿步伐,更快、更好、更新的满足大家对于eccDNA的研究需求,欢迎新老客户来电咨询。
5. eccDNA具有转录活性 eccDNA能够高效扩增成环序列,这种扩增是否有转录活性?RNA转录本是否onlyonly来源于传统线性的染色体?要回答这一问题,作者通过RNA-seq(云序提供该服务)进行探索,结果发现split-reads,即在RNA-seq测序的结果当中同样发现了能够跨过相同剪切位点的测序片段,这种片段的剪切位点和eccDNA成环的剪切位点序列保持一致,说明环形的eccDNA也具有转录活性,这一点非常重要,这很有可能造成成环基因(尤其原ai基因和耐药基因)在转录本水平的明显高表达从而进一步促进ai症的发生和发展,是非常具有临床意义的研究成果。环状DNA是一种生物界普遍存在的DNA形式。
目前研究表明,eccDNA是从染色体上断裂、环化或者额外复制产生的序列,其剪切加工机理主要提出有两种可能:(1)通过染色体异位同源重组环化(intrachromatid ectopic homologous recombination,HR);(2)通过非同源染色体末端连接环化(nonhomologous end-joining,NHEJ)。eccDNA形成是一个复杂的过程,更多环化方式有待探索。 云序生物eccDNA测序服务(别称:Circle-seq﹑环状DNA测序),采用多种方法高效地富集和扩增eccDNA,极大地提高了eccDNA的检出率。富集后,通过NGS测序高通量地检测细胞中所有的eccDNA分子。并通过严谨的eccDNA生信流程,实现了对eccDNA准确的识别和详细的基因注释。从 1960 年代至今的半个多世纪里,研究者已经在几乎所有的物种当中发现环状 DNA 的踪迹。平台环状DNA价格
对环状DNA或差异环状DNA所属基因进行GO功能和KEGG通路富集分析。西藏环状DNA是什么
近年来,eccDNA(染色体外环状DNA)连登《Nature》《Cell》等期刊,彻底颠覆了人们对基因遗传的传统认知(颠覆性发现:ai基因竟不在染色体上 环状DNA连登Nature,Cell!),成为了best具潜力的科研新热点(2020国自然研究热点—eccDNA的前世今生)。 近期,NIPT之父卢煜明教授基于转座酶和m5C位点酶学转化方法开发出了eccDNA甲基化测序技术,并first次揭示了孕妇血浆中的胎儿eccDNA甲基化状况,为eccDNA的深入研究及新型分子标志物的开发提供了新的技术手段。西藏环状DNA是什么