案例2:ai基因与邻近增强子的环化共扩增 本文作者利用染色体外环状DNA测序探讨了ai基因及其邻近增强子通过环状染色体外DNA的形式进行扩增事件,研究过程中发现了EGFR基因在成胶质细胞瘤中存在与其上游约130kb的非编码序列共同扩增的特征,EGFR基因案例表明tumour细胞中的ai基因通过高级扩增与环化而形成的对自身调控活性的增强,是一个十分有效的促ai机制。总之,这项研究综合利用各项计算分析和实验手段,first次揭示了增强子在ai基因环化扩增介导的促ai效应中所发挥的重要作用,这一机制也为抗tumour和诊断提供新的方向和理论依据。测序后首先可以得到一个详尽的环状DNA注释表格。环状DNA价格
与RNA-seq联合分析 研究发现eccDNA环化多来源于ai基因,那eccDNA对基因的表达有着怎样的影响呢?作者在这里利用RNA-seq(云序提供此服务)技术进行探究,结果并未发现小于1kb的eccDNA中的基因表达发生变化,基因表达的增加主要发生在大于1kb的eccDNA中。利用等位基因特异性表达方法分析发现高表达的基因来源于环状等位基因,但是环状DNA中基因拷贝数与环状外基因的拷贝数并无明显区别,这也表明eccDNA还存在其他与tumour相关的功能。湖南环状DNA介绍eccDNA高通量检测的关键步骤是要通过实验手段对其进行有效的富集。
案例1:环状DNA促进染色质的开放和促ai基因的表达 研究团队首先结合二代全基因组测序和光学匹配(optical mapping),从序列的角度发现,扩增出来的环状DNA形成了环状结构,不only证实了tumour中的环状DNA确实是环状的,还证明了环状DNA的染色质是高度开放的,从而进一步阐释了环状DNA能大量表达ai基因和其环状结构介导的超远距离相互作用,这也表明了环状DNA可能形成了新的基因调控回路和在驱动tumour异质性的机制研究中发挥着重大的作用。
染色体外环状DNA(EccDNA)是指起源于染色体的环状DNA,但一旦产生,这些DNA很可能独li于染色体DNA。1964年Alix Bassel和Yasuo Hoota首先发现了位于细胞核内的eccDNA,被称为双分钟(Dms)。Eccdnabest初是通过核型鉴定为独li于染色体存在于ai细胞中的dna,但由于技术的进步,特别是下一代测序和生物信息学的进步,eccna已经成为一种新的分子,其众多的特征和功能被发现。 EccDNA的长度足以容纳它们自己的复制起点,能够编码氨基酸,并且已经在tumour组织中观察到,在ai症医治中,它们best常含有ai基因或与耐药相关的基因。EccDNA的其他功能,如在衰老和异质性中的功能,以及可能的作用,包括剂量补偿,已经逐渐被发现。已知ai细胞内的基因型多样性和基因组可塑性受到基因组不稳定和基因组改变的影响。EccDNA可以通过其多样性(包括结构,功能和数量多样性)快速重塑基因组,从而有效地推动ai症和生命的进化。云序对环状DNA或差异环状DNA所属基因进行GO功能和KEGG通路富集分析。
环状DNA检出率高: 采用多种方法高效地富集环状DNA,环状DNA检出率高。 专业的生物信息学分析: 专业的生物信息学团队,开发了高效识别分析环状DNA的算法,满足客户的各类深入数据分析需求。 一站式服务: 客户只需提供细胞、组织或基因组DNA,云序生物为您完成从样品准备、环状DNA富集、文库制备、上机测序到数据分析整套服务流程。云序组织细胞环状DNA测序服务(Circle-seq),采用多种方法高效地富集和扩增环状DNA,极大地提高了环状DNA的检出率。对整体或单独样本中的环状DNA在各染色体上的数量、密度进行统计和展示。文章 环状DNA分子
目前,环状DNA可以作为一种新型特异的tumour标志物。环状DNA价格
ECCDNA发挥多种作用,包括细胞基因型、异质性和对环境因素的适应,如生活方式、营养和压力。因此,tumour和配对标本中tumour特异性eccDNA的特征可能有助于这些疾病的诊断和预后。best近的研究表明,eccDNA的大小分布,末端位置,末端基序和表观遗传特征有助于追踪它们的起源。EccDNAs,包括那些大于2 kb,可以作为细胞外释放自由从健康的和不健康的细胞dna生物流体在不同的情况下,可以作为新型生物标志物摆脱ai症的早期检测的新见解,对药物治疗的反应的监测和ai症生存。环状DNA价格