安徽测序分析

云序优势 适用于血清血浆等微量样品： 此法减少DNA损失，并保留原始表达量，不同环状DNA间表达量比较更准确 专业的生物信息学分析： 专业的生物信息学团队，开发了高效识别分析环状DNA的算法，满足客户的各类深入数据分析需求。 一站式服务： 客户只需提供血清血浆，云序生物为您完成从样品准备、环状DNA富集、文库制备、上机测序到数据分析整套服务流程。 样本要求 样品类型： 血清血浆。 样品量： 血清血浆：5mL 样品运输及保存： EDTA抗凝，样品干冰运输。勿用肝素管取样（绿色盖子抗凝管）。在RIP-Seq中，富集峰表示全部活跃转录的区域(相对于对照IgG)。安徽测序分析

案例2：METTL1通过m7G甲基化促进let-7 MicroRNA的加工 原文：METTL1 Promotes let-7 MicroRNA Processing via m7G Methylation 期刊：Molecular Cell 影响因子：14.25 剑桥大学戈登研究所和病理学系中心，借助m7G RNA甲基化测序技术，识别了A549细胞中miRNA具有m7G甲基化修饰。该研究发现Mettl1调控的pri-let7 m7G修饰通过改变pri-let7中G-四重结构，进一步调控pre-let7和let7的表达，影响肺ai细胞迁移。该研究揭示了Mettl1依赖的m7G甲基化修饰可以作为调控miRNA结构、生物发生和细胞迁移的一种新的RNA修饰。四川分析测序RNA甲基化云序生物的测序服务在业界获得较多好评。

案例1：环状DNA促进染色质的开放和促cancer基因的表达 原文：Wu, S., Turner, K.M., Nguyen, N. et al. Circular ecDNA promotes accessible chromatin and high oncogene expression. Nature (2019) . 期刊：Nature 影响因子：43.07 研究团队首先结合二代全基因组测序和光学匹配（optical mapping），从序列的角度发现，扩增出来的环状DNA形成了环状结构,不仅证实了tumour中的环状DNA确实是环状的，还证明了环状DNA的染色质是高度开放的，从而进一步阐释了环状DNA能大量表达cancer基因和其环状结构介导的超远距离相互作用，这也表明了环状DNA可能形成了新的基因调控回路和在驱动tumour异质性的机制研究中发挥着重大的作用。

2'-o-甲基化样本要求 样品类型 细胞、组织或RNA，其他样本类型请电询。 样品量 a) 细胞：1×108 b) 组织：500 mg - 5g c) RNA：100 μg - 300 μg (OD260/280：1.6-2.3; RNA无明显降解) 样品运输及保存 样品运输：样品置于1.5mL离心管中，封口膜封好，干冰运输。 样品保存：细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理，液氮冻存后-80℃保存；RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存，避免反复冻融。目前，环状DNA不只可以作为一种新型特异的tumour标志物，还在tumour发生和发展机理研究中发挥着重大的潜在价值。云序生物拥有BD Rhapsody™单细胞免疫组测序平台。

组织细胞环状DNA测序： 游离于染色体基因组之外的DNA (extrachromosomal DNA，ecDNA)被发现常常以环状的形式存在，这种形式的DNA被称为环状DNA (extrachromosomal circular DNA，eccDNA）。目前也习惯将巨大的环状DNA(>1Mb)称为ecDNA, 而将相对较小的环状DNA称为eccDNA。目前研究表明，环状DNA是从染色体上断裂、环化或者额外复制产生的序列，其剪切加工机理主要提出有两种可能：（1）通过染色体异位同源重组环化（intrachromatid ectopic homologous recombination，HR）；（2）通过非同源染色体末端连接环化（nonhomologous end-joining，NHEJ）。环状DNA形成是一个复杂的过程，更多环化方式有待探索。测序适用于大多数物种：可以检测几乎任何动植物的环状RNA。海南测序全转录组

采用多种方法高效地富集环状DNA，环状DNA检出率高。安徽测序分析

LC-MS/MS检测核酸修饰水平实验原理： 云序生物建立了一种基于 LC-MS/MS 平台的核酸修饰分析方法，定量 4类 DNA 修饰（5-mdC、5-hmdC、5-fodC、6-mdA）和 9 类 RNA 修饰（m5C、 m6A、Am、Gm、Cm、Um、m1A、m7G、ac4C），为表观遗传研究提供理想的技术平台。 液相色谱串联质谱（LC-MS/MS）能够很好的检测到极性高、稳定性差的化合物，并能够对物质进行精确的定量。LC-MS/MS 法是目前所有总体甲基化水平分析方法中能够对含量极低的修饰碱基进行准确定性定量的方法；而将 LCMS/MS 法与一定的样品前处理方法相结合，能够更好地对各类生物样品中的 DNA/RNA 修饰进行检测。安徽测序分析