甘肃云序环状DNA测序

eccDNA 在染色体上普遍均匀分布的特征也得到了第二种测序方法的验证。与第一种方法中使用滚环扩增不同，第二种方法先采用 Tn5 转座酶将 eccDNA的片段化，而后进行常规的 PCR 扩增和 illumina 高通量测序。第二种方法虽然不能得到全读长的 eccDNA，但能避免滚环扩增所造成的小环扩增倍数多、大环扩增倍数少的偏误。综合两种方法的实验结果，研究者确认了“eccDNA 从哪里来”这个问题的答案——eccDNA 的来源序列普遍、随机、均匀地分布于整个基因组上。目前研究表明，环状DNA是从染色体上断裂、环化或者额外复制产生的序列。甘肃云序环状DNA测序

1. 神经母细胞瘤eccDNA整体统计 研究人员联合eccDNA-seq和RNA-seq（云序生物提供此服务）技术，与开创性的生物信息学算法相结合，first次在神经母细胞瘤（一种主要发生在儿童的致命tumour）中进行详细的环状DNA序列分析。本研究中分析了93名儿童的神经母细胞瘤组织样本，结果显示，每个组织样本平均检测到5600多个eccDNA。 在基因组特征分布 实验结果显示eccDNA在基因区域大量富集，特别是在MYCN扩增的神经母细胞瘤中。更进一步分析发现，eccDNA中的多个与神经母细胞瘤相关的基因如MYCN、JUN、MDM2、SOX11、TAL2发生扩增。这也与以前的发现一致ai基因可以与邻近增强子环化共扩增。上海技术环状DNA对整体或单独样本中的环状DNA在各染色体上的数量、密度进行统计和展示。

案例2：ai基因与邻近增强子的环化共扩增 本文作者利用染色体外环状DNA测序探讨了ai基因及其邻近增强子通过环状染色体外DNA的形式进行扩增事件，研究过程中发现了EGFR基因在成胶质细胞瘤中存在与其上游约130kb的非编码序列共同扩增的特征，EGFR基因案例表明tumour细胞中的ai基因通过高级扩增与环化而形成的对自身调控活性的增强，是一个十分有效的促ai机制。总之，这项研究综合利用各项计算分析和实验手段，first次揭示了增强子在ai基因环化扩增介导的促ai效应中所发挥的重要作用，这一机制也为抗tumour和诊断提供新的方向和理论依据。

目前研究表明，eccDNA是从染色体上断裂、环化或者额外复制产生的序列，其剪切加工机理主要提出有两种可能：（1）通过染色体异位同源重组环化（intrachromatid ectopic homologous recombination，HR）;（2）通过非同源染色体末端连接环化（nonhomologous end-joining，NHEJ）。eccDNA形成是一个复杂的过程，更多环化方式有待探索。 云序生物eccDNA测序服务（别称：Circle-seq﹑环状DNA测序），采用多种方法高效地富集和扩增eccDNA，极大地提高了eccDNA的检出率。富集后，通过NGS测序高通量地检测细胞中所有的eccDNA分子。并通过严谨的eccDNA生信流程，实现了对eccDNA准确的识别和详细的基因注释。环状RNA通过与宿主基因相互作用抑制DNA损伤修复。

eccDNA究竟是如何形成的，目前尚没有十分确切的解释，目前推测的可能机制包括以下几种：（A）DNA复制过程中，形成发夹结构，接着在DNA聚合酶的作用下，通过滑动形成环状，并从染色体中切割下来并复制形成双链环状DNA，这种形成方式的特点是染色体原始位置上的这段序列发生了缺失；（B）DNA复制时形成R-loop结构，在这种结构中，其中一条链发生折叠，形成环状结构并切割下来，形成环状DNA，发生断裂的双链通过DNA的损伤修复机制进行补齐，因此这种方式不会造成染色体原始序列的损伤；（C）通过DOIRA模型，通过双链复制的方式形成；也不会造成原始序列损伤；（D）通过双链的同源区域的重组，造成双链同时断裂，往往通过这种方式会产生Mb以上的较大的eccDNA，并且原始序列会发生缺失。环状DNA在不同基因区域、重复序列元件区域分布。修饰环状DNA价格

测序后首先可以得到一个详尽的环状DNA注释表格。甘肃云序环状DNA测序

云序生物是国内best早提供 eccDNA 测序服务的公司，云序在2018年已就启动了组织细胞 eccDNA 测序服务的开发，随后又在国内first发血清血浆环状 DNA 测序服务。迄今为止，我们已经完成上千例样品的 eccDNA 测序，积累了丰富的项目经验，样品类型涵盖：组织﹑细胞﹑血清﹑血浆﹑尿液等，物种涵盖：人﹑小鼠﹑大鼠﹑拟南芥﹑果蝇﹑酵母﹑非洲爪蟾等。云序生物采用 A&A Biotechnology 公司的环状 DNA 纯化柱，是绝大部分环状DNA高分文章中所使用的纯化柱，并且云序生物是该品牌在国内的总代理。今年，云序生物又在港中大教授卢煜明（Y.M. Dennis Lo）发表的 Tn5 转座酶法的基础上，在全国范围内率先推出了血清血浆 eccDNA 甲基化测序服务。甘肃云序环状DNA测序