郑州修饰m6A

RNA剪接后，成熟的mRNA必须从细胞核中输出以在细胞质中翻译或降解。研究者检测到STH处理的he心La细胞中细胞核mRNA的保留时间增加了40％，但是多聚腺苷酸化的RNA没有变化。在具有增强的m6A水平的ALKBH5缺陷型细胞中，通过5-溴尿苷（BrU）掺入分析观察到新生合成的RNA主要分布在细胞质中。据报道，不同的RNA种类通过核孔复合物利用不同的途径进行核输出。TAP-P15复合体是在衔接蛋白如ALY/REF衔接子、SR蛋白和TREX复合物的协助下用于mRNA输出。由于ASF/SF2的磷酸化水平决定其在剪接或核输出中的功能，因此推测由ALKBH5缺陷引起的ASF/SF2磷酸化减少将加强其与TAP/P15复合物的相互作用从而导致核mRNA输出加速。与mRNA不同，rRNA可以招募几种不同的途径使其出口更有效率。rRNA核出口可能不会受到ALKBH5缺陷的显着影响。有趣的是，ALKBH5缺陷也导致细胞质中SRPK1蛋白异常聚集。 SRPK1负责剪接因子的磷酸化，以促进其参与前mRNA的剪接。m6A试剂盒采用高盐/低盐缓冲液连续洗脱的流程可以大幅降低背景噪音。郑州修饰m6A

接下来这些已经发生m6A修饰的碱基，在FTO和ALKBH这两种酶的作用下发生去甲基化。其中FTO就是臭名昭著的Fat mass and obesity-associated protein，其详细的分子机制在2007年的小鼠模型上做过比较系统的研究。该酶与ALKBH5一起，使得RNA甲基化成为一种可逆的反应。 后来这些发生甲基化修饰的RNA碱基位点，需要特定的酶来识别。这时候就需要咱们的readers登场了。已知YTHDF家族包括YTHDF1、YTHDF2、YTHDF3以及酿酒酵母中的Mrb1基因、粟酒裂殖酵母中的Mmi1基因都是readers类蛋白。这些酶能够识别发生m6A甲基化的碱基，参与下游翻译、mRNA降解、加快mRNA出核速度等作用。如图4C中所示，YTHDF2参与mRNA降解过程。济南m6Apri-miRNA测序m6A RNA修饰相关酶PCR芯片。

在本研究当中，作者发现： 肺腺ai组织当中，m6A 的去修饰化酶 FTO 的表达水平存在下调。 Wnt 信号诱导的 EZH2/β-catenin/LEF/TCF 复合体结合于 FTO 基因启动子区域的 TBE 元件区域，通过组蛋白 H3K27me 的甲基化抑制了 FTO 基因的转录。 通过m6A MeRIP-seq发现FTO 的表达下调使得包含 MYC 在内的多种代谢相关基因的 mRNA 的 m6A 修饰水平升高。 MYC mRNA 的 m6A 修饰可以募集 m6A 识别蛋白 YTHDF1 的结合，从而促进 c-Myc 蛋白的翻译表达，进而提升tumour细胞的糖酵解水平和细胞增殖能力，促进tumour发生。

一旦参与m6A修饰的酶出现异常将会引起一系列疾病，包括tumour、神经性疾病、胚胎发育迟缓等。此外，一些非编码RNA如lncRNA、tRNA、rRNA以及剪切体RNA在转录前后，也存在大量的碱基修饰活动。虽然近几年，关于RNA修饰的研究数量开始增多并慢慢成形，一些深入性的机制研究仍有大量的工作待全球的科学家去完成。但是无论如何，coding RNAs和non-coding RNAs上发生的动态修饰dai表了一种全新的遗传信息调控方式。云序生物聚焦于科研前沿领域，针对各类RNA分子、表观遗传学、蛋白质组学等研究热点为广大科研人员提供系统性解决方案。对m6A RNA流行检测手段为MeRIP-Seq技术。

对 m6A 读码器及其功能的了解正在迅速加深。越来越多的研究表明，新的 m6A 结合蛋白在不同的细胞类型和模型系统中具有新的作用。m6A 结合蛋白通常含有 YTH（YT521-B 同源性）结构域。RNA 下拉显示，含有 YTH 结构域的蛋白质通常是 m6A 结合剂8。这些含有 YTH 结构域的不同蛋白质已经表现出了与其 m6A 结合能力相关的广fan作用范围。与 YTHDF2 结合的 m6A被认为在 mRNA 稳定性方面发挥作用9。众所周知，YTHDF1 可以提高翻译的效率10。YTHDC1 在 m6A 介导的选择性剪接中具有重要意义11。并非所有 m6A 结合蛋白都含有 YTH 结构域。eIF3 在翻译上游发挥作用，并且已经证实该蛋白质在 5'UTR 内会优先结合 mRNA 中的 m6A，增强翻译作用12。下载我们的 m6A 通路海报，了解 m6A 读码器及其功能的更多相关信息。m6A除了分布在 mRNA 中，也出现在很多非编码 RNA中。武汉m6A全转录组测序

快速检测m6A整体甲基化水平。郑州修饰m6A

思路2 研究甲基化修饰差异基因 第一步：直接进行m6A-seq和转录组测序，找到时间顺序或差异表达的基因并用qPCR、 WB等⽅法验证，此外找到m6A有差异的基因； 第二步：对甲基化酶进行敲低和过表达，检测RNA整体的m6A水平，之后可进行转录组或小RNA测序等方法检验甲基化酶敲低和过表达对mRNA或miRNA整体的影响，并着重研究第⼀步中感兴趣的m6A有差异的靶基因； 第三步：对靶基因进行敲低或过表达，是否能够对甲基化酶异常表达后的表型进⾏恢复； 第四步：对靶基因上motif进行点突变后进⼀步确认直接受到甲基化酶调控； 第五步：鉴定新型的甲基化酶（可选）。 当然根据不同的研究目的还有许多其他的研究思路，可根据自身实验设计进行延申和拓展。m6A相关SCI论文根据不同实验手段IF2~20不等，实验手段：m6A-seq、转录组测序/表达谱芯片、 LC-MS/MS 或 m6A 比色法、小RNA 测序/小RNA芯片、qPCR、 WB、敲降/过表达、靶基因验证、动物实验、临床实验/药物实验等。郑州修饰m6A

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