武汉遗传m6A

m6A研究思路思路1老数据挖掘第一步：先从原有的转录组数据中，挖掘到差异表达的甲基化酶；第二步：对挖掘到的甲基化酶如METTL3或FTO等进⾏qPCR验证，并进行m6A-seq分析哪些基因甲基化水平发生改变；第三步：在细胞（动物模型可选）中对这些酶进行敲低和过表达，进行常规的qPCR和WB检测相关酶表达情况，并用LC-MS/MS法检测RNA整体m6A水平；第四步：继续对这些敲低和过表达的细胞进行转录组测序/小RNA测序或表达谱芯片/小RNA芯片，分析哪些基因出现差异表达变化和可变剪切变化；第五步：找到甲基化酶调控的靶基因，进行敲低和过表达，看甲基化酶缺陷的细胞或动物模型表型能否补救；第六步：在确定上一步靶基因确实受到甲基化酶调控后，对靶基因上的motif进行点突变后进行验证；第七步：鉴定新型的甲基化酶（可选）。肺腺ai当中m6A去修饰化酶FTO的异常低表达。武汉遗传m6A

在肺腺ai细胞当中，哪些 RNA 会受 FTO 表达下调的调控，进而引发肺腺ai呢？为了探明 FTO 下游的分子致病原因，作者进行了 m6A 甲基化测序，发现 FTO 敲降的肺腺ai细胞当中有大量基因的 mRNA m6A 甲基化上调。FTO 是一种典型的 RNA m6A 甲基化的去修饰酶（也就是 m6A 的 “Eraser”），可以消去 m6A 甲基化，还原出普通的 A 碱基。通过云序生物m6A MeRIP-seq发现，FTO敲降细胞中有 556 个基因的 mRNA的 m6A 修饰水平升高；生信分析也发现，FTO 敲降细胞的代谢通路当中有许多基因的 mRNA 的 m6A 修饰水平升高，其中就包括一个重要的转录因子 MYC。m6A MeRIP-seq的结果可以验证，当敲降了 FTO 之后，MYC 基因的 mRNA 的终止密码子附近的 m6A 修饰水平升高。通过云序生物m6A MeRIP-qPCR 实验结果也证实，FTO 的敲降可以提升 MYC mRNA 的 m6A 修饰水平。针对 FTO 蛋白的 RIP 实验更是直接证明，FTO 结合在 MYC 的 mRNA 上面。综合前面的几个发现可以证明，FTO 可结合 MYC 的 mRNA，从而降低 MYC mRNA 的 m6A 修饰水平。金山区m6ARNA甲基化测序YTHDF1 通过结合 m6A 修饰的 MYC mRNA 来促进其翻译。

m6A 在细胞核内的动态调节由在 mRNA 上存储 m6A 的甲基转移酶编码复合物和去除相关标志物的 m6A 去甲基化酶进行。已知该编码复合物含有甲基转移酶 METTL31,2和 METTL14、METTL3 接头 WTAP3 和其他相关蛋白，包括 KIAA14294 和 RBM15/15B5。已知 m6A 的消码器由两种不同的酶组成：FTO 和 ALKBH56,7。将 m6A 添加到 mRNA，随后进行消除的想法将是未来 m6A 研究的重要考虑因素。转录组中 m6A 水平的动态变化可能表明该表观遗传学标志物具备新功能。云序生物聚焦于科研前沿领域，针对各类RNA分子、表观遗传学、蛋白质组学等研究热点为广大科研人员提供系统性解决方案。

mRNA前体的剪接是基因表达中的重要步骤，它涉及内含子的精确切除和核中初级转录本外显子的连接以产生成熟的mRNA。很早提出的m6A的作用之一是作为RNA剪接的调节剂，目前已有许多证据支持m6A与RNA剪接的相关性，尽管确切的机制尚不清楚。例如，在经环亮氨酸处理的禽肉瘤病毒感ran的细胞中，存在mRNA前体的明显累积，而成熟mRNA的减少；从METTL3敲低的he心pG2细胞的m6A-IP/RNA-seq数据分析显示，许多基因特别是甲基化基因显示异构体水平的差异表达，但是基因水平并无差异。同时，剪接的外显子和内含子显着富集了m6A峰，表明m6A与mRNA的选择性剪接之间的内在联系。m6A修饰研究火热程度很高。

在本研究当中，作者发现： 肺腺ai组织当中，m6A 的去修饰化酶 FTO 的表达水平存在下调。 Wnt 信号诱导的 EZH2/β-catenin/LEF/TCF 复合体结合于 FTO 基因启动子区域的 TBE 元件区域，通过组蛋白 H3K27me 的甲基化抑制了 FTO 基因的转录。 通过m6A MeRIP-seq发现FTO 的表达下调使得包含 MYC 在内的多种代谢相关基因的 mRNA 的 m6A 修饰水平升高。 MYC mRNA 的 m6A 修饰可以募集 m6A 识别蛋白 YTHDF1 的结合，从而促进 c-Myc 蛋白的翻译表达，进而提升tumour细胞的糖酵解水平和细胞增殖能力，促进tumour发***表10分以上文章较多的m6A RNA甲基化测序服务平台。长沙分析m6A

云序生物提供成熟m6A RNA甲基化MeRIP-seq服务。武汉遗传m6A

MeRIP-Seq数据集的分析揭示了m6A与miRNA结合位点之间的存在着很强的相关性。含有m6A峰的67％的3UTR也含有至少一个TargetScan预测的miRNA结合位点。因为大约30％的基因在其3UTR中具有miRNA结合位点，所以这是显着增强的关联。重要的是，m6A峰和microRNA位点不重叠。通常，m6A峰在终止密码子附近是较丰富的，并且通常沿3UTR长度频率降低，而microRNA靶位点在3UTR的5和3末端富集.m6A在3UTR和miRNA结合位点的存在提示了mRNA甲基化和microRNA之间的相互作用。确定腺苷甲基化是否有助于microRNA诱导的mRNA沉默的作用将是重要的。武汉遗传m6A

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