由于硬骨鱼和人类在骨骼发育过程中的基因、信号通路有高度同源性，而且与其他的动物模型相比，斑马鱼具有个体小适合高通量化学筛选、幼鱼身体透明易于观察骨骼发育的特点，所以近年来以斑马鱼为模型的骨骼研究逐渐成为这一领域的热点。斑马鱼从前向后的脊椎发育过程是非连续的，而是分成两个不同的区域：前域（包括第3块椎骨）和后域（包括第4-31块椎骨）。将斑马鱼脊椎骨钙化过程分成两个不同区域是基于第2和第3椎骨的出现晚于第4椎骨。我们利用斑马鱼骨骼发育的规律，摄入生长发育促进剂的斑马鱼脊椎骨发育会加快。脊椎骨染色应用与钙特异性结合的荧光染料（呈绿色），经荧光显微镜观察脊椎骨的数量。评价疏肝解酒酒精性脂肪肝防治功效。动物实验评估药物安全性
利用斑马鱼模型评价保护肾脏功效。肾脏是人体的重要组成部分,,发挥着从血液中滤过代谢废物并维持体内正常酸碱和渗透压平衡的重要作用。斑马鱼的肾脏与哺乳动物肾脏的发育及疾病的发生、发展存在很多相似之处，涉及的许多基因具有高度保守性。因此，斑马鱼适合用于评价保护肾脏功效。马兜铃酸主要损伤肾小管上皮细胞，导致肾间质纤维化及肾萎缩，并出现低分子蛋白尿、严重贫血症状，被称为“马兜铃酸肾病”。在人体和斑马鱼上，马兜铃酸均可诱发肾性水肿和肾脏形态功能异常，引起不可逆性肾损伤并至死亡。评价保护肾脏功效有两个指标：1.肾性水肿发生率。由于斑马鱼通体透明，肾性水肿可以明显的被观察到。2.肾小球滤过率。通过注射荧光物质，正常斑马鱼可将荧光物质排出体外，肾小球滤过功能损伤的斑马鱼不能将荧光物质排出体外。观察斑马鱼全身荧光强度可分析肾小球滤过率。体外试验药物有效性评价药物毒性试验、毒理毒性检测评价。
斑马鱼消化道的解剖结构和细胞结构与人类消化道相似，具有同心圆层的内上皮、结缔组织、环状肌肉和外纵肌层。三硝基苯磺酸（TNBS）的乙醇溶液造模法属于正常免疫系统下的半抗原诱导性模型，当TNBS的乙醇溶液灌肠时，乙醇作为有机溶剂溶解肠粘膜表面的黏液，暂时性破坏肠粘膜屏障，使TNBS和肠组织蛋白结合形成完全抗原，导致肠黏膜免疫系统针对该抗原的迟发性变化反应，并造成肠黏膜的损伤。杯状细胞是黏蛋白的主要来源，其数量和形态反应肠粘膜的健康状况，是肠粘膜异常的敏感指标。由于斑马鱼通体透明的特点，有两种方法检测结肠炎的防治作用。1.观察肠腔面积的变化，2.通过特异性染料（呈蓝色）对肠道的杯状细胞染色，通过观察杯状细胞数量来判断肠粘膜的损伤情况。
细胞色素P450酶是许多同工酶组成的超大家族，主要位于肝脏微粒体中，参与生物体许多内源性和外源性物质的生物转化。许多临床相关药物间的相互作用与抑制和/或诱导CYP酶有关，改变CYP酶的活性对药效有重要影响，有时甚至会威胁生命。在众多肝脏细胞色素P450酶家族中，CYP3A4和CYP2D6与70%以上的药物代谢有关，其中CYP3A4占50%以上，而CYP2D6占20%左右，因此目前药物代谢研究集中于评价药物对CYP3A4和CYP2D6的影响。我们评价斑马鱼对细胞色素P450的影响作用有2个指标：1.对CYP3A4的影响作用；2.对CYP2D6的影响作用。斑马鱼模型评价急性毒性。
糖尿病是一种由遗传基因决定的与肥胖等环境因素促发有关的疾病，其基本病理生理为肯定或相对性胰岛素分泌不足引起的代谢紊乱。斑马鱼胰腺的形态发生和基本细胞结构、排列方式类似于哺乳动物，斑马鱼食欲调节（如血清素）和胰岛素调节功能与人类相似，斑马鱼其他涉及葡萄糖体内平衡的***系统（包括脑、肝、脂肪细胞组织和骨骼肌）的发育和功能也与哺乳动物类似。斑马鱼在糖负荷状态下表现出持续血糖高现象，用高糖高脂饲料可以诱发斑马鱼血糖高，模拟人的二型糖尿病。用血糖仪对高糖高脂斑马鱼进行血糖检测。关于药物安全性的评价。体外试验药物有效性评价
斑马鱼模型评价胚胎毒性。动物实验评估药物安全性
利用斑马鱼模型评价抗气滞血瘀型血栓作用【评价原理】斑马鱼的基因与人类基因的相似度达到87％，斑马鱼血液系统与人类血液系统的血小板和凝血因子有许多共同点。大剂量肾上腺素（AH）能够引起动物血管内皮损伤和血小板活性增强，造成体内处于高凝状态。肾上腺素的大量增加模拟人体暴怒、大怒，导致气机阻滞，气滞血瘀。经过特异性红细胞染色（邻联茴香胺染色），患有血栓的斑马鱼在尾部静脉会布满红细胞，可以明显被观察到。本实验证实了阿司匹林和氯吡格雷具有明显抗血栓作用。动物实验评估药物安全性
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