湖南m6A案例

在肺腺ai细胞当中，哪些 RNA 会受 FTO 表达下调的调控，进而引发肺腺ai呢？为了探明 FTO 下游的分子致病原因，作者进行了 m6A 甲基化测序，发现 FTO 敲降的肺腺ai细胞当中有大量基因的 mRNA m6A 甲基化上调。FTO 是一种典型的 RNA m6A 甲基化的去修饰酶（也就是 m6A 的 “Eraser”），可以消去 m6A 甲基化，还原出普通的 A 碱基。通过云序生物m6A MeRIP-seq发现，FTO敲降细胞中有 556 个基因的 mRNA的 m6A 修饰水平升高；生信分析也发现，FTO 敲降细胞的代谢通路当中有许多基因的 mRNA 的 m6A 修饰水平升高，其中就包括一个重要的转录因子 MYC。m6A MeRIP-seq的结果可以验证，当敲降了 FTO 之后，MYC 基因的 mRNA 的终止密码子附近的 m6A 修饰水平升高。通过云序生物m6A MeRIP-qPCR 实验结果也证实，FTO 的敲降可以提升 MYC mRNA 的 m6A 修饰水平。针对 FTO 蛋白的 RIP 实验更是直接证明，FTO 结合在 MYC 的 mRNA 上面。综合前面的几个发现可以证明，FTO 可结合 MYC 的 mRNA，从而降低 MYC mRNA 的 m6A 修饰水平。云序生物有幸参与了两次研究当中的m6A MeRIP-seq的测序服务。湖南m6A案例

在本研究当中，作者发现： 肺腺ai组织当中，m6A 的去修饰化酶 FTO 的表达水平存在下调。 Wnt 信号诱导的 EZH2/β-catenin/LEF/TCF 复合体结合于 FTO 基因启动子区域的 TBE 元件区域，通过组蛋白 H3K27me 的甲基化抑制了 FTO 基因的转录。 通过m6A MeRIP-seq发现FTO 的表达下调使得包含 MYC 在内的多种代谢相关基因的 mRNA 的 m6A 修饰水平升高。 MYC mRNA 的 m6A 修饰可以募集 m6A 识别蛋白 YTHDF1 的结合，从而促进 c-Myc 蛋白的翻译表达，进而提升tumour细胞的糖酵解水平和细胞增殖能力，促进tumour发生。东城区m6A平台m6A修饰的文献已达3000+篇。

作者首先从 TCGA 的公开数据中发现，肺腺ai组织中的 FTO 表达水平低于邻近的正常组织，然后对 FTO 的 mRNA 进行 qPCR 实验，验证了这种表达差异的存在。免疫组化染色实验也证实 FTO 的的表达水平在肺腺ai组织中要低于邻近的正常组织。Kaplan-Meier 分析显示，低 FTO 表达水平的病患拥有较低的总生存率。 在人类肺腺ai细胞系中对 FTO 的 mRNA 的敲降实验发现，FTO 表达的降低可明显增强细胞的增殖以及非锚定依赖性生长（Anchorage-independed growth）的能力，细胞周期的速度也更快，细胞迁移和侵入性也更强。在体内实验方面，若将 FTO 敲降的细胞系注入无胸腺裸鼠的尾静脉内，相比于注入未敲降细胞的对照组，FTO 敲降的实验组中的tumour细胞有明显地向肺部转移。上述发现都指向一个结论：FTO 在肺腺ai细胞中的下调促进了tumour的生长和转移。

首先，作者发现了肺腺ai当中 m6A 去修饰化酶 FTO 的异常低表达，就此选定 FTO 这个酶为研究对象。紧接着，作者敲降 FTO 以控制变量，以研究 FTO 这个酶在肺腺ai中所发挥的功能。下一步，作者从上游和下游两个方向筛选出与 FTO 基因或 FTO蛋白发生互作的分子：一方面，通过一系列 Co-IP、ChIP 和荧光素酶报告实验，作者证明 FTO 基因是 Wnt 信号通路的靶基因，Wnt 诱导的 EZH2/β-catenin/LEF/TCF 复合体结合于 FTO 基因启动子区域的 TBE 元件区域，通过组蛋白 H3K27me 的甲基化抑制了 FTO 基因的转录；另一方面，通过 m6A MeRIP-seq 和生信预测，作者筛选出 MYC 作为 FTO 蛋白的靶基因，并通过一系列的 MeRIP-qPCR、RIP 和荧光素酶报告实验，证明 c-Myc 蛋白的表达量是跟随 FTO 蛋白表达量变化的因变量。云序生物科技有限公司，一家做测序服务的公司。

既然 FTO 敲降所导致的 c-Myc 蛋白的表达水平上升并不是由 MYC mRNA 表达水平的变化造成的，那么造成这一现象的原因会是什么呢？会不会是 mRNA 翻译调控呢？YTHDF1 是一种典型的 RNA m6A 甲基化识别蛋白（也就是 m6A 的 “Reader”）。用 anti-YTHDF1 抗体进行 RIP 实验，发现 FTO 的敲降将会增强 YTHDF1 与 MYC mRNA 的结合。虽然敲降 YTHDF1 并没有影响 MYC mRNA 的表达水平，但却能降低 c-Myc 蛋白的表达水平。在上一段中发现的 FTO 的敲降所导致的 c-Myc 蛋白表达水平的上升，还会被 YTHDF1 的敲降所逆转，说明 YTHDF1 发挥功能的位置在 FTO 的下游和 c-Myc 的上游 。综上可知，FTO 表达下调所导致的 MYC mRNA 高水平 m6A 修饰，可被 YTHDF1 识别并结合，从而促进 MYC mRNA 翻译为 c-Myc 蛋白。m6A RNA修饰上游酶的筛选。长沙分析m6A

云序可提供mRNA和多种非编码RNA的m6A测序。湖南m6A案例

近年来，科学家们发现了一种可逆的RNA甲基化—m6A，即RNA分子腺嘌呤第6位氮原子上发生甲基化修饰(N6-methyladenosine，m6A)。研究发现，m6A是真核生物mRNA上常见的一种转录后修饰，m6A在细胞加速mRNA代谢和翻译，以及在细胞分化、胚胎发育和压力应答等过程中起重要作用。种种研究迹象表明m6A 存在于很多物种中，占到了 RNA甲基化修饰的80%。m6A除了分布在 mRNA 中，也出现在很多非编码 RNA中 ，如：环状RNA 、LncRNA等。Nature正刊发表文章，证实发生m6A RNA甲基化修饰可以调控mRNA稳定性。而随后Cell Research也发表文章，证实环状RNA也会被m6A甲基化修饰，并会促进环状RNA编码蛋白这一有趣的结论。湖南m6A案例

上海云序生物科技有限公司公司是一家专门从事RNA甲基化，表观遗传学，转录组测序，外泌体产品的生产和销售，是一家服务型企业，公司成立于2015-03-02，位于上海市松江区新桥镇莘砖公路518号20幢302室-2。多年来为国内各行业用户提供各种产品支持。主要经营RNA甲基化，表观遗传学，转录组测序，外泌体等产品服务，现在公司拥有一支经验丰富的研发设计团队，对于产品研发和生产要求极为严格，完全按照行业标准研发和生产。上海云序生物科技有限公司每年将部分收入投入到RNA甲基化，表观遗传学，转录组测序，外泌体产品开发工作中，也为公司的技术创新和人材培养起到了很好的推动作用。公司在长期的生产运营中形成了一套完善的科技激励政策，以激励在技术研发、产品改进等。上海云序生物科技有限公司以市场为导向，以创新为动力。不断提升管理水平及RNA甲基化，表观遗传学，转录组测序，外泌体产品质量。本公司以良好的商品品质、诚信的经营理念期待您的到来！