甘肃服务表观遗传组测序

案例2：解析转录因子结合 原文：Cell-type specific and combinatorial usage of diverse transcription factors revealed by genome-wide binding studies in multiple human cells 期刊：Genome Research 影响因子：10.10 本文通过ChIP测序系统性地调查了11种不同类型人类细胞中3种转录因子（CTCF、RNAPII和MYC）与基因组的结合情况。结果表明：CTCF主要结合在基因间区，而RNAPII和MYC则偏向于结合在启动子区。CTCF结合位点在不同类型细胞中往往没有多大变化，而MYC的结合则呈现强烈的细胞特异性。MYC和RNAPII在很多区域共定位，并具有很多共同的靶基因。此外，通过整合转录组测序数据发现：转录因子结合与潜在靶基因的表达正相关，多个转录因子的组合结合，尤其是MYC和RNAPII的同时结合与基因高表达有着很强的关联性。目前，环状DNA不但可以作为一种新型特异的tumsour标志物。甘肃服务表观遗传组测序

优势一：一站式服务。客户只需提供样本，云序生物为您完成从ctDNA提取，文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。优势二：超微量ctDNA起始量要求。云序生物可以进行低至10ng的ctDNA测序。优势三：测序数据真实可靠。云序生物避免了传统5mC检测方法的GC覆盖度偏误，还拥有更完整的DNA读长，文库质量更加可靠。优势四：严格质控流程：云序生物质控流程严格，层层把关，为客户提供高准确度的结果。优势五：专业化生物信息分析：云序生物强大生物信息团队，满足客户个性化数据分析要求。河南云序生物表观遗传组测序案例通过温和的酶转化法，将未甲基化的胞嘧啶（C）高效地转化为尿嘧啶（U）。

游离于染色体基因组之外的DNA(extrachromosomalDNA，ecDNA)被发现常常以环状的形式存在，这种形式的DNA被称为环状DNA(extrachromosomalcircularDNA）。目前也习惯将巨大的环状DNA(>1Mb)称为ecDNA，而将相对较小的环状DNA称为eccDNA。环状DNA连登《Nature》《Cell》等期刊，彻底颠覆了人们对基因遗传的传统认知，成为了很有潜力的科研新热点。云序生物环状DNA甲基化测序技术基于转座酶和m5C位点酶学转化方法，用核酸外切酶V消化以去除线性DNA。通过转座酶打开环状DNA的环形结构，并在DNA的片段的两端加上接头。通过Klenow酶修复转座产物的末端缺口。通过温和的酶转化法，将未甲基化的胞嘧啶（C）高效地转化为尿嘧啶（U），后续进行文库构建与高通量测序，从而获得发生甲基化修饰的环状DNA。该技术可以同时检测环状DNA和环状DNA的甲基化修饰状态，为环状DNA的深入研究及新型分子标志物的开发提供了新的技术手段。

全基因组重亚硫酸盐测序法（Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS）一度是 DNA 5mC 测序的金标，可以将未经化学修饰的胞嘧啶（C）转化为尿嘧啶（U），并在后续的扩增和测序过程中被读取为胸腺嘧啶（T），同时保持甲基化修饰的 5mC 和羟甲基化修饰的 5hmC 在测序中仍被读取为 C。然而，WGBS 法需要极端的温度和化学环境，容易造成 DNA 的断裂降解；并且，WGBS 法对未经化学修饰的胞嘧啶（C）具有高比例的破坏力，致使 GC 富集区相比于 AT 富集区更容易丢失，在测序文库中造成“GC 覆盖度偏误”。 由于 ctDNA 含量低、稳定性差，若采用 WGBS 法对 ctDNA 进行 5mC 测序，将会难以避免地带来很多负面影响： 经化学处理后所得的 DNA 总量低，难以满足测序文库所需的量； DNA 丢失严重，覆盖度低，容易造成测序缺口（gap）； GC 检测覆盖程度不均一，未能反应真实情况。作者还发现血浆中的胎儿 环状DNA 与母体 环状DNA 相比甲基化程度相对较低。

报道表明：ctDNA羟甲基化不但可以作为tumsor分子标志物，还可用于追溯tumsor细胞的组织来源。在医疗大趋势下，ctDNA羟甲基化检测既具有极高的科研价值，又具备推进医疗临床实践的巨大潜能，为实现tumsor临床医治的全病程管理提供强有力的支持。利用ctDNA羟甲基化测序，凭一管液体就可以进行tumsor诊断、疗效评估、实时监控、个体化用药、预测复发等，是里程碑式的新型液体活检技术。云序生物率先推出ctDNA羟甲基化测序服务，低需1ngctDNA既可进行测序。客户需提供血浆，血清或体液样本，云序生物为您完成从ctDNA提取，文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。环状DNA连登《Nature》《Cell》等期刊，成为了很有潜力的科研新热点。西藏项目表观遗传组测序内容

该技术可以同时检测环状DNA和环状DNA的甲基化修饰状态。甘肃服务表观遗传组测序

样品类型：tumsor患者的血浆、血清或cfDNA。血浆和血清相比较而言，推荐使用血浆，以减少淋巴细胞来源的cfDNA干扰。样品量：血浆>5mL；血清>10mL；cfDNA>10ng。血浆提取：使用EDTA抗凝管收集全血，切勿冷冻保存，只能在2-8℃冰箱短暂存放，并尽快进行低温离心获取血浆。若不能进行低温离心，则需要使用添加专有稳定剂的STRECK无创管来保存全血，可在常温条件下离心。为了消除残留的细胞，血浆需要进行二次离心：first在4℃条件下以1600g离心10分钟；第二次在4℃条件下以16000g离心10分钟。样品保存：血浆、血清样品液氮速冻后-80℃冰箱保存。样品保存期间避免反复冻融。样品运输：封口膜封好样品，干冰运输。甘肃服务表观遗传组测序

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