江苏云序表观遗传组测序研究

案例1：ctDNA羟甲基化可作为人类ai症诊断的分子标志物期刊：CellResearch影响因子：15本篇文章的作者是复旦大学华山医院的刘杰教授课题组与芝加哥大学何川教授课题组合作通过检测不同ai症样本中ctDNA羟甲基化分布和水平。本文通过ctDNA羟甲基化检测技术，在全基因组范围内，检测ai症与健康人中ctDNA羟甲基化的水平。检测的ai症类型包括肠ai，胃ai，胰腺ai，肝ai，甲状腺ai，检测组织类型包括ai症及ai旁组织，血浆和白血球。结果发现，5hmC主要分布在基因组的转录活性区，可能与开放染色质和允许组蛋白修饰相关。同时，5hmC对特定ai症类型高敏感，如肠ai和胃ai。总的来说，ctDNA羟甲基化检测为日后通过血浆样本进行无创诊断奠定了良好的基础。云序生物率先推出ctDNA甲基化测序服务，需1ng ctDNA既可进行测序。江苏云序表观遗传组测序研究

案例2.ATAC-seq与ChIP-seq联合分析原文：NfibPromotesMetastasisthroughaWidespreadIncreaseinChromatinAccessibility期刊：Cell影响因子：31.398该文章是通过比较原发性和肝转移性的小细胞肺ai细胞之间的差异，从而研究人小细胞肺ai促进ai症扩散转移的背景机制。首先利用ATAC-seq，发现NFI家族转录因子富集在具有差异的染色质开放位点中，预示着NFI家族转录因子在调控tumsor细胞转移中扮演着重要角色。进一步进行ChIP-seq，通过2种测序结果联合分析，发现在染色质高开放性位点区域伴随着Nfib拷贝数量增多，且Nfib在侵袭性原发性tumsor和转移性tumsor内高表达，Nfib表现出维持染色质及远端调控区域开放和促进神经基因表达的功能，说明Nfib对促进ai细胞增殖和迁移具有重要的作用。山东表观遗传组测序文章可以预见的是，环状DNA将迅速成为新的科研热点。

ctDNA/cfDNA 之所以引起学界这么大的研究热情，与其在临床上广阔的应用前景是分不开的。相比于目前tumsor诊断当中普遍使用的组织活检，ctDNA 测序对患者的伤害小，且可以多次、实时地进行提取检测，在临床运用上具有极大的优势，有助于ai症的早发现、早医治，被誉为“液体切片活检”。ctDNA 的甲基化检测，同时结合了 ctDNA 测序于 DNA 甲基化测序的优势，在ai症检测方面提供更好的特异性和灵敏度。在 2021 年，已有 ctDNA/cfDNA 甲基化测序相关的商业化产品面市

多次实验之间的一致性更高 EM-seq 文库在不同起始量之间的相关性都很高，表明 EM-seq 检出的数据具有很好的可重复性，且甲基化检测灵敏度不会随着起始量的减少而降低；相形之下，不同的 WGBS 文库之间的相关性就不够理想。更精准地检测转录起始位点的甲基化数据 在低表达基因的转录起始位点附近，胞嘧啶一般会发生甲基化修饰，但由于 WGBS 法倾向于低估 GC 区域，因此难免遗漏一些转录起始位点附近的甲基化修饰；EM-seq 因为其出色的 GC 覆盖均一性，可以更精准地检测转录起始位点的甲基化数。可用于协助评估用药疗效、复发及医治后期转移动态的监测。

早在去年 5 月，中国本土公司近岸蛋白质（NOVOPROTEIN）便公开了该方法替代 ChIP-Seq 的可能性与原料 ChiTagTM 酶（一种 Protein A 与 Tn5 融合蛋白）的技术原理（图1），展示了中国生物技术公司已经走出对国外公司的简单模仿，在某些领域的自主创新走在了世界的前列。Henikoff 博士的文章进一步展示了 ChiTag (Chromatin Immuno-Tagment) 酶在解决蛋白质-DNA 相互作用的巨大潜力。云序生物提供的MeDIP测序服务，将甲基化DNA免疫共沉淀技术（MeDIP）和高通量测序相结合，能够帮助客户快速地获取全基因组范围内的DNA甲基化图谱，并比较不同样品中的甲基化分布差异。云序生物提供的MeDIP测序服务，将甲基化DNA免疫共沉淀技术（MeDIP）和高通量测序相结合，能够帮助客户快速地获取全基因组范围内的DNA甲基化图谱，并比较不同样品中的甲基化分布差异。为环状DNA的深入研究及新型分子标志物的开发提供了新的技术手段。山东表观遗传组测序文章

而将相对较小的环状DNA称为eccDNA。江苏云序表观遗传组测序研究

样品类型：tumsor患者的血浆、血清或cfDNA。血浆和血清相比较而言，推荐使用血浆，以减少淋巴细胞来源的cfDNA干扰。样品量：血浆>5mL；血清>10mL；cfDNA>10ng。血浆提取：使用EDTA抗凝管收集全血，切勿冷冻保存，只能在2-8℃冰箱短暂存放，并尽快进行低温离心获取血浆。若不能进行低温离心，则需要使用添加专有稳定剂的STRECK无创管来保存全血，可在常温条件下离心。为了消除残留的细胞，血浆需要进行二次离心：first在4℃条件下以1600g离心10分钟；第二次在4℃条件下以16000g离心10分钟。样品保存：血浆、血清样品液氮速冻后-80℃冰箱保存。样品保存期间避免反复冻融。样品运输：封口膜封好样品，干冰运输。江苏云序表观遗传组测序研究

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