ATAC测序的全称是Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing,运用测序手段研究转座酶可接近的染色质的一种技术。该技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,进而获得在该特定时空下基因组中活跃转录的调控序列。这项技术只需少量细胞便可获得实时全基因组活性调控序列信息,应用于转录因子结合分析、核小体定位、活性调控元件分布等研究,在表观遗传机制研究领域有广阔的应用前景。 云序生物对染色质开放区域进行研究的技术是利用ATAC测序技术,其原理为:利用DNA转座酶可以携带DNA去识别染色质开放区域。人为地将携带已知DNA序列标签的转座复合物(即带着测序标签的转座酶),加入到细胞核中,再利用已知序列的标签进行建库后测序,从而识别染色质的开放区域。还在tumsour发生和发展机理研究中发挥着重大的潜在价值。福建修饰表观遗传组测序是什么
在过去十年中,对非小细胞肺ai(NSCLC)的理解发生了重要的变化。现在证实,NSCLC具有不同的分子亚型。现在医生认为,针对NSCLC的个性化医治,应该是利用这些分子亚型匹配相对应的靶向疗法。表皮生长因子(EGFR)突变和ALK易位被认为是NSCLC医治很有效的靶点。但是EGFR和ALK的突变数量是多种多样的,并且我们检测到的突变类型还在不断地增加。因此,现代科学家们利用基于NGS的ctDNA技术,从患者血液中可以获得ROS1,BRAF,KRAS,HER2-,c-MET,RET,PIK3CA,FGFR1和DDR2的突变信息,从而利用这些突变信息为患者选择合适的靶向疗法。河北服务表观遗传组测序平台cfDNA是人体组织排放到血液、尿液或脑脊液等循环体系中的降解的DNA小片段。
云序优势 单碱基分辨 分辨率高,可以直接检测到发生甲基化的确切位点。 覆盖范围广: 检测>850,000个 CpG 位点,覆盖CpG岛、启动子、编码区、开放染色质和增强子等。 一站式服务: 客户只需提供细胞、组织或基因组DNA,云序生物为您完成从DNA富集,文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程。 严格的质控: 云序生物对805K芯片测序实验的各个关键步骤进行严格的质控,全程监控实验质量,确保客户得到优zhi的数据。 专业的生物信息学分析 专业的生物信息学团队,能够满足客户的各类深入数据分析需求。
早在十九世纪后期,科学家就通过显微镜观察到了蛋白质与 DNA 直接的相互作用,从那以后,他们开始深入探索蛋白质结合并控制 DNA 的作用机制。为了研究 DPI,科学家发明了很多方法:凝胶阻滞、DNaseI 足迹实验、甲基化干扰、体内足迹、酵母单杂、ChIP-Seq 等。其中 ChIP-Seq 因其能真实、完整地反映结合在 DNA 序列上的靶蛋白,是目前全基因组水平研究 DPI 的标准实验技术。 ChIP-Seq 的基本过程包括甲醛交联将细胞内与 DNA 结合的蛋白固定,再裂解细胞,超声断裂 DNA,将 DNA-蛋白质复合物结合在特异性抗体上,再用可以结合抗体的 ProteinA 磁珠将抗体-蛋白-DNA 复合物抓取下来,之后将 DNA 与蛋白解离,将 DNA的片段补平,加 A,加接头,进行高通量测序。ctDNA特指来源于tumsour细胞的cfDNA,是液体活检主流方向。
由于通常的活检技术不能够描述分子特性,因此胰腺ai和胆道ai患者通常缺少个性化的治疗方案。而游离的DNA测序能够帮助这部分人群进行医疗。在Eric A. Collisson教授的研究中,他们分析了26名患者tumsor中的54个基因。除了9名患者测序失败,剩下的17名患者中,90.3%的tumsor突变都能够在ctDNA中发现。其正确率为97.7%,灵敏度为92.3%,特异性为100%。同时,他们发现,ctDNA与tumsor标记动态是具有相关性的。因此,可以在胰腺cancer和胆道cancer患者中,通过ctDNA测序的方法,来确定患者的tumsor基因型,从而为患者提供准确的靶向疗法。ctDNA甲基化与ai症发展各时期关系密切,特别是ai症早期。西藏云序表观遗传组测序结果
ctDNA甲基化不但可以作为tumsour分子标志物,还可用于追溯tumsour细胞的组织来源。福建修饰表观遗传组测序是什么
技术简介 DNA甲基化修饰是表观遗传研究的热点之一,我们通常认为DNA甲基化就是胞嘧啶甲基化(5-methylcytosine, 5mC),却不知道随着测序技术的快速发展,一种新的DNA甲基化修饰类型—DNA-6mA甲基化已经成为表观遗传学领域的研究热点。 云序生物率先开发了DNA-6mA测序技术—6mA-IP-seq。其原理类似于MeDIP的免疫共沉淀测序技术,利用特异性抗体富集6mA的片段,扩增后进行高通量测序及甲基化分析,以较小的数据量,快速地绘制全基因组DNA甲基化水平的图谱。福建修饰表观遗传组测序是什么
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