宁夏环状pri-miRNA测序

研究一：环状RNA分子筛选及验证 为探索造血干细胞功能相关的circRNA分子，作者比较了小鼠不同造血干细胞（LT-HSC，ST-HSC和MPPs）中全转录组变化情况，找出了156种明显性差异表达的circRNA分子，其中49种在LT-HSC中高表达。RNase R及qPCR实验证实其中9种为真实LT-HSC中高表达环状RNA 分子。为有效筛选造血干细胞相关的circRNA分子，作者通过体内circRNA干扰实验，发现只有干扰Cia-cGAS后才能明显影响小鼠体内造血干细胞亚群分布，并表现为LSK祖细胞数量明显增加，与此同时LT-HSC细胞数量明显减少。因此，作者结合转录组数据以及体内、体外验证实验，锚定Cia-cGAS分子进行后续分子机制研究。环状RNA不同物质间进化上具有保守性。宁夏环状pri-miRNA测序

3.生物信息学分析，AZ处理相关环状RNA的功能预测 2013年两篇Nature文章揭示环状RNA具有miRNA海绵的功能，它可以吸附miRNA来调节相关基因的表达。此后，环状RNA的ceRNA功能机制正被人们广fan研究。研究人员通过生物信息学预测，发现282条AZ相关差异表达的环状RNA含有miRNA的结合位点，每个环状RNA的结合位点数从1到21不等。基于这些数据，研究人员根据它们的结合能力选出了5个miRNA。 然后他们随机选择了5个差异下调的环状RNA，并使用前5个预测的miRNA构建了circRNA-miRNA网络。可以看出每个环状RNA有多个miRNA结合位点，且一些环状RNA与同一miRNA的结合位点是相同的，暗示着环状RNA彼此之间的竞争性与miRNA结合。以上结果表明非洲爪蟾体内环状RNA可能存在的miRNA的海绵功能。宁夏环状pri-miRNA测序环状 RNA 可以起到 microRNA 海绵的作用。

研究思路： 作者首先分离了采用除草剂处理的雄性非洲爪蟾的睾丸组织，提取RNA，通过全转录组测序检测样本中环状RNA的表达变化。结果发现405个差异表达的环状RNA，其中44条上调和361条下调，这暗示着这些环状RNA可能在AZ污染过程中发挥作用。接下来通过环状RNA定量PCR检测和RNase R耐受性实验验证了环状RNA的表达量和结构。随后通过生信分析如GO及KEGG分析对差异表达的环状RNA进行了功能预测。GO分析表明这些RNA分子主要参与19条信号通路，其中Wnt信号通路和黄体酮介导的卵母细胞成熟通路可能是AZ污染涉及的信号通路。CircRNA-miRNA互作网络图揭示了环状RNA作用靶miRNA及可能的功能。本文研究了非洲爪蟾的环状RNA表达谱，为后续分子机理详细研究提供诸多靶分子。

作为一种广fan存在于各类真核生物中的新型非编码RNA，环状RNA逐渐成为了当下热门的明星分子。由于环状RNA的研究刚刚起步，已经进行过环状RNA研究的物种数量还非常有限。因此，对新物种中环状RNA表达谱进行系统性研究就成为了发表SCI文章的一条捷径。 云序生物客户发表的这项成果是全世界di一篇对非洲爪蟾环状RNA进行系统性研究的文章，也为广大研究人员提供了一个非常好的模板，即：如何通过环状RNA高通量测序和生物信息学分析，在不进行功能和分子机制研究的情况下，短平快的发表一篇影响因子不错的文章，非常具有借鉴意义。大多数来源于外显子，少部分由内含子直接环化形成。

2.环状RNA定量PCR及RNase R耐受实验，验证环状RNA的表达和结构 为了验证测序结果的准确性，研究人员随机选取了8条差异表达的环状RNA，利用“divergent primers”进行环状RNA定量PCR检测和RNase R耐受性实验。所有环状RNA的表达都能够被定量PCR实验检测到，并且定量PCR结果与测序结果趋势一致，表明环状RNA测序结果准确性非常高。所有环状RNA都能抵抗RNase R的消化，进一步证实了这些RNA的环形结构。云序生物作为国内早期提供环状RNA测序的测序公司，自行建立的环状RNA数据库circDB，借物种覆盖广、数据量大、疾病背景多的特点为客户提供好的服务。m6A是真核生物mRNA上常见的一种转录后修饰。陕西m5c环状研究

环状RNA(circular RNA，circRNA)是新发现的一类新型非编码RNA分子。宁夏环状pri-miRNA测序

作为一种普遍存在于各类真核生物中的新型非编码RNA，环状RNA逐渐成为了当下热门的明星分子。由于环状RNA研究刚刚起步，已经进行过环状RNA研究的物种数量还非常有限。因此，对新物种的环状RNA表达谱进行系统性研究就成为了发表SCI文章的一条捷径。云序生物客户发表的这项成果是全世界first篇对小麦环状RNA进行系统性研究的文章，也为广大研究人员提供了一个非常好的模板，即：如何简单地通过环状RNA测序，环状RNA定量PCR和生物信息学分析，在不进行功能和分子机制研究的情况下，短平快的发表一篇影响因子不错的文章，非常具有借鉴意义。宁夏环状pri-miRNA测序

上海云序生物科技有限公司办公设施齐全，办公环境优越，为员工打造良好的办公环境。高通量测序，测序合成，科研，技术服务是上海云序生物科技有限公司的主营品牌，是专业的上海云序生物科技有限公司于2015年3月成立，坐落于上海漕河泾新兴技术开发区，专注于表观修饰以及转录组领域，依托于高通量测序、定量PCR、质谱技术和生物信息学等技术，集科研服务、医学检测、产品研发于一体的****。公司，拥有自己**的技术体系。公司坚持以客户为中心、上海云序生物科技有限公司于2015年3月成立，坐落于上海漕河泾新兴技术开发区，专注于表观修饰以及转录组领域，依托于高通量测序、定量PCR、质谱技术和生物信息学等技术，集科研服务、医学检测、产品研发于一体的****。市场为导向，重信誉，保质量，想客户之所想，急用户之所急，全力以赴满足客户的一切需要。自公司成立以来，一直秉承“以质量求生存，以信誉求发展”的经营理念，始终坚持以客户的需求和满意为重点，为客户提供良好的RNA甲基化，表观遗传学，转录组测序，外泌体，从而使公司不断发展壮大。