化肥中不含有机质、腐殖质，因此大量使用化肥，土壤由于有机质和腐殖质的缺乏，土壤团粒结构遭到破坏，造成土壤板结，农植物产量下降。化肥利用率低，氮肥因为易挥发、流失，利用率只有30%-50%，磷肥的利用率才10%-25%，因为磷酸根化学活性活泼，施入土壤后大部分磷与土壤中的Zn2+、Mg2+、Ca2+、Fe3+、Al3+等阳离子结合形成难溶性磷肥。钾的利用率也只有50%左右。化肥大量使用使蔬菜瓜果品质**下降。由于作物不仅只需要氮磷钾，同时还需要钙铁锌硒等许多微量元素，而化肥一般成分比较单一，所以长期使用化肥必然导致土壤中所含养分趋于单一，易使作物营养失调，从而导致作物内部转化合成受阻，必然导致作物品质下降，瓜不甜，菜不香。危害人体健康。大量施用化肥，易使蔬菜中硝酸盐含量超标，而亚硝酸盐与胺类物质结合形成N-亚硝酸基化合物为强致*物质。化肥的大量使用，还造成土壤的有益菌、蚯蚓的大量死亡。化肥的长期低效施用，往往造成土壤中某些元素的过分积累和土壤理化性质的变化及环境的污染。从中国大量使用化肥看，越使用化肥，地力就越下降，就越依赖化肥，由此形成恶性循环。纯植物源原料，能明显促进作物的生长发育，有利于作物增产。重庆通常生物菌肥价格便宜
注意棚温、地温和水温。施用菌肥的比较好温度是25～37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。同时还应掌握固氮菌**适温度，土壤含水量是60～70%左右。因量制宜。对于多年来用化肥的田块施用了生物菌肥不能大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应，因此，其取代量应做到***、二、三年分别取代30%、40%和60%。磷、钾肥只能补足，不能减少。工业生物菌肥松土保肥、改善环境。丰富的有机质还可以改善土壤物理性状，增加土壤团粒结构，从而使土壤疏松.
由于微生物菌肥中含有大量的有益菌，菌肥施入土壤后，有益微生物迅速在土壤中以几何级数繁衍扩散，以及功能微生物的代谢产物，固氮解磷解钾，能改善土壤的理化性状，土壤板结，维持营养平衡，减少养分流失，金宝贝菌肥中还含有腐殖酸、有机质和多种微量元素，可刺激作物玉米生长发育，增强玉米抗病抗旱抗寒能力，还具增强抗逆，抗倒伏等作用，同时对农药残留毒性分解也有一定作用，还可提高化肥利用率，明显降低成本，菌肥可替代30%左右的化肥，每亩地直接节省500～800元，每亩可增产200斤以上。
认为一种产品中菌的种类越多、菌种数量越大越好复合菌剂的使用效果会受到不同菌种生长习性的影响，盲目的复合，极易造成菌种间的拮抗，影响效果发挥。产品使用后起作用的只有活菌，因此菌衡量的标准为“有效活菌数（CFU）”，有效活菌数量越大效果越好。此外，菌的纯度也至关重要，当产品中霉菌杂菌数及杂菌率超标时也会影响应用。市场上少数不合格产品中含有致病菌，不仅修复不了土壤，还会导致病害发生。不能与农药混用。化肥农药大面积混在一起的时候很可能会把菌杀死，施了生物菌肥以后，接着倒上杀菌药，：生物菌肥采用天然的微生物技术，不含有害物质，对环境友好，符合可持续农业发展的要求。
玉米上用微生物菌肥效果特别好，因为它不仅能可做基肥也可做追肥，具体用法是：1.基肥：每亩施用有机肥3000千克施肥方法可以采用沟施或穴施方法，同时根据土壤性质配合适量的氮肥、磷肥。2.追肥：每亩施肥量低于20千克标准氮肥时，宜在拔节中期一次追肥杆穗齐攻。一般早熟品种播后30天左右，即"喇叭口期"，追肥为好。中熟品播种后25天左右，追肥为好。晚熟品种播后35--4天追肥为好。每亩施用量超过20千克标准氮肥的，以分次追肥为好。重点放在攻杆和攻穗肥。各地一般采用二次追肥，一般以前重后轻，即攻杆肥占60%--70%为好，攻穗肥占30%---40%为好，在拔节、孕穗期喷施微量锌和硼。含固氮菌的菌肥还可以固定空气中的氮素，直接提供植物养分，各种菌肥能固定的氮素数量十分有限。山西大丰收生物菌肥制造商
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与化肥混用要注意化肥用量不能过大。高浓度的化学物质对菌肥里的微生物0害作用，尤其注意不能与碳酸氢铵等碱性肥料和硝酸钠等生理碱性肥料混用。***，注意千万不要与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫化肥，如***钾等以及稻草灰混合用，因为这些药、肥很容易杀死生物菌。在施用时，若施菌肥与防病虫、除草相矛盾时，可先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。同时还应防止与未腐熟的农家肥混用，因为农家肥在腐熟的过程中会发酵，这样会直接杀死生物菌。重庆通常生物菌肥价格便宜
