在荧光显微术中，不仅蛋白质结构感兴趣，而且对核酸也感兴趣。有时有必要通过检测细胞核来确定细胞的确切位置或数量。最常见的DNA染色剂之一是DAPI（4',6-二氨基-2-苯基吲哚），主要与DNA双螺旋富含A-T的区域结合。与未结合态相比，DAPI在DNA上的荧光强度增加。染料被UV（紫外线）光激发，比较大激发波长为358nm。发射光谱较宽，峰值在461nm。弱荧光也可以检测到RNA结合。在这种情况下，发射转移到500nm。有趣的是，DAPI能够渗透完整的细胞膜。因此，该染料既可用于固定细胞也可用于活细胞。CY5荧光染料是一种被广泛应用于生物分子检测和荧光成像等领域的高效、稳定的荧光标记试剂。吉林荧光染料APC
荧光染料，由于灵敏度高，操作方便，逐渐取代了放射性同位素作为检测标记，其广泛应用于荧光免疫，荧光探针，细胞染色等。包括特异性的DNA染色，用于染色体分析、细胞周期、细胞凋亡等相关研究。另有很多核酸染料在多色染色系统中是非常有用的复染剂，可作为背景对照，标记细胞核使细胞内结构的空间关系一目了然。荧光标记的单克隆抗体技术为流式细胞仪在研究细胞膜和细胞内各种功能性抗原、**基因蛋白等领域扩展了无限的应用空间。荧光探针可以通过蛋白质交联剂共价结合在单克隆抗体上。免疫荧光标记**常用的染料有异硫氰酸荧光素(fluoresceinisothiocyanate,FITC)、藻红蛋白(PE)以及AlexaFluor系列染料等。核酸荧光染料对细胞核染色后定量测量细胞所发出的荧光强度，就可以确定细胞核中DNA、RNA的含量，并可以对细胞周期和细胞的增殖状况进行分析。有多种荧光染料可以对细胞中的DNA或RNA染色，常用的DNA染料包括碘化丙啶(PI)、DAPI、Hoechst33342等，RNA染料有噻唑橙、吖啶橙等。化合物荧光染料细胞核D-荧光素是荧光素酶 (Luc) 的天然底物，可催化萤火虫产生典型的黄绿色光。
FITC荧光标记蛋白的应用及特点:活性荧光染料，如FITC、7-氨基-4-甲基香豆素(AMC)、罗丹明B(RhodamineB)或AlexaFluor染料，可用于标记抗体或蛋白质功能基团，生成分子探针，并通过荧光成像进行检测。当用荧光染料化学标记特异性抗体或其他纯化生物分子时，它们成为用于检测靶抗原或相互作用配偶体的荧光探针，用于细胞成像、流式细胞手术、蛋白质痕迹和酶联免疫吸附实验(ELISA)。由于荧光标记物具有无放射物污染、操作简单等优点，在蛋白质功能研究、药物筛选等许多研究领域得到了越来越广泛的应用。
南京星叶生物科技有限公司Super Fluor 系列（效果同Alexa Fluor系列）
且Super Fluor活化酯（与Invitrogen的Alexa Fluor活化酯完全相同）
管可用于实验室的荧光团数量众多，但这些染料通常属于以下三组之一：荧光染料:这些是用于在体外标记生物相关分子的小型有机天然或合成荧光分子。该组中的一些荧光染料包括荧光素、溴化乙锭和花青。荧光蛋白:这些是较大的、生物制造的蛋白质，由于它们的大分子结构而发出荧光。GFP、RFP和YFP是属于该组的一些染料。量子点:这些高荧光合成纳米晶体由半导体材料制成。随着荧光基本特性的广泛应用和该领域的显着进步，已经针对特定应用和仪器开发和优化了数百种活性荧光染料。同样，多年来，大量复杂的荧光技术（例如，FRET、TRF、FP、FRAP、FACS、FCS）也在不断发展。荧光素的衍生物包括异硫氰酸荧光素、俄勒冈绿和羧基萘并荧光素等。
所需的CY3-NHS酯的量取决于待标记蛋白的量，以及CY3-NHS的比较好摩尔比为10。示例：假设所需的标记蛋白为500μL2mg/mLIgG(MW=150,000)，用100μLDMSO溶解1mgCY3-NHS酯，得到所需的CY3-NHS酯体积为5.05μL，详细计算过程如下：1)mmol(IgG)=mg/mL(IgG)×mL(IgG)/MW(IgG)=2mg/mL×0.5mL/150，000mg/mmol=6.7×10-6mmol2)mmol(CY3-NHS酯)=mmol(IgG)×10=6.7×10-6mmol×10=6.7×10-5mmol3)uL(CY3-NHS酯)=mmol(CY3-NHS酯)×MW(CY3-NHS酯)/mg/μL(CY3-NHS酯)=6.7×10-5mmol×753.88mg/mmol/0.01mg/μL=5.05μL(CY3-NHS酯)4.运行偶联反应1)将室温新鲜制备的10mg/mLCY3-NHS酯缓慢加入到0.5mL蛋白质样品中于溶液中，轻轻摇动混匀，然后短暂离心，将样品收集于反应管底部。请勿混匀，否则2)将反应管安置避光处，在接下来的间隔轻轻蛋白水解60分钟。10-15分钟，轻轻翻转几次以充分混合5.偶联偶联物以下方案是使用SepHadexG-25柱封闭染料-偶联偶联物的范例。1)根据制造说明准备SepHadexG-25柱。2)将反应混合物(来自“Runconjugationreaction”)加载到SepHadexG-25柱的顶部。3)一旦样品在顶部树脂表面下方运行，立即添加PBS(pH7.2-7.4)。4)向所需样品添加更多PBS(pH7.2-7.4)即可完成柱密封。羰花青染料用作 Di 来标记细胞、细胞器、脂质体、病毒和脂蛋白。纳米荧光染料红色
Cy5.5含有一个游离胺基,可与多种官能团共轭,包括NHS酯和环氧化合物。吉林荧光染料APC
荧光染料***用于生物学和医学研究中，如流式细胞术、荧光显微镜和免疫组化等，其中荧光淬灭是一个关键的考量因素，因为它直接影响到实验结果的可靠性和准确性。FITC（异硫氰酸荧光素）是一种常用的绿色荧光染料，具有较高的荧光量子产率和激发效率。然而，FITC的一个主要缺点是容易受到环境因素的影响，如pH值、温度、溶剂和离子强度等，从而导致荧光淬灭。此外，FITC的光稳定性相对较低，长时间的光照会导致其荧光强度降低。CY5.5是一种远红外荧光染料，具有较长的激发和发射波长，因此适用于多色荧光标记和深组织成像。CY5.5相对于FITC来说，具有更好的光稳定性，不易受到环境因素的影响。此外，CY5.5的荧光量子产率也较高，使其在荧光标记实验中表现出色。AlexaFluor647是另一种常用的红色荧光染料，具有与CY5.5相似的长波长激发和发射特性。AlexaFluor647的优点是光稳定性较好，可以承受长时间的光照而不易淬灭。此外，它在多种溶剂和pH值范围内都能保持稳定的荧光性能，因此在复杂的生物样本中表现出色。
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