m5C全转录组测序m5C RNA是近年来发现的一类在tRNA及rRNA高丰度存在的甲基化修饰。利用高通量测序手段验证了非编码RNA以及部分mRNA中m5C存在,但是在不同物种、不同组织中m5C修饰分布图谱尚没有系统性报道。云序生物率先开展m5C RNA甲基化测序服务,采用经典重亚硫 酸盐处理的方式进行测序。在全转录范围内及tRNA水平查看基因m5C甲基化修饰水平。 样品运输与保存 样品运输:样品置于1.5mL离心管中,封口膜封好,干冰运输。 样品保存:细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后-80℃保存;RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,避免反复冻融。云序生物采用多种方法高效地富集环状DNA,环状DNA检出率高。上海测序平台
研究还发现,m6Am 修饰是一个可逆的动态修饰,当细胞遭遇热激、低氧等应激性刺激时 m6Am 水平上升,说明 m6Am 可能在细胞应激反应中扮演了重要角色。近来也有研究发现,除了 mRNA 的较早编码核苷酸残基以外,在 snRNA 内部也有 m6Am 甲基化修饰的分布。虽然 m6Am 修饰早在 1975 年就已经被人类发现,但由于检验手段的匮乏,科学家难以区分出 m6A 修饰与 m6A 修饰,因此直到近年来 m6Am 测序技术逐渐发展成熟,才为进一步深入研究 m6Am 这一重要的 RNA 修饰铺平了道路。中国澳门上海云序生物测序适用于任何物种:可以检测几乎任何动植物的环状RNA。
样本要求 样品类型 细胞、组织或RNA,其他样本类型请电询。 样品量 a) 细胞:1×108 b) 组织:500 mg - 5g c) RNA:100 μg - 300 μg (OD260/280:1.6-2.3; RNA无明显降解) 样品运输及保存 样品运输:样品置于1.5mL离心管中,封口膜封好,干冰运输。 样品保存:细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后-80℃保存;RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,避免反复冻融。目前,环状DNA不只可以作为一种新型特异的tumour标志物,还在tumour发生和发展机理研究中发挥着重大的潜在价值。
案例1:小肠腺ai的特异性甲基化组图谱 本文通过MeDIP测序研究了小鼠模型小肠腺ai起始过程中的甲基化变化,发现了13,000多个与小肠腺ai发生相关的差异甲基化区(DMRs)。进一步分析发现:组蛋白修饰复合物PRC2的靶基因在高甲基化DMRs中明显富集,说明组蛋白修饰与DNA甲基化密切相关。此外,在不同类型细胞中,通过重亚硫 酸盐焦磷酸测序证实:这些DMRs是腺ai细胞中全新形成的,而不是通过小肠干细胞或未分化隐窝细胞中已有甲基化模式的扩展形成的。更为有趣的是,作者发现了一些DMRs,它们在小鼠腺ai和人类结肠ai间是保守的,并因此找到了一些在结肠ai中受表观遗传修饰的基因,揭示了甲基化修饰作为临床分子标志物的潜力。m6A环状RNA测序,云序生物提供成熟m6A RNA甲基化MeRIP-seq服务。
案例2:cancer基因与邻近增强子的环化共扩增 原文:Morton AR, Dogan-Artun N, Faber ZJ, et al. Functional enhancers shape extrachromosomal oncogene amplifications. Cell. 2019 Nov 27;179(6):1330-1341 期刊:Cell 影响因子:36.22 本文作者利用染色体外环状DNA测序探讨了cancer基因及其邻近增强子通过环状染色体外DNA的形式进行扩增事件,研究过程中发现了EGFR基因在成胶质细胞瘤中存在与其上游约130kb的非编码序列共同扩增的特征,EGFR基因案例表明tumour细胞中的cancer基因通过高级扩增与环化而形成的对自身调控活性的增强,是一个十分有效的促cancer机制。总之,这项研究综合利用各项计算分析和实验手段,率先揭示了增强子在cancer基因环化扩增介导的促cancer效应中所发挥的重要作用,这一机制也为抗tumour和诊断提供新的方向和理论依据。云序优势 适用于任何物种:可以检测几乎任何动植物的环状RNA。安徽研究测序RNA甲基化
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