外泌体(Exosomes)是一种直径在40~100 nm的圆形单层膜结构,是细胞外泌囊泡中体积较小的一种。外泌体可被大多数细胞分泌,并分布于唾液、血浆、乳汁、尿液等体液中。外泌体中不仅包含蛋白质成分,还包括一些RNA成分,如微小RNA ( microRNA,miRNA)、长链非编码RNA和mRNA、环状RNA(circular RNA,circRNA)。外泌体所携带的这些RNA统称为外泌体来源RNA,具有完整的序列结构和生物活性。外泌体中大约含几百种miRNAs,通过外泌体miRNA测序,研究人员可获得与疾病相关的遗传特征(生物标志物),为将来tumour zhi liao领域通过液体活检来寻找有效药 物。云序生物的测序服务在业界获得较多好评。北京研究测序lncRNA
案例1:哺乳动物mRNA内m7G甲基化转录组图谱 期刊:Molecular Cell 影响因子:14.25 由于全部种类的反转录酶均无法将RNA m7G位点逆转录成对应发生碱基突变的cDNA,为了准确的探究RNA内m7G甲基化情况,何川团队利用m7G自带正电荷的特征,开发了新的m7G单碱基深度测序方法。该方法能够将RNA内含m7G位点转化为另一种可产生反转录碱基变异的新位点,并依据碱基变异率估计m7G位点的甲基化水平。此方法随后也被证实可检测18S rRNA中的1639位内含m7G位点以及可揭示人类细胞tRNA中的22个46位内含m7G位点。并观测到其在mRNA分布、富集的共有序列及其它统计特征与m7G-MeRIP-seq数据基本保持一致。该文章不仅揭示了m7G甲基化在人类细胞中的分布特征,同时还发现METTL1是一种甲基转移酶,它在mRNA中催化了m7G甲基化修饰,并表明m7G的内部甲基化可以影响mRNA的翻译。中国澳门平台测序云序生物可进一步提供高精度的O8G氧化图谱。
案例2: m5C RNA甲基化基因组分布图谱 原文:Distinct 5-methylcytosine profiles in poly(A) RNA from mouse embryonic stem cells and brain 期刊:Genome Biology 影响因子:13.21 近期刊登了解析RNA m5C在不同组织细胞的分布图谱相关文章。研究人员选取小鼠胚胎干细胞(ESC)和脑组织(n=3)作为实验样本,利用m5C RNA甲基化测序技术对两组样本中的总RNA和胞核RNA进行检测。结果表明,ESC中总RNA 5mC的分布频率比脑组织的分布频率更高。研究人员将m5C位点和不同的基因组区域(CDS, 5’-UTR, 3’-UTR等)进行了关联分析。结果表明,总RNA中m5C位点更倾向于分布在转录起始位点。脑组织和ESC中,3’-UTR区m5C的分布区别很大,这暗示着3’-UTR区的RNA m5C修饰可能与细胞功能和细胞类型密切相关。
案例1:环状DNA促进染色质的开放和促cancer基因的表达 原文:Wu, S., Turner, K.M., Nguyen, N. et al. Circular ecDNA promotes accessible chromatin and high oncogene expression. Nature (2019) . 期刊:Nature 影响因子:43.07 研究团队首先结合二代全基因组测序和光学匹配(optical mapping),从序列的角度发现,扩增出来的环状DNA形成了环状结构,不仅证实了tumour中的环状DNA确实是环状的,还证明了环状DNA的染色质是高度开放的,从而进一步阐释了环状DNA能大量表达cancer基因和其环状结构介导的超远距离相互作用,这也表明了环状DNA可能形成了新的基因调控回路和在驱动tumour异质性的机制研究中发挥着重大的作用。云序生物专注做测序服务,PCR,质谱检测。
案例2:METTL1通过m7G甲基化促进let-7 MicroRNA的加工 原文:METTL1 Promotes let-7 MicroRNA Processing via m7G Methylation 期刊:Molecular Cell 影响因子:14.25 剑桥大学戈登研究所和病理学系中心,借助m7G RNA甲基化测序技术,识别了A549细胞中miRNA具有m7G甲基化修饰。该研究发现Mettl1调控的pri-let7 m7G修饰通过改变pri-let7中G-四重结构,进一步调控pre-let7和let7的表达,影响肺ai细胞迁移。该研究揭示了Mettl1依赖的m7G甲基化修饰可以作为调控miRNA结构、生物发生和细胞迁移的一种新的RNA修饰。云序生物mRNA测序服务针对不同样品类型采用差异化的技术策略。辽宁测序pri-miRNA
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目前对m6A RNA流行检测手段为MeRIP-Seq技术,云序生物提供成熟m6A RNA甲基化MeRIP-seq服务,技术原理如下: 将甲基化RNA特异性抗体与被随机打断的RNA的片段进行共孵育,抓取有甲基化修饰的片段进行测序;同时需要平行测序一个对照(Input)样本,对照样本只含有打断的RNA的片段,并不添加RNA甲基化特异性抗体与其共孵育。对照样本用于消除非特异性抓取甲基化片段的背景。对比免疫共沉淀(IP)样本和对照样本(Input)中的序列片段,将RNA甲基化修饰位点定位到转录组上,并根据RNA-seq数据,计算样本中RNA甲基化程度。北京研究测序lncRNA