均一的双核苷酸分布 由于“GC 覆盖度偏误”的存在,在连续双核苷酸的检出效率方面,WGBS 对于不同的双核苷酸存在较严重的偏误,而 EM-seq 则能展示出均一的覆盖情况。更强的匹配率和更低的重复率 相比于 WGBS,EM-seq 测序结果与参考基因组的匹配率更高,同时重复率更低。用更少的测序检出更多的 CpG 岛 同等测序覆盖深度的情形下,EM-seq 所发现的 CpG 数目要远多于 WGBS,在这其中有很大比例的 CpG 位点是只能能用 EM-seq 法才能检测到的。云序生物提供的MeDIP测序服务,将甲基化DNA免疫共沉淀技术(MeDIP)和高通量测序相结合,能够帮助客户快速地获取全基因组范围内的DNA甲基化图谱,并比较不同样品中的甲基化分布差异。此外,和胎儿线性DNA类似,胎儿环状DNA在分娩后从母血中迅速分离。浙江研究表观遗传组测序价格
案例1:解析组蛋白修饰 原文:Epigenomic analysis of multilineage differentiation of human embryonic stem cells 期刊:Cell 影响因子:31.39 为了研究胚胎发育过程中的表观遗传调控,本文结合ChIP测序、甲基化测序和转录组测序,系统性地调查了人类胚胎干细胞在分化为不同类型细胞过程中的染色体修饰、DNA甲基化修饰以及转录组变化。通过各种测序数据的联合分析发现:胚胎发育早期活跃的启动子CpG含量比较高,并且在不表达的细胞中它们往往具有组蛋白H3K27me3修饰,从而维持抑 制状态。相反地,胚胎发育后期表达的基因的启动子CpG含量比较低,并且主要通过DNA甲基化维持抑 制状态。 新疆表观遗传组测序研究该技术可以同时检测环状DNA和环状DNA的甲基化修饰状态。
技术优势 一站式服务: 客户只需提供血清血浆,云序生物为您完成环状DNA富集,甲基化位点转化,文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程。 一箭双雕的结果: 同时检测环状DNA及其甲基化状况,节约样品,性价比高。 专业的生物信息学分析: 专业的生物信息学团队,开发了高效识别分析环状DNA的算法,且能单碱基分辨甲基化修饰位点,满足客户的各类深入数据分析需求。 样本要求 样品类型: 血清血浆或其它体液样品 样品量: 血清血浆:>5 mL 样品运输及保存: EDTA抗凝,样品干冰运输。勿用肝素管取样(绿色盖子抗凝管)。
云序生物为您带来一种基于酶学方法的 DNA 甲基化测序技术 EM-seq(Enzymatic Methyl-seq),该方法结合使用多种酶,在保证 5mC 和 5hmC 在 Illumina 测序中仍被识别为 C 的前提条件下,将未发生修饰的胞嘧啶(C)转化为尿嘧啶(U),并在后续的扩增和测序过程中被识别为胸腺嘧啶(T)。EM-seq 有效弥补了 Bis-Seq 需要极端反应条件的缺陷,可以普遍应用于包含 ctDNA 在内的微量脆弱 DNA 样品。同时,EM-seq 得到的测序结果与 WGBS 得到的转化序列相同,因此可以使用相同的数据分析流程。运用 EM-seq 技术,需低至 10 ng 的 DNA 样品便可进行单碱基精度的全基因组 5mC 修饰测序。客户只需提供血清血浆,云序生物为您完成环状DNA富集,甲基化位点转化。
技术简介 DNA甲基化修饰是表观遗传研究的热点之一,我们通常认为DNA甲基化就是胞嘧啶甲基化(5-methylcytosine, 5mC),却不知道随着测序技术的快速发展,一种新的DNA甲基化修饰类型—DNA-6mA甲基化已经成为表观遗传学领域的研究热点。 云序生物率先开发了DNA-6mA测序技术—6mA-IP-seq。其原理类似于MeDIP的免疫共沉淀测序技术,利用特异性抗体富集6mA的片段,扩增后进行高通量测序及甲基化分析,以较小的数据量,快速地绘制全基因组DNA甲基化水平的图谱。在治 疗过程中,ctDNA甲基化水平与ai细胞数量呈正比。浙江项目表观遗传组测序结果
游离于染色体基因组之外的DNA 被发现常常以环状的形式存在。浙江研究表观遗传组测序价格
案例2. ATAC-seq与ChIP-seq联合分析 原文:Nfib Promotes Metastasis through a Widespread Increase in Chromatin Accessibility 期刊:Cell 影响因子:31.398 该文章是通过比较原发性和肝转移性的小细胞肺ai细胞之间的差异,从而研究人小细胞肺ai促进ai症扩散转移的背景机制。首先利用ATAC-seq,发现NFI家族转录因子富集在具有差异的染色质开放位点中,预示着NFI家族转录因子在调控tumsor细胞转移中扮演着重要角色。进一步进行ChIP-seq,通过2种测序结果联合分析,发现在染色质高开放性位点区域伴随着Nfib拷贝数量增多,且Nfib在侵袭性原发性tumsor和转移性tumsor内高表达,Nfib表现出维持染色质及远端调控区域开放和促进神经基因表达的功能,说明Nfib对促进ai细胞增殖和迁移具有重要的作用。浙江研究表观遗传组测序价格